И преобразование яровой пшеницы в озимую, и вегетативная гибридизация противоречили доктрине вейсманистов о "ненаправленности" воздействия внешней среды (в первом случае ― температуры, во втором ― питания). Мало того, вегетативная гибридизация противоречила и основным представлениям хромосомной теории наследственности ― о генах как участках хромосом, о расщеплении гибридов в отношении 3:1 во втором поколении. Неудивительно поэтому, что оппоненты мичуринцев в своём большинстве фактически отказались признать экспериментальные данные, предъявленные Лысенко. Преобразование яровой пшеницы в озимую они, даже не рассматривая конкретных опытов, "объяснили" на дискуссии 1936 года отбором или засоренностью исходного материала. Примеры вегетативной гибридизации, приведённые на дискуссии 1939 года, были ими просто проигнорированы, а позже неизменно объявлялись "неверными", "неправильно понятыми", или даже "сфальсифицированными". Т. Д. Лысенко отмечал причину этого: "Понятно, почему генетики-морганисты принимали все меры к тому, чтобы доказать невозможность вегетативной гибридизации… ведь не секрет же и для представителей менделизма-морганизма, что если возможны вегетативные гибриды, то тогда от так называемой моргановской хромосомной теории наследственности остаются только одни хромосомы, а вся теория, т. е. морганизм, отпадает… Если же некритически принимать эту теорию за истинную, тогда остается только одно: отрицать возможность существования таких фактов, т. е. вегетативных гибридов, что менделисты-морганисты и делают" (выступление на дискуссии 1939 г.)[10].
Почти единственным исключением стала позиция Н. П. Дубинина, признавшего, в дискуссии 1939 года, что результаты прививок могут сказаться на семенном потомстве растений: "Сейчас в генетике развивается имеющий важнейшее значение раздел, посвященный влиянию прививок и, более того, даже доказан переход этого влияния на потомство"[11]. Однако и он, несколько непоследовательно, заявил затем, что вегетативная гибридизация не может быть направленной.
Таким образом, по ключевому вопросу расхождений обе стороны, несмотря на предъявленные в ходе дискуссий аргументы и экспериментальные данные, остались на исходных позициях.
Методологические различия
Мичуринское и вейсманистское направления в биологии различались не только научными принципами, но и методологией.
В науке известны два метода: синтез и анализ. Первый создаёт новые законы из набора экспериментов; синтезирует из отдельных частей единые структуры, целостные системы. Второй разбивает системы на отдельные элементы; выделяет подсистемы из систем, редуцирует систему к её частям. В научной работе эти методы применяются, как правило, совместно, дополняя друг друга. Научные работники нередко имеют склонности или способности к какому-то одному из этих методов, применяя его в своей работе чаще, чем другой.
Мичуринцы предпочитали синтетический и системный подход: они рассматривали живые организмы, их "наследственную основу" и внешнюю среду как единые системы; законы же, действующие в мире живого, считали биологическими, не сводимыми к физическому или химическому уровню. Формальные генетики, наоборот, придерживались аналитического и редукционистского подхода. В дискуссиях аргументы мичуринцев были больше общесистемными и холистическими; они не считали важным построение физико-химических моделей наследственности, акцентируя внимание на изучении биологических законов. Аргументы вейсманистов были больше аналитическими, объяснявшими отдельные группы опытов, но придававшими меньшее значение их увязыванию в единую картину мира. Мичуринцы неохотно и только в общих чертах отвечали на "аналитический" вопрос: каков физико-химический механизм наследственности и изменчивости? Вейсманисты старались избегать "синтетического" вопроса: как объяснить быструю приспособляемость живых организмов к изменениям внешней среды? ответ на который требовался для построения связной картины мира.
Системность и синтетичность подхода мичуринцев сказывалась и на ориентации их практической работы ― они гораздо больше, чем формальные генетики, интересовались экологическими, "согласованными с Природой", методами повышения урожайности или борьбы с вредителями и сорнякам в сельском хозяйстве. Яркими примерами различия практических результатов, даваемых мичуринским и формальным направлениями в биологии, являлись новые сорта плодовых деревьев, выведенные Мичуриным, или пшениц, выведенные школой Лысенко, с одной стороны, и полиплоидные формы растений, полученные вейсманистами с помощью колхицина, с другой стороны. Применение яда колхицина для создания новых форм растений, вполне допустимое в рамках "формального" подхода к науке, для мичуринцев представлялось неприемлемым извращением.