Эта задача легла на плечи работников отдела эвакуации города, сотрудников транспортного отдела Ленинградского управления НКГБ (с 20.07.1941 — УНКВД) и дорожного отдела милиции, которые привлекли к выполнению директивы и общественность. Работу они проделали огромную. За первое полугодие 1941 года только в порядке эвакуации граждан из прибалтийских республик, следовавших эшелонами через Ленинград, были перевезены 85 тысяч 088 человек. Именно эти эшелоны, отправленные из республик, где только что установилась советская власть, были самыми сложными для проверки. В город прибывали также беженцы из Белоруссии, Псковского и Новгородского районов. Всего из Ленинграда были вывезены 1,7 млн человек, в том числе 300 тыс. детей.
В начале июля немцы овладели столицей Латвийской ССР, Ригой и продолжали приближаться к Ленинграду. В городе продолжалось формирование дивизий народного ополчения. К 4 июля в состав первых трех дивизий (всего их будет сформировано десять) были откомандированы 52 сотрудника УНКГБ, а всего в состав дивизий народного ополчения были направлены 200 добровольцев, большей частью вошедших в состав особых отделов дивизий. После того как органы военной контрразведки были вновь переданы Наркомату внутренних дел, фронтовые чекисты продолжили службу в особых отделах. Всего летом 1941 года УНКГБ ЛО откомандировало на фронт более 600 сотрудников.
5 июля Л.П. Берия подписал исторический приказ НКВД СССР № 00882. Текст его чрезвычайно краток:
«1. Для выполнения специальных заданий создать Особую группу НКВД СССР.
2. Особую группу подчинить непосредственно народному комиссару.
3. Начальником Особой группы назначить майора государственной безопасности тов. Судоплатова П.А.
Заместителем начальника Особой группы назначить майора государственной безопасности тов. Эйтингона Н.И.».
Так появилось на свет одно из самых знаменитых подразделений НКВД — будущее разведывательно-диверсионное управление, преобразованное 3 октября 1941 года во второй отдел НКВД. Главными задачами Особой группы стали ведение разведывательной и диверсионной работы в немецком тылу, организация партизанской войны, создание агентурной сети на территориях, находившихся под немецкой оккупацией. В Ленинграде эта деятельность составляла основное содержание работы разведотдела. Впоследствии, в соответствии с приказом НКВД СССР от 18 января 1942 г., второй отдел был реорганизован в Четвертое Управление НКВД с задачей проведения специальных мероприятий в тылу противника.
Между тем немцы продолжали наступать. 4 июля 1941 года передовые немецкие части 4-й танковой группировки пересекли границу Ленинградской области и вторглись в Псковщину.
5 июля после двухдневных боев советские войска оставили гор. Остров. Вместе с частями Красной Армии город обороняли Островской истребительный батальон и отряд местного партактива.
6 июля в целях наведения порядка в прифронтовом тылу наших войск издается Указ Президиума Верховного Совета Союза ССР об ответственности за распространение ложных слухов, возбуждающих тревогу среди населения. Он также был очень коротким. Там говорилось:
«Установить, что за распространение в военное время ложных слухов, возбуждающих тревогу среди населения, виновные караются по приговору военного трибунала тюремным заключением на срок от 2 до 5 лет, если это действие по своему характеру не влечет за собой по закону более тяжкого наказания».
9 июля немецкие войска взяли Псков. В нем сразу же разместились три абверкоманды: 104-я (разведывательная), 204-я (диверсионная) и 304-я (контрразведывательная), которые приступили к засылке в тылы наших войск и в Ленинград своей агентуры. Впоследствии разведшколы абвера, включая размещенные в Прибалтике, выпускали в течение месяца до 500 шпионов, диверсантов и радистов. Большинство из них были выловлены чекистами. Многие явились с повинной.
10 июля образовано командование Северо-Западного направления. Главкомом назначен Маршал Советского Союза Ворошилов, членом Военного совета первый секретарь Ленинградского обкома ВКП (б) Жданов.
10 июля враг вышел к созданной усилиями ленинградцев Лужской оборонительной линии, где начались ожесточенные бои. Ленинград стал прифронтовым городом. От пленных немецких летчиков стало известно, что Гитлер отдал приказ занять город к 20 июля. Однако реальность войны скорректировала планы фюрера. Немцы даже не смогли организовать регулярные бомбардировки города, поскольку ближайшие немецкие аэродромы находились западнее Пскова и им не удалось скоординировать работу бомбардировочной и истребительной авиации, а бомбежки без прикрытия истребителей были возможны лишь в темное время суток, но летом в Ленинграде такового не существует.