18 июля вышло Постановление ЦК ВКП (б) об организации борьбы в тылу германских войск. В нем, в частности, была поставлена задача: для обеспечения широкого развития партизанского движения в тылу противника немедленно организовать боевые дружины и диверсионные группы, в т. ч. и из числа работников НКВД и НКГБ.
25 июля Ленинградский областной и городской комитеты партии приняли постановление о формировании 300 партизанских отрядов: 230 отрядов должны были быть сформированы в городе и 70 в области. Однако получилось наоборот: в Ленинграде было сформировано 129, а в области 158 отрядов. Их общая численность составила более 12 тысяч человек. Отряды начали действовать на территории 44 районов Ленинградской области, оккупированных полностью, и 13 оккупированных частично. Кроме этого, Ленинградским управлением госбезопасности было сформировано также 15 специальных боевых отрядов. На командные должности в батальонах (до полка включительно) назначались, как правило, офицеры войск НКВД и руководящие работники милиции, а проверку их боеготовности проводили сотрудники 4-го отдела. Использовались специальные батальоны на наиболее сложных участках обороны.
20 июля 1941 г. вышел Указ Президиума Верховного Совета СССР об объединении Народного комиссариата внутренних дел и Народного комиссариата государственной безопасности в единый Народный комиссариат внутренних дел. Разделенный в феврале 1941 года НКВД снова был объединен в одну структуру и под единым руководством.
31 июля начальник Ленинградского управления НКВД П.Т. Куприн был откомандирован на должность начальника Особого отдела НКВД Ленинградского фронта. Его сменил и был до 24 августа 1941 года начальником УНКВД 36-летний Николай Михайлович Логунов.
Рассказ о работе УНКВД будет неполным, если не упомянуть, хотя бы несколькими словами, работу экономических отделов. Теперь их функции определялись директивой НКВД СССР № 314/9404 от 8 августа 1941 г.
«Экономические отделы НКВД — УНКВД обеспечивают оперативно-чекистское обслуживание предприятий оборонной промышленности — авиации, боеприпасов, вооружений, станкостроения, танкостроения, электростанций, нефтедобывающей, нефтеперерабатывающей, резиновой и химической промышленности, а также органов связи.
Основная задача экономических отделов состоит в пресечении всяких попыток антисоветских элементов путем вредительства, диверсии, саботажа нарушить нормальную работу предприятий оборонной промышленности и связи и выявления шпионов иностранных разведок.
Кроме того, экономотделы должны своевременно выявлять неполадки в работе предприятий, срывающие выполнение правительственных заданий по обеспечению Красной Армии оборонной продукцией и через ЦК компартий союзных республик, крайкомы и обкомы ВКП (б) на месте принимать меры к устранению этих неполадок.
Экономотделы обязываются также обеспечить оперативное руководство военизированной и вахтерской охраной предприятий оборонной промышленности, с тем чтобы предотвратить всякие попытки шпионско-диверсионных элементов проникнуть на эти предприятия.
Немедленно организуйте оперативную работу экономических отделов в соответствии с этими задачами и о результатах донесите НКВД СССР.
Как видим, экономические отделы были восстановлены со всеми «не свойственными НКВД» функциями: на них (как и на транспортные и особые отделы) была возложена задача не только охраны, но при необходимости и организации производственной работы в подведомственной им сфере. Возможно, по причине запоздалого издания этого приказа все подготовительные мероприятия по плану «Д» в Ленинграде отрабатывались 15 городскими районными отделами Управления.
24 августа, как было отмечено выше, к исполнению обязанностей начальника Ленинградского управления НКВД приступил комиссар 3-го ранга (генерал-лейтенант) 34-летний Петр Николаевич Кубаткин, до этого возглавлявший Управление НКВД по городу Москве и Московской области.
25 августа было принято еще одно знаковое организационное решение. В соответствии с приказом НКВД СССР № 001151 оперативные группы, занимавшиеся «истребительной» работой, влились в разведывательный отдел, который был реорганизован в 4-й отдел, и таковым он оставался до расформирования в сентябре 1944 года.