15 января к большевикам прибыло подкрепление — сводный батальон в 500 бойцов с Румынского фронта (количество войск восставших достигло 6 тысяч штыков).
Однако гайдамацкие части Одессы не были разоружены большевиками. Вечером 14 января командование украинских частей Одессы предъявило ультиматум объединенному ревкому: немедленно освободить штаб Одесского округа, вокзал и прочие стратегические объекты, передать власть в городе коалиционному социалистическому управлению с участием представителей Центральной рады. В. Чеховской посетил Исполком Совета с целью уладить конфликт.
К вечеру 15 января за большевиками оставались рабочие окраины, порт, часть центра. Однако 16 января крейсер «Ростислав» и захваченный большевиками бронепоезд начали артиллерийский обстрел позиций гайдамаков, а в бой, на стороне восставших, вступили свежие части фронтовиков — сводный батальон 6‑й армии под командованием прапорщиков Г. Софронова и И. Максимова, прибывших с Румынского фронта. Фронтовики ударили по украинским частям с тыла — со стороны Большого Фонтана.
В то же время гайдамаков поддержали юнкера Одесского пехотного училища. В первый день боев в Одессе юнкера вместе со своими офицерами были блокированы восставшими в здании училища, многие из них были арестованы. Гайдамацкая часть, прорвав блокаду восставших, освободила юнкеров. Оказав восставшим энергичное сопротивление у вокзала и в самом училище, юнкера на третий день боя потихоньку разбежались, якобы по приказу начальника училища полковника Кислова — «пробираться на Дон».
13 марта 1918 г. в Одессу вошли австро-венгерские и германские части под командованием германского генерал-лейтенанта Герберта фон Коша, командира 15‑й ладверной дивизии.
Несколько слов стоит сказать о действиях австро-венгерской Дунайской флотилии. 1 мая 1918 г. был создан отряд под командованием адмирала Вульфа в составе мониторов «Босна», «Бодрог», «Кереш» и «Одесса».
10 апреля отряд ошвартовался в Карантинной бухте Одессы. 19 апреля монитор «Шамош» в сопровождении группы сторожевых катеров вышел вверх по Днепру, где ему было приказано нести службу стационера в Херсоне.
В связи с беспорядками в Николаеве туда 21 апреля прибыл монитор «Кереш».
29 апреля австро-германские части приступили к разоружению населения Одессы. Дунайская флотилия, приготовив к стрельбе орудия, прикрывала эту операцию в наиболее опасном рабочем квартале в северной части города — на Пересыпи.
Находившиеся в Одессе турецкий минный крейсер и миноносцы обеспечивали эту работу со своих мест стоянки в гавани и были на это время подчинены командиру отряда австро-венгерской флотилии.
Германская и австро-венгерская морская авиация производила воздушную разведку над городом и в море. 30 апреля разоружение было закончено без инцидентов.
Австрийское командование решило отравить флотилию вверх по Днепру. 21 мая мониторы и другие суда прибыли в Александровск (ныне Запорожье).
На следующий день канонерка «Барш» попыталась преодолеть Днепровские пороги. Пройти пороги не удалось, и 28 мая отряд австрийских судов вышел из Александровска в Николаев.
22—25 мая монитор «Кереш» ходил по Бугу.
В августе Верховное командование австрийской армии приняло решение вернуть весь отряд Вульфа в базу Браилов на Дунае. 4 сентября 1918 г. отряд кораблей Дунайской флотилии отбыл в Одессу.
Оккупанты решили передать Одессу с областью под власть УНР. Главным окружным комиссаром Херсонщины, Екатеринославщины и Таврии с чрезвычайными полномочиями стал Семен Коморный, который прибыл в Одессу 18 марта 1918 г. Коморному подчинялись все государственные институции края. Он заявил, что не будет проводить насильственной украинизации Одессы, и что вся официальная документация в Одессе будет вестись на украинском или русском языках.
Украинским комиссаром города Одессы стал Иван Липа, городским головой — В. Богуцкий. Однако представители одесского городского самоуправления могли контактировать с австро-немецким командованием по важнейшим вопросам городского хозяйства только через главного краевого комиссара. Фактически же власть в городе принадлежала оккупационному командованию.
В начале апреля 1918 г. главнокомандующим австро-германских войск Одесского района, вместо генерала графа Кирхбаха, стал генерал Бем. Одесса и весь район Херсонской губернии стал зоной оккупации австро-венгерских войск.
«Новая власть запрещает политические митинги, закрывает некоторые революционные газеты, утверждает цензуру, несколько ограничивает деятельность профсоюзов и Советов, так Одесскому Совету, что сохранялся до июля 1918 г., под руководством меньшевиков и эсеров (глава — эсер М. Кулябко-Корецкий) запрещалось вмешиваться в деятельность государственных учреждений или подменять их. В Одессе, как и во всей Украине, была запрещена любая агитация против австро-германских войск, против Центральной рады и правительства Украины. В марте — апреле 18‑го были закрыты редакции “левых” одесских газет: “Голос революции”, “Южный рабочий”, “Красное знамя”.