После замужества и переезда в Шотландию Мария де Гиз регулярно писала своей матери, Антуанетте де Бурбон, женщине властной и расчетливой, которой, как говорят, восхищался даже король Франции. Ее письма свидетельствуют, что она быстро приспособилась к новой жизни. Мария снисходительно относилась к неверности мужа — у него было семь, а возможно, и девять незаконнорожденных детей — и занимала себя тем, что руководила строительными работами в королевских замках и разбивкой садов, где она выращивала невиданные декоративные фруктовые деревья, саженцы которых выписывала из Франции. В Фолклендском дворце, где до сих пор можно увидеть модную по тому времени отделку фасада, она лично инспектировала работы, взбираясь на лестницу, чтобы внимательно рассмотреть сделанное, прежде чем одобрить работу каменщиков. У нее был собственный штат французской прислуги, словно она не допускала даже мысли, что ее горничные могут оказаться шотландками: французы часто отпускали оскорбительные шутки за спинами неотесанных шотландцев. Слуги обожали Марию, и после смерти Якова V часть его домашней прислуги попыталась перейти к ней, поскольку она платила больше всех остальных.
Формально маленькая Мария стала королевой Шотландии с момента смерти отца. На практике, конечно, это было фикцией. Следовало назначить опекуна или регента, который будет управлять страной до объявления Марии «совершеннолетней» и способной править самостоятельно. Естественно, всех занимала личность регента, поскольку долгий период до совершеннолетия королевы способствовал распрям среди знати. Особенно актуальным это было для Шотландии, где королевская власть была гораздо слабее, чем в Англии или Франции, и монарху приходилось опираться на сети родственных связей лордов, чтобы поддерживать закон и порядок.
Самым надежным способом назначения регента была воля умирающего правителя. Несмотря на то что Яков V не оставил завещания — вероятно, он просто не предполагал, что смерть так близка, — его «последняя воля» была составлена от его имени. За этим проследил кардинал Дэвид Битон, архиепископ Сент-Эндрюса, который имел огромное влияние на короля и был полон решимости сохранить свою власть.
Битон был лидером профранцузской партии и яростным противником протестантской реформации. Он хотел, чтобы Мария стала «опекуном по завещанию», а сам он с тремя союзниками — «хранителями королевства». Его цель заключалась в том, чтобы помешать другому претенденту на трон, Джеймсу Гамильтону, графу Аррану, который придерживался проанглийской позиции и стоял первым в ряду наследников в случае смерти Марии. Арран, в свою очередь, открыто заявлял, что Битон подделал завещание — когда Яков V находился в полубессознательном состоянии, ему якобы дали подписать пустой лист, а потом вписали туда последнюю волю короля.
Лорды избрали Аррана регентом, однако это был не самый идеальный кандидат. Лучшее его качество — умение приспосабливаться. Слабый, нерешительный и трусливый, он вдобавок был необыкновенно жадным. Законность его избрания оспаривалась Битоном, однако Арран, будучи внуком старшей дочери Якова II, мог претендовать на регентство по праву крови.
Мария де Гиз не противилась его назначению, однако остерегалась Аррана. Она понимала, что цель его политики — не в защите маленькой королевы, а в исключительной выгоде для себя и своей семьи, верно охарактеризовав его как «самого непостоянного человека в мире, ведь что бы он ни решил сегодня, назавтра он передумает».
Арран потратил шесть недель на переезд в новые дворцы и окружение себя друзьями и родственниками, которым он назначил содержание. В попытке примирения он предложил Битону одну из высших должностей в государстве — пост канцлера, однако, подтверждая верность оценки вдовствующей королевы, две недели спустя передумал и бросил Битона в тюрьму.
Новый регент был верен шотландским традициям. Он прекрасно понимал, какую роль играет политика насилия в обществе, и поэтому Арран очень быстро захватил все замки Якова V, за исключением Стирлинга, который оставался частью приданого Марии де Гиз и принадлежал лично ей. Затем, обретя еще большую уверенность, он стал отвечать на попытки Генриха VIII повлиять на положение дел в Шотландии.