Когда Сомерсет отвернул в поисках более удобной позиции, Арран перешел в наступление. Армии сошлись на холмах над деревушкой Пинки. В какой-то момент могло показаться, что шотландские пикинеры могут победить. Но потом англичане пустили в ход кавалерию и тяжелые пушки. Шотландцам пришлось отступить, а Арран бежал с поля боя. Лишившись командования, войско запаниковало. В результате обстрела и последовавшей резни погибли все десять тысяч шотландцев. Это был второй Флодден: дорога на Эдинбург и Стирлинг была открыта. Марию, которой в то время было три года и девять месяцев, поспешно посадили в карету и под покровом ночи доставили в монастырь Инчмахом, расположенный на острове озера Ментит, в 85 милях от места сражения.
Сомерсет не стал снова захватывать Эдинбург. Вместо этого он начал строить сеть небольших крепостей по всему побережью, пытаясь таким образом подчинить страну своей воле. Но его расчеты не оправдались. Сильный отпор шотландцев настолько захватил внимание, что Сомерсет совершил необъяснимую ошибку: пропустил переезд королевы Шотландии во Францию.
Не желая соглашаться на унию с Англией в ситуации военного вторжения, Арран договорился с Генрихом II — в обмен на предложение стать герцогом Шательро в Пуату он дал обещание на брак Марии и наследника французского престола. Сделка была заключена в январе 1548 г., и через месяц уже начались переговоры об обручении Марии с дофином.
Генрих II ясно выразил свои намерения. Французский король пообещал освободить Шотландию от гарнизонов Сомерсета. По своему обыкновению, он поручил это дело Гизам. Общее руководство операцией доверили старшему сыну Клода, герцога де Гиза, Франциску, который уже имел репутацию выдающегося стратега своего времени. Он должен был разработать план кампании совместно с Шарлем, кардиналом Лотарингским, самым одаренным из придворных Генриха II. И это естественно, поскольку оба брата де Гиз приходились дядями юной королеве Шотландии.
Марию перевезли в замок Дамбартон, конфискованный у Леннокса и захваченный профранцузской фракцией, откуда она могла в любой момент отправиться во Францию. И хотя Сомерсет сталкивался с некоторыми трудностями в снабжении своих гарнизонов, но для Марии самой большой опасностью стала корь. Слухи о ее смерти от болезни быстро распространились по трем государствам, но так же быстро были опровергнуты. За безопасность девочки можно было не волноваться, поскольку для ее защиты был сформирован передовой отряд французов, денег и боеприпасов у которого хватило бы на год осады.
Армада из 130 судов доставила 5500 пехотинцев и 1000 кавалеристов, нагнав страху на гарнизоны крепостей Сомерсета, высадилась в Лите 17 июня. Многие французские солдаты были ветеранами, служившими в Италии, а командиры — профессиональными военными, и по большей части вассалами де Гизов. Это были хорошо организованные войска, лояльные своим полководцам и преданные своей стране, в отличие от многих солдат Сомерсета, среди которых преобладала доля иностранных наемников.
В начале июня французское войско осадило Хаддингтон, главную крепость Сомерсета в восточной части Шотландской низменности. Неделю спустя в соседнем аббатстве собрался парламент, и после чрезвычайно короткой дискуссии был заключен договор между Шотландией и Францией. Французский лейтенант-генерал Андре де Монталамбер, сеньор д’Эссе, объяснил, что Генрих II «всем сердцем и душой стремится защитить это королевство» и хочет обручить Марию со своим сыном.
Парламент быстро посчитал этот довод «очень разумным». Потенциальным камнем преткновения могла стать только национальная автономия, но, поскольку Генрих II пообещал защищать шотландские законы и вольности «как при всех королях былых времен», условия договора не встретили возражений.
На следующий день после завершения сессии парламента Мария де Гиз писала братьям: «Я отбываю завтра, чтобы отправить ее [Марию] к нему [Генриху II], как только вернутся галеры». Чтобы запутать морские патрули англичан, Николя де Виллеганьон, командующий французскими судами, отправленными за Марией, обогнул северное побережье Шотландии, миновал Оркнейские острова и вернулся к западному побережью к Клайду. Это был опасный кружной маршрут, проложенный французским гидрографом, но все моряки знали, что он судоходен только в тихую погоду, когда не бушуют шторма, которые могут сильно сбить корабли с курса.
29 июля Мария простилась с матерью и поднялась на борт корабля, личной королевской галеры Генриха II. Ей было всего пять с половиной лет, но держалась она как настоящая королева. За отплытием наблюдал Жан де Бегу, ветеран и друг д’Эссе, который позже скажет, что она была «одним из самых совершенных созданий, какое мне приходилось видеть, уже со столь юного возраста она проявляет такие удивительные и достойные черты и вселяет надежды, невозможные ни для какой другой принцессы на этой земле».