Сам форт Святого Эльма очертаниями своих стен с выступавшими бастионами напоминал многолучевую звезду неправильной формы. С западной стороны, обращенной к бухте Мерсамексет, находился тот самый недостроенный обособленный равелин, вооруженный всего двумя пушками, которому в дальнейшей осаде Святого Эльма предстояло сыграть далеко не самую лучшую роль. Буквально в первые дни осады форта дезертир-итальянец подсказал мусульманам идею нарастить высоту этого укрепления, с тем чтобы получить обзор внутреннего пространство форта, скрытое снаружи стенами, – теперь мусульмане получили возможность стрелять из своих дальнобойных аркебуз по защитникам на выбор! При этом гарнизон форта Святого Эльма насчитывал всего до 600 бойцов, из них только до полусотни орденских рыцарей, остальные наемные солдаты и местные мальтийцы. Указанные особенности форта показались обоим турецким начальникам достаточно привлекательными, но это первое впечатление оказалось, как показали дальнейшие события, оказалось неверным, что в значительной мере сказалось на исходе всей операции по захвату Мальты.
В свою очередь намерения турок вплотную заняться Сент-Эльмом выдал де Валетту перебежчик-мусульманин, весьма осведомленный охранник Мустафы, нередко присутствовавши при принятии решений пашой. Такая информация вполне устраивало руководителя обороны Мальты. Надо отметить, что в событиях на Мальте перебежчикам принадлежала важная роль: очевидно, религиозный фанатизм с обеих сторон великолепно уживался с ограниченным понятием верности у наемных вояк.
Командор Копьер, завершив свои богоугодные мероприятия, с наличными (находившейся всего в 12 километрах от места описываемых событий) силами (всего около 1200 солдат) почти непрерывно продолжал из Медины партизанить и вести разведку в окрестностях высадки мусульман, пользуясь своим знанием местности. Он постоянно тревожил неприятеля в попытках определить его силы и намерения в отдельных стычках, и скоро убедился, что силы мусульман превышают его собственные примерно в десять раз, и даже самое благоприятное соотношение потерь в этих столкновениях не могло изменить его положение к лучшему. В ближайшие дни турки и пираты развили активную деятельность.
Практически с 24 мая они приступили к непрерывному обстрелу стен форта Святого Эльма, сосредоточив главные свои усилия на его захвате, что вполне устраивало де Валетта. Из сведений разведки он отчетливо представлял намерения противника: «Их план – взять приступом форт Святого Эльма, чтобы ввести флот в гавань и перезимовать. После Святого Эльма они осадят замок Святого Ангела». Мусульманские стратеги не учли три важных обстоятельства, которые привели позднее к общей неудаче: 1) недостаток у них войск для одновременного захвата всех укреплений ордена, 2) близость враждебной Сицилии, способной питать осажденную Мальту с постоянной угрозой блокады их собственному флоту, 3) невозможность зимовки на Мальте из-за ограниченности местных ресурсов, включая воду. (Предвидя развитие событий, накануне появления вражеского флота де Валетт приказал завалить источники воды павшими животными, так что турки с самого начала военных действий оказались не только в стесненных, а еще и в антисанитарных условиях, гарантировавших им огромные потери от кишечных и других заразных заболеваний, на что вояки всех времен не обращали особого внимания.) Еще больше указанная проблема возросла, когда захват форта Святого Эльма вместо ожидавшихся четырех-пяти дней занял почти месяц, но время для осаждающих было упущено безвозвратно, а количество разлагающихся на жаре трупов возросло, поскольку турки не успевали хоронить своих убитых, что привело к повышенной заболеваемости в рядах войска Аллаха элементарным поносом, не считая тифа.