Всего против обреченного форта действовали десять 80-фунтовых пушек и две кулеврины, стрелявшие 60-фунтовыми ядрами. Особую опасность для немногочисленного гарнизона представлял василиск, одним выстрелом посылавший 160 фунтов картечи. Одновременно мусульмане стали засыпать вырубленные в скале из мягких коренных пород рвы, мешавшие им подойти к стенам форта, под защитой которых в непростреливаемых участках они сами предполагали накапливать силы для последнего решительного броска.
Осажденные в Сент-Эльме уже по результатам первых атак и обстрела поняли, что продержаться долго им не удастся. Всё складывалось против защитников Сент-Эльма настолько безнадежно, что уже 5 июня шевалье Миранда, имевший репутацию безупречного воина, в замке Святого Ангела высказал мысль, что придется пожертвовать обреченным фортом. Однако уперся де Валетт, решивший продолжать оборону Святого Эльма до последней крайности, обрекая его гарнизон на гибель с целью нанести мусульманам наибольший ущерб, для чего он направил морем в обреченный форт комиссию из одиннадцати своих соратников, которая подтвердила оценки командующего, одновременно разрешив желающим покинуть форт, переправившись в Гранд-Харбор: этим предложением никто не воспользовался.
Свое решение де Валетт мотивировал следующим образом: «Я знаю, что форт не может держаться, но для спасения ордена необходимо, чтобы вы защищали форт до последней минуты, хотя бы вам пришлось погрести себя под его развалинами. От одного дня больше или меньше зависит спасение Мальты, и теперь представился случай, чтобы вы по данному вами обету должны считать жизнь ни во что, если пожертвование ею может быть полезно вере. Я доставлю вам подкрепление и снаряды и сам, будьте в том уверены, явлюсь, чтобы умереть среди вас» (Архенгольц. С. 264). Это было обычное военное решение, когда частным приходится жертвовать ради главного, но на войне, как на войне.
Положение форта Святого Эльма ухудшалось с каждым днем, особенно когда он оказался под продольным обстрелом батарей с мысов Тинье (западный берег бухты Мерсамексет) и Виселец (восточный входной в соседнюю бухту Мирса-Сироко, на современных картах Гранд-Харбор), начиная с 4 июня, охватывающих полуостров Шиберрас с обоих сторон. На следующий день траншеи турок вплотную подошли к стенам форта, окончательно отрезав его от сообщения с Гранд-Харбор, откуда морем еще могла поступать помощь.
Сообщение очередного перебежчика о состоянии гарнизона форта настолько вдохновило Мустафу-пашу, что он 14 июня предложил капитуляцию защитникам Сент-Эльма по примеру Родоса. Защитники форта отогнали парламентера выстрелами, это была еще одна неудача осаждающих.
На следующий день в лагере магометан были проведены мероприятия идеологического характера: на отдыхе муфтии и имамы читали правоверным молитвы, благословляя воинов пророка на боевые подвиги.
16 июня, «едва солнце осветило театр верховной борьбы, – пишет летописец, – как оттоманский флот явился в гавани Мерсамексет, чтобы соединить свой огонь с огнем осаждающих. 4000 стрелков находились в траншеях контр-эскарпа, под защитой их штурмовая колонна, снабженная лестницами, заняла ров и в величайшем безмолвии выстроилась у подножия стены. В крепости были приняты все меры для отражения штурма. Рыцари и воины находились в засадах за укреплениями в единственной позиции, которую уже давно могли сохранять, то есть лежа или стоя на коленях. Один только часовой наблюдал за неприятелем. Через каждые три солдата находился рыцарь и между двумя копьеносцами один аркебузер. Кучи камней, копий, копий, гранат, мечей, кругов из смоляной пеньки были расположены в порядке и изобилии, бочки с водой, поставленные близ сражающихся, должны были восстанавливать силы их. Даже раненым были назначены опасные поручения: они должны были приносить съестные и воинские припасы и уносить убитых…