Теперь мусульмане действовали предельно осторожно, и даже когда боезапас последних защитников Святого Эльма был исчерпан, стрелки мусульман предпочитали с безопасного расстояния расстреливать их из аркебуз. Предвидя неизбежный исход штурма, капитан Ланфредуччи с восточной стены форта дымом костра подал даже не условный, а скорее прощальный знак своим соратникам на западном берегу Гранд-Харбора, где теперь располагались основные силы ордена. Практически одновременно турки и пираты бросились в развалины форта Святого Эльма, чтобы схватиться с его последними защитниками врукопашную. Навстречу им из-за груд трупов поднимались окровавленные и истощенные шатающиеся фигуры, в изорванной и обгоревшей одежде, едва способные держать оружие. Шестьсот трупов на укреплениях и внутри форта свидетельствовали о тех, кто пал со славой. Бальи Эгарас, в последней схватке орудовал алебардой, внушая страх туркам до последнего мгновения жизни. Полковник Мас со сломанной ногой приказал отнести себя на стену и, действуя двуручным мечом, отбивался до последнего мгновения. При виде такого сопротивления Мустафа-паша расщедрился на четыре золотые монеты за каждого живого рыцаря. Уцелевшие погибли в невыразимых муках. Сохранили только девятерых, которых приковали к гребным скамьям на галере паши. Пять мальтийских солдат спрятались между скалами, ночью бросились в воду и благополучно приплыли в замок Святого Ангела.
За три недели осады форта Святого Эльма погибло 1200 христиан, потери турок простирались до 4000 человек с лишком, они истратили более восемнадцати тысяч пушечных зарядов из имевшихся восьмидесяти тысяч, гораздо больше, чем могли себе позволить. Над павшим фортом Святого Эльма воцарилась мертвая тишина, словно время остановилось в своем беге при виде того, что творили люди.
Немногочисленным уцелевшим в последнем штурме предстояло в полном смысле позавидовать участи мертвых, когда свой успех победители обесчестили самыми гнусными и бесчеловечными пытками: «Одних убивали тупыми стрелами, другим, повешенным за ноги, распарывали живот, вырывали внутренности и отрубали руки. Даже мертвые не были пощажены: им отрубали головы, а на трупах делали на спине широкие разрезы в виде креста, а потом со скрещенными руками привязывали их к шестам и бросали их в море в расчете, что волнение отнесет к прибрежью города эти грозные свидетельства страшной мести» (Архенгольц. С. 269).
После описанного де Валетту не приходилось уговаривать своих подчиненных на сопротивление врагу. Чтобы не оставаться в долгу, Великий магистр приказал отрубить головы пленным мусульманам и, зарядив ими пушки, салютовать погибшему гарнизону форта Святого Эльма. Как отметил летописец, при известии о падении этого форта Драгут, в течение нескольких дней находившийся в забытье, на минуту оживился, услышав о падении форта, высказал подобие радости и, по словам летописи, «отведал щербет мученичества и покинул тщеславный мир». Самый прозорливый из руководителей осады знал, что сопротивление форта Святого Эльма из-за колоссальных потерь в людях и вооружении положило конец надеждам на овладение Мальтой. Однако если потери в людях при осаде форта были сопоставимыми (четыре тысячи у осаждавших и тысяча двести в гарнизоне форта), то расход боеприпасов делал перспективы штурма на восточном побережье современного Гранд-Харбора главных твердынь христиан на полуостровах Биргу и Сангли весьма сомнительными, тем более что базы снабжения христиан располагались поблизости – на Сицилии.
Реакция европейских столиц на падение форта Святого Эльма на далекой Мальте едва не повергла в ужас христианский Запад. Получив это известие, папа Пий IV повел себя так, как если бы мусульманское войско стояло у ворот Рима, приказав докладывать новости с Мальты и Сицилии в любое время суток, независимо от дня и ночи. Решив, что этого мало, папа всенародно поклялся в том, что не намерен покидать Рим в любой ситуации. Разумеется, трагедия Святого Эльма стала поводом для де Валетта, чтобы срочно запросить у дона Гарсии помощь в десять тысяч солдат, гарантируя смести мусульман с берегов Мальты, поскольку большинство из них – «мусор и неопытная солдатня». Даже если предводитель обороны Мальты ошибался в своем определении, у него были все основания умолять о помощи.
Однако он не знал о распоряжении Филиппа II беречь ограниченные морские силы дона Гарсии, поскольку, по его королевскому мнению, потеря флота была страшнее потери Мальты. Именно это и связало руки дону Гарсии, лишив его свободы действий, хотя к началу августа он накопил достаточно кораблей, экипажей и солдат, чтобы пойти навстречу де Валетту, но… Правда, дон Гарсия переправил на Мальту пополнение из семисот воинов, которые через Медину 3 июля вошли в Биргу, которой предстояли сложные испытания, возможно, тем самым решив ее судьбу. Неудивительно, что народ приветствовал появление подкрепления звоном колоколов и радостными кликами, вызвав в лагере осаждающих недоумение. К несчастью для христиан, один из рыцарей на пути из Медины в Биргу вместе со свитой оказался в плену. Пытки развязали пленным язык, что, однако, не пошло воинам Аллаха на пользу.