Безусловно, поездка Борисова на Новую Землю имела важное жизненное значение не только для него одного, имела она и большое общественное значение. Этюды и картины Борисова, представленные на академической выставке, написанные свежо и непосредственно, привлекали внимание публики. Зрителей покоряла новизна тематики, достоверность изображенного. И. Е. Репин назвал Борисова «русским Нансеном». Известный собиратель П. М. Третьяков сразу же купил большую часть этюдов и картин Борисова для своей галереи.
Деятельный Борисов, добившись первого успеха, замышляет новую поездку на Крайний Север и в декабре 1897 года отправляется в путь. Позже об этом путешествии он расскажет в книге «У самоедов. От Пинеги до Карского моря» (1907 год). Путь художника лежал из Архангельска на Пинегу, с Пинеги на Мезень, с Мезени на Печору через тайболу — крайнесеверную тайгу. Уже этот маршрут можно было назвать целым путешествием, но у Борисова главное было впереди. Отправной точкой его художественной экспедиции по Большеземельской тундре на остров Вайгач стало старинное русское поселение в низовьях Печоры городок Пустозерск. Основанный на рубеже XV–XVI веков, городок сыграл заметную роль в освоении Крайнего Севера, но к началу нашего века пришел в упадок, превратился в маленькую деревню. Ныне городка не существует, и только по этюдам Борисова мы можем представить облик его церквей и домов.
Из Пустозерска художник вместе с кочующими ненцами направился к Югорскому Шару. Путь был пройден за сорок дней, частью на оленьих упряжках, частью на лыжах. И при этом художник находил в себе силы писать! Писал на морозе, на ветру, когда даже скипидар, который делает краски жидкими, замерзал. Кисть приходилось держать в кулаке, прикрытом рукавом малицы (верхней одежды), и изо всех сил прижимать ее к холсту. От мороза кисти ломались, окоченевшие руки отказывались служить. А художник писал, завороженный красотой безбрежных снеговых пространств под причудливым сиянием полярного солнца. Иные этюды были написаны им в тридцатиградусный мороз!
В середине мая Борисов с ненцами прибыл в селение Никольское на берегу Югорского Шара. «В это чудное время года, когда у нас цветет сирень и жасмин, воды Югорского Шара еще скованы были крепким льдом», — вспоминал Борисов. Дальше путь вел на остров Вайгач, называемый ненцами «Хэйэ-ди-я» — «Медвежья земля». Между тем и на Крайний Север пришла весна, снег стал рыхлым, под ним зашумели бесчисленные ручьи и речки, поднялись густые туманы. Художник с проводниками-ненцами пробирался к северо-западной оконечности острова — мысу Болванский Нос. Название мысу было дано не случайно — здесь находилось ненецкое святилище с идолами, «болванами». Увиденное было настолько необыкновенным зрелищем, настолько захватило художника, что он, как одержимый, работал три дня подряд, забыв о сне. Но самое главное таинственное святилище ненцев — «дом Хая» — ненецкого верховного божества — находилось на речке Хай-Яга, где на отвесной скале стояли и лежали груды идолов. Здесь только ветер гудел в расщелинах скал. Борисов был первым путешественником, побывавшим в этом сокровенном месте.
Поездка от Пинеги до Карского моря принесла художнику много этнографических и чисто художнических открытий. Достойны восхищения его мужественность и работоспособность в невероятно трудных условиях. Поездка укрепила славу Борисова, художника-исследователя Крайнего Севера. Вернувшись из поездки в Петербург, он создает ряд картин по готовым этюдам и деятельно готовится к третьей поездке — снова на Новую Землю.
Экспедиция Борисова была задумана широко и преследовала не только художественные, но и научно-исследовательские цели. Он намеревался подробно изучить наименее известный ученым северный остров Новой Земли и, если удастся, обогнуть его. С этой целью в поморском селе Колежма на Белом море было построено судно водоизмещением сорок тонн. Была набрана группа участников экспедиции — штурман с пятью матросами, двое ученых — зоолог и химик. Еще прежде на Новую Землю был завезен лес для дома, и сейчас с художником ехали рабочие — плотники и печники. Яхта Борисова, названная «Мечта», отплыла из Архангельска летом 1900 года.
Новоземельская экспедиция Борисова также описана им в книге «В стране холода и смерти» (1909 год). Она рассказывает о дерзновенной воле человека, о его победах и поражениях в борьбе с суровой стихией.
По прибытии на остров был оборудован дом, ставший известным как «изба Борисова», в свое время он был помечен на всех новоземельских картах. Затем судно вышло в рейс в Карское море к восточному берегу северного острова, чтобы устроить склад продовольствия к предстоящей зимней санной экспедиции. Наступила осень, ледовая обстановка была крайне неблагоприятной — пролив Маточкин Шар был забит льдом. Это не остановило Борисова. Легкое судно не годилось для плавания во льдах, команда, по-видимому, не обладала достаточным полярным опытом. Судно прошло пролив, выгрузило припасы, но на обратном пути было затерто льдами в Карском море. Пробиться назад, в Маточкин Шар, не удалось, хотя до него оставалось шесть верст. Судно относило все дальше в море. Для зимовки яхта не была оборудована. Не оставалось ничего иного, как бросить ее, а самим по льдам добираться до берега.