Во время первой турецкой войны в Москве свирепствовала чума, вызвавшая чумной бунт; на востоке России разгорелся ещё более опасный бунт, известный под названием Пугачёвщины. В 1770 г. чума из армии проникла в Малороссию; весною 1771 г. она появилась в Москве; главнокомандующий (по-нынешнему — генерал-губернатор) граф Салтыков оставил город на произвол судьбы. Отставной генерал Еропкин принял на себя добровольно тяжёлую обязанность охранять порядок и предупредительными мерами ослабить чуму. Обыватели не исполняли его предписаний и не только не сжигали одежды и белья с умерших от чумы, но скрывали самую смерть их и хоронили на задворках. Чума усиливалась: в начале лета 1771 г. ежедневно умирало по 400 человек. Народ в ужасе толпился у Варварских ворот перед чудотворной иконой. Зараза от скучивания народа, конечно, усиливалась. Тогдашний московский архиепископ Амвросий, человек просвещённый, приказал снять икону. Немедленно распространился слух, что архиерей заодно с лекарями сговорился морить народ. Обезумевшая от страха невежественная и фанатическая толпа умертвила достойного архипастыря. Пошли слухи, что мятежники готовятся зажечь Москву, истребить лекарей и дворян. Еропкину с несколькими ротами удалось, однако, восстановить спокойствие. В последних числах сентября в Москву прибыл граф Григорий Орлов, тогда самое близкое лицо к Екатерине, но в это время чума уже ослабевала и в октябре прекратилась. От этой чумы в одной Москве погибло 130 000 человек.
Пугачёвский мятеж подняли яицкие казаки, недовольные переменами в их казацком быту. В 1773 г. донской казак Емельян Пугачёв принял имя Петра III и поднял знамя бунта. Екатерина поручила усмирение мятежа Бибикову, который сразу понял сущность дела; важен не Пугачёв, сказал он, важно общее неудовольствие. К яицким казакам и к бунтовавшим крестьянам присоединились башкиры, калмыки, киргизы. Бибиков, распоряжаясь из Казани, двинул со всех сторон отряды в места более опасные; князь Голицын освободил Оренбург, Михельсон — Уфу, Мансуров — Яицкий городок. В начале 1774 г. бунт стал утихать, но Бибиков умер от изнеможения и мятеж разгорелся вновь: Пугачёв овладел Казанью и перебросился на правый берег Волги. Место Бибикова занял граф П. Панин, но не заменил его. Михельсон разбил Пугачёва под Арзамасом и загородил ему путь к Москве, Пугачёв бросился на Юг, взял Пензу, Петровск, Саратов и везде вешал дворян. Из Саратова он двинулся к Царицыну, но был отбит и под Чёрным Яром снова был разбит Михельсоном. Когда к войску прибыл Суворов, самозванец чуть держался и был вскоре выдан своими сообщниками. В январе 1775 г. Пугачёв был казнён в Москве.
С 1775 г. возобновилась законодательная деятельность Екатерины II, вполне, впрочем, и перед тем не прекращавшаяся. Так, в 1768 г. упразднены были коммерческий и дворянский банки и учреждён так называемый ассигнационный или разменный банк. В 1775 г. прекращено было существование Запорожской Сечи, и без того клонившейся к падению. В том же 1775 г. начато преобразование провинциального управления. Издано было учреждение для управления губерниями, которое вводилось целых двадцать лет: в 1775 г. оно началось с Тверской губернии и кончилось в 1796 г. учреждением Виленской губернии. Таким образом, реформа провинциального управления, начатая Петром Великим, выведена была Екатериной из хаотического состояния и закончена ею. В 1776 г. она повелела в прошениях слово р а б заменить словом в е р н о п о д д а н н ы й.
К концу первой турецкой войны получил особенно важное значение Потёмкин, стремившийся к великим делам. Вместе со своим сотрудником Безбородко он составил проект, известный под названием греческого. Грандиозность этого проекта — разрушив Оттоманскую Порту, восстановить Греческую империю, на престол которой возвести Константина Павловича — понравилась Екатерине. Противник влияния и планов Потёмкина, граф Н. Панин, воспитатель цесаревича Павла и президент коллегии иностранных дел, чтобы отвлечь императрицу от греческого проекта, поднёс ей в 1780 г. проект вооружённого нейтралитета. Вооружённый нейтралитет имел целью оказать покровительство торговле нейтральных государств во время войны и направлен был против Англии, что было невыгодно для планов Потёмкина. Преследуя свой широкий и бесполезный для России план, Потёмкин подготовил крайне полезное и необходимое для России дело — присоединение Крыма.
В Крыму, с признания его независимости, волновались две партии — русская и турецкая. Их борьба дала повод занять Крым и Кубанскую область. Манифестом 1783 г. объявлено присоединение Крыма и Кубанской области к России. Последний хан Шагин-Гирей отправлен был в Воронеж; Крым переименован в Таврическую губернию; набеги крымцев прекратились. Предполагают, что вследствие набегов крымцев Великая и Малая Россия и часть Польши с XV в. до 1783 г. лишилась от трёх до четырёх миллионов народонаселения: пленников обращали в рабов, пленницы наполняли гаремы или становились, как рабыни, в ряды женской прислуги. В Константинополе у мамелюков кормилицы, няньки были русские. В XVI, XVII и даже в XVIII вв. Венеция и Франция употребляли закованных в кандалы русских рабов, купленных на рынках Леванта, в качестве работников на галерах. Благочестивый Людовик XIV старался только о том, чтобы эти рабы не оставались схизматиками. Присоединение Крыма положило конец позорной торговле русскими рабами. Вслед за тем Ираклий II, царь Грузии, признал протекторат России.
1785 год ознаменован двумя важными законодательными актами: Жалованной грамотой дворянству и городовым положением. Устав о народных училищах от 15 августа 1786 г. осуществлён был только в малых размерах. Проекты об основании университетов в Пскове, Чернигове, Пензе и Екатеринославе были отложены. В 1783 г. основана была Российская академия для изучения родного языка. Основанием институтов положено было начало образованию женщин. Учреждены воспитательные дома, введено оспопрививание, снаряжена экспедиция Далласа для изучения отдалённых окраин.
Враги Потёмкина толковали, не понимая важности приобретения Крыма, что Крым и Новороссия не стоят потраченных на их устройство денег. Тогда Екатерина решила сама осмотреть вновь приобретённый край. Сопровождаемая послами австрийским, английским и французским, с громадной свитой, в 1787 г. она отправилась в путешествие. Архиепископ могилёвский, Георгий Конисский, в Мстиславе встретил её речью, которая славилась современниками как образец красноречия. Весь характер речи определяется её началом: «Оставим астрономам доказывать, что земля около солнца обращается: наше солнце вокруг нас ходит». В Каневе встретил русскую императрицу Станислав Понятовский, король польский; близ Кейдан — австрийский император Иосиф II. Он с Екатериной положил первый камень Екатеринослава, посетил Херсон и осмотрел только что созданный Потёмкиным Черноморский флот. Во время путешествия Иосиф замечал театральность в обстановке, видел, как наскоро сгоняли народ в якобы строящиеся селения; но в Херсоне он увидел настоящее дело — и отдал справедливость Потёмкину.
Вторая турецкая война при Екатерине II ведена была, в союзе в Иосифом II, с 1787 по 1791 г. В 1791 г., 29 декабря, заключён был мир в Яссах. За все победы Россия получила только Очаков да степь между Бугом и Днепром. В то же время шла, с переменным счастьем, война со Швецией, объявленная Густавом III в 1789 г. Она окончилась 3 августа 1790 г. Верельским миром, на основании status quo.
Во время второй турецкой войны произошёл переворот в Польше: 3 мая 1791 г. обнародована была новая конституция, что повело ко второму разделу Польши в 1793 г., а затем и к третьему в 1795 г. По второму разделу Россия получила остальную часть Минской губернии, Волынь и Подолию, по третьему — Гродненское воеводство и Курляндию. В 1796 г., в последнем году царствования Екатерины, граф Валериан Зубов, назначенный главнокомандующим в походе против Персии, покорил Дербент и Баку; успехи его остановлены были смертью императрицы. Последние годы царствования Екатерины II омрачились, с 1790 г., реакционным направлением. Тогда разыгралась французская революция, и с нашей домашней реакцией вступила в союз реакция общеевропейская, иезуитско-олигархическая. Агентом и орудием её был последний любимец Екатерины князь Платон Зубов, вместе с братом, графом Валерианом. Европейской реакции хотелось втянуть Россию в борьбу с революционной Францией — борьбу, чуждую прямым интересам России. Екатерина говорила представителям реакции любезные слова и не давала ни одного солдата. Тогда усилились подкопы под трон её: возобновились обвинения, что она незаконно занимает престол, принадлежащий Павлу Петровичу. Есть основание предполагать, что в 1790 г. готовилась попытка возвести Павла Петровича на престол. С этой попыткой, вероятно, соединена высылка из Петербурга принца Фридриха Вюртембергского. Домашняя реакция тогда же обвиняла императрицу якобы в чрезмерном свободомыслии. Основанием обвинения служило, между прочим, дозволение переводить Вольтера и участие в переводе «Велизария», повести Мармонтеля, которую находили антирелигиозной, ибо в ней не указано различия между добродетелью христианской и языческою.