Введённые в заблуждение жители города не только не возражали против строительства ковчега, но и помогали Утнапишти. Чтобы ускорить работу, правитель Шуруппака резал быков и овец, поил работников белым и красным вином. Даже детей заставили носить битум, которым пропитывали судно.
На седьмой день корабль был закончен. Спуск на воду оказался очень трудным, и судно пришлось подпирать кольями снизу и сверху, пока оно не погрузилось в воду на две трети. После этого Утнапишти посадил на корабль свою семью и родственников, взял «что имел живой я твари», а также «скот степной и зверье». Параллели с библейской историей — вплоть до семи дней, которые ушли на постройку ковчега, — очевидны. Тем не менее Утнапишти пошёл дальше Ноя и взял на борт всех мастеровых, которые помогали ему строить судно.
Сам он должен был взойти на корабль по определённому сигналу, о котором ему рассказал Энки. Подать сигнал должен был Шамаш, бог огненных ракет:
Время назначил мне Шамаш:Утром хлынет ливень, а ночью Хлебный дождь ты узришь воочью, — Войди на корабль, засмоли его двери.
Нам остаётся лишь гадать, какая связь между запуском Шамашем ракеты и моментом, когда сам Утнапишти должен был спрятаться внутри ковчега. Как бы то ни было, а в назначенное время Утнапишти «вошёл на корабль, засмолил его двери».
Буря началась, «едва занялось сияние утра». Послышались ужасающие раскаты грома. На горизонте появилась чёрная туча. Ветер вырывал опоры домов и причалов. На землю опустилась тьма. «Что было светлым, — во тьму обратилось, вся земля раскололась, как чаша».
Южный ветер дул шесть дней и семь ночей:
Ходит ветер шесть дней, семь ночей,
Потопом буря покрывает землю.
При наступлении дня седьмого
Буря с Потопом войну прекратили,
Те, что сражались подобно войску.
Успокоилось море, утих ураган — Потоп прекратился.
Я открыл отдушину — свет упал на лицо мне,
Я взглянул на море — тишь настала,
И все человечество стало глиной!
Воля Энлиля и Совета богов была исполнена.
Но они не знали, что план Энки тоже сработал. В бурных водах плавало судно с мужчинами, женщинами и детьми, а также с разными земными тварями.
Когда буря стихла, Утнапишти «открыл отдушину — свет упал на лицо». Оглянувшись, он увидел, что «плоской, как крыша, сделалась равнина». Утнапишти упал на колени и заплакал, а затем стал высматривать в морской дали линию берега. Сначала он ничего не видел, но потом:
В двенадцати поприщах поднялся остров.
У горы Ницир корабль остановился.
Гора Ницир корабль удержала, не даёт качаться.
Шесть дней Утнапишти ждал на неподвижном ковчеге, приставшем к вершине горы. Затем он, как и Ной, выпустил голубя, чтобы тот нашёл землю, но птица вернулась в ковчег. Выпущенная ласточка тоже вернулась. Третьим полетел ворон, который нашёл землю и карканьем возвестил об этом. Тогда Утнапишти выпустил всех зверей и птиц и сам сошёл на сушу. Первым делом он, как и Ной, совершил жертвоприношение.
На этом этапе повествования вновь проявляется различие между библейской версией с единым Богом и шумерской, где богов много. Во время жертвоприношения Ноя «обонял Господь приятное благоухание», а когда жертвы приносил Утнапишти, «боги почуяли запах, боги почуяли добрый запах, боги, как мухи, собрались к приносящему жертву».
По свидетельству Книги Бытия, Бог поклялся отказаться от намерения уничтожить человечество. В вавилонской версии эти слова произнесла Великая Богиня: «Так эти дни я воистину помню, во веки веков я их не забуду!»
Однако проблема была не в этом. Когда на месте событий наконец появился Энлиль, то думал он вовсе не о еде. Он пришёл в ярость, обнаружив, что кто-то сумел пережить Потоп: «Какая это душа спаслася? Ни один человек не должен был выжить!»
Нинурта, сын и наследник Энлиля, тут же указал пальцем на Энки: «Кто, как не Эа, замыслы строит, и Эа ведает всякое дело!» Энки и не думал отпираться — он произнёс необычайно искусную речь в свою защиту. Отдав должное мудрости Энлиля и согласившись, что у того были причины устроить Потоп, реалист Энки соединил признание с отрицанием вины. Он заявил, что не выдавал тайну богов, а лишь позволил «многомудрому» человеку догадаться о том, что они задумали. Раз уж этот человек оказался таким мудрым, сказал Энки, обращаясь к Энлилю, «теперь ему совет посоветуй!»