Во время реставрационных работ 2002 г. медные листы скульптуры скрепили между собой аргонно-дуговой сваркой. Внутри нее закрепили новый стальной каркас, а все полости заполнили полиуретановой пеной. В толще пены установили резонансные гасители колебаний. Отремонтировали основание и сделали водоотвод. Для защиты меди от коррозии поверхность скульптуры покрыли тремя слоями специального состава.
При этом реставраторов ожидал целый ряд сюрпризов. Внутри одной из лошадей нашли матрас. В полой руке богини обнаружили бутылочку, в которой раньше была паяльная кислота. Внутри бутылочки находилась свернутая в рулончик свинцовая полоска. На ней был выцарапан текст, который остатки кислоты почти полностью уничтожили. Удалось разобрать только слова «сатрапы» и «воля для народа». А в голове богине лежали инструменты чеканщика. В глухой комнатке, имеющейся в основании скульптуры, нашли бутылки из-под английского пива. Видимо, мастера зарабатывали неплохо, поскольку это пиво доставлялось тогда морем из Англии и стоило дорого.
Во время празднования 300-летия в колесницу попала ракета фейерверка. Загорелись окружавшие ее реставрационные леса и декорации. Скульптура очень сильно пострадала. Отдельные ее части пришлось восстанавливать практически заново, что обошлось в 22 млн руб. После этого случая использовать на Дворцовой площади фейерверки и ракеты запретили. А спустя две недели на улицах города появились изготовленные задолго до праздника постеры «Петербург встречает новое тысячелетие». На них было изображение колесницы Славы в зареве пламени. Горожане сначала подумали, что у художника проявился дар предвидения, но при внимательном рассмотрении постера все оказалось гораздо проще. Колесница изображена в лучах солнца, что и создавало иллюзию пламени.
Уже в начале XXI в. восточное крыло здания Главного штаба передали Эрмитажу для организации здесь временных выставок и постоянной экспозиции, посвященных быту и искусству XIX–XX вв. В связи с этим провели большой комплекс работ по реконструкции здания и реставрации ряда помещений.
Основная экспозиция будет располагаться в анфиладе залов на 2–5-м этажах, опоясывающих цепочку из пяти внутренних дворов. Сами дворы, превращенные в атриумы, предназначаются для устройства крупных временных выставок. Первый этаж отдается под гардеробы, билетные кассы, административные помещения, информационный центр, кафе, музейные магазины и прочие коммерческие объекты. Чердаки будут музеефицированы. Предусмотрена также полная модернизация инженерных сетей, устройство систем климат-контроля, охранной сигнализации.
Проект разработан «Студией 44» Н. И. Явейна, а реализуется группой компаний «Интарсия». В части реставрации старых интерьеров в проекте участвовала «Архитектурная студия Михайлова».
Изначально горожан убеждали, что никаких внешних изменений в историческом здании не будет. По утверждению Яйвена, «единственное, что авторы позволили себе изменить, — частичная разборка стен поперечных перемычек в хозяйственных дворах-колодцах. За счет этого будет создана анфилада дворов и залов для проведения выставок и размещения „висячих“ садов». Однако без тревог и скандалов дело не обошлось.
В августе 2009 г. на фасаде, выходящем на Мойку, появились трещины. Градозащитники забили тревогу, но строители и представители Эрмитажа заявили, что эти трещины существовали и до начала работ. А летом 2012 г. на крыше реконструируемого крыла появились стеклянные конструкции (двускатные световые фонари), явно диссонирующие с обликом здания.
Поднялся шум, и строители вынуждены приостановить работы. Представители фирмы «Интарсия», как генерального подрядчика, выступили с заявлением, что: «…в процессе выполнения работ по проекту „Реконструкция и реставрация восточного крыла здания бывшего Главного штаба (Государственный Эрмитаж)“ в 2011 году генеральным подрядчиком ООО „Интарсия“ было установлено, что некоторые решения авторов проекта — ООО „АМ Студия 44“ нарушают визуальные характеристики главного фасада здания. Поэтому дальнейшее возведение светопрозрачных конструкций, несмотря на жесткий график производства работ, компанией „Интарсия“ были остановлены. О сложившейся ситуации мы незамедлительно проинформировали заказчика (ФИСП), пользователя (Государственный Эрмитаж) и авторов проекта ООО „АМ Студия 44“». В результате архитектурное решение было пересмотрено, и видимые с улицы новодельные стеклянные конструкции на крыше здания исчезли.