Представителей русской знати все это шокировало. Заметив их реакцию, молодая царица, задумавшая все переменить при дворе, на следующий день вообще почти никого из русских не пригласила. Ее повара приготовили польские блюда, слуги накрыли так, как это делалось у нее дома, — с тарелками, ножами и вилками (по русскому обычаю того времени, на стол ставились только приправы, есть же приходилось руками, держа куски мяса или рыбы на весу). Когда же все насытились, начались танцы, при этом сама царица танцевала не только с мужем, но и с польскими шляхтичами. Об этом узнали представители русской знати и страшно возмутились. Было ясно, что новая государыня задумала перестроить русский быт на свой манер, порушить старину, попрать православную веру и даже раздать всю страну своим многочисленным родственникам. Допустить этого было нельзя. Заговор, тайно готовившийся В. И. Шуйским, стал обретать все новых сторонников. На этот раз его участники твердо держали рот на замке.
Марина со своими фрейлинами ни о чем не подозревала. Она от души веселилась, наслаждалась властью над влюбленным мужем и огромной страной. Чтобы свадебные торжества стали еще более увлекательными, она задумала устроить маскарад.
Для этого вместе с дамами занялась изготовлением масок и карнавальных костюмов. Естественно, для патриархального русского общества это выглядело чем-то кощунственным и даже бесовским. Поэтому Шуйский решил, что дольше откладывать переворот нельзя.
Ранним утром 17 мая по всему городу разнесся перезвон колоколов. Это считалось вестником какого-то несчастья. Под предлогом сообщения о нем группа бояр ворвалась во дворец, охраняемый лишь горсткой наемников. Женитьба и бесконечные празднества приступили бдительность Лжедмитрия, поэтому заговорщикам удалось существенно уменьшить число стражников. Они быстро перебили всех сопротивляющихся и стали искать самозванца. Тот бегал по покоям как заяц, не зная, где найти спасение. Предупрежденная об опасности Марина тоже в страхе заметалась, ища укромный уголок. Ей показалось, что в темном подвале ее никто не найдет, но грозные голоса зазвучали повсюду. Тогда Марина побежала наверх к фрейлинам, на лестнице она столкнулась со своими врагами, но те ее не узнали — без роскошных нарядов она была настоящей дурнушкой. В покоях она с ужасом узнала, что все красивые полячки изнасилованы и ограблены, а для нее самой единственным местом спасения остались пышные юбки престарелой гофмейстерины, на честь которой никто покушаться не стал.
Только к вечеру старшие бояре начали наводить во дворце порядок. Трясущаяся от страха Марина с ужасом узнала, что ее муж убит. Теперь его называли только вором и расстригой Гришкой Отрепьевым. Сама она лишалась всех прав на царскую корону и вместе с родственниками была арестована. Все ее драгоценности и наряды, даже собственные, которые она привезла из Польши, конфисковали. Начались допросы, во время которых бояре требовали от всех сознаваться в том, что они были участниками самозванческой авантюры и помогали Отрепьеву обманывать русских людей и бороться за московский престол.
Возможно, Марина с отцом знали, что «царевич Дмитрий» не был настоящим сыном Ивана Грозного, но говорить об этом они не стали. Более того, Юрий Мнишек даже попытался обвинить бояр в том, что они сами ввели его в заблуждение, утверждая в ответной грамоте, что Дмитрий — истинный царский сын.
Все разбирательства закончились тем, что часть малознатных поляков отправили на родину, а Марину с родственниками отправили в ссылку подальше от Москвы. Сама она с отцом оказалась в Ярославле, брат Николай — в Ростове, князь Вишневецкий — в Костроме и т. д. На месте их поселили в специально отстроенном доме за высоким забором. Какие-либо контакты с местными жителями были запрещены. Охранять пленников поручили приставу с несколькими десятками стрельцов. Они же должны были обеспечивать их продовольствием, но не в слишком большом количестве.
Оказавшись в таких неприглядных условиях, Марина чуть было не впала в отчаяние. Ей очень захотелось домой, в Самбор. Правда, отец, как мог, утешал ее, уверяя, что король Сигизмунд не допустит, чтобы его подданные долго находились в русском плену, и поможет им освободиться. Уже осенью 1606 года в Ярославль стали приходить слухи о том, что «царь Дмитрий» спасся и вновь собирается идти с большим войском на Москву. Это вселяло надежду на скорое освобождение и возвращение былого величия и богатства. Ведь Дмитрий не мог так скоро забыть свою любимую женушку.
Вскоре охрана польских пленников стала еще более пристальной, а рацион питания — более скудным. Становилось ясно, что около Москвы происходили какие-то важные события. Не выдержав состояния неизвестности, некоторые члены свиты Марины сбежали. Сама бывшая царица боялась отправиться на поиски якобы спасшегося мужа, поскольку стояла суровая зима и можно было заплутать в бескрайних русских лесах и заснеженных равнинах. К Рождеству охрана пленников ослабла, поскольку часть стрельцов также сбежала, почти перестали давать еду. В результате Юрий Мнишек добился у пристава разрешения самостоятельно покупать продукты на местном рынке. Из-за плохого питания и холодов многие поляки заболели: кто надсадно кашлял, кто страдал от боли в горле, кто метался в жару.
Марину все эти напасти миновали, хотя особо крепким здоровьем она не отличалась. Только к весне положение улучшилось. От путников удалось узнать, что войско «царя Дмитрия» потерпело под Москвой поражение и отошло к Калуге. Примечательно, что после этой печальной вести пристав начал больше заботиться о пленниках. Им стали давать все необходимое: мясо, молоко, яйца, овощи, сено для лошадей и дрова. Пленники согрелись, откормились и повеселели. Некоторые шляхтичи даже познакомились с местными жителями и стали устраивать частые совместные застолья, которые нередко заканчивались потасовками. Юрий Мнишек вошел в дружеские отношения с местным воеводой и проводил с ним время в беседах и пирах. Молодые девушки из свиты Марины нашли себе женихов в окружении ее отца, в результате было сыграно несколько свадеб.
В конце концов как-то незаметно все привыкли к новой жизни и даже находили ее не такой уж плохой — ни о чем не приходилось заботиться: еду и напитки исправно поставляли приставы, ярославцы были достаточно дружелюбны и гостеприимны. Некоторые занялись рыбалкой и с удовольствием лакомились великолепной волжской рыбой с черной икрой.
Из Москвы приходили самые противоречивые известия. По одним — «царь Дмитрий» был окончательно разбит и бежал назад в Польшу, по другим — В. И. Шуйский был на грани разгрома. Что из этого было правдой, никто не знал, но это уже и не волновало так сильно, как раньше. Больше огорчило другое — часть пленников отправили дальше на север, в Вологду, и умер отец Бенедикт, который был для всех мудрым наставником и утешителем.
Зимой 1607/08 года стало окончательно ясно, что «царь Дмитрий» жив и собирает новое войско. Весной он начал с В. И. Шуйским ожесточенную борьбу и во всех сражениях одерживал победу. Охрана ярославских пленников окончательно ослабла, и можно было даже бежать, но этому мешала широко разлившаяся Волга. К тому же многие стали опасаться каких-либо перемен в своей жизни, очень спокойной и размеренной.
Наконец в мае из Москвы прибыл царский гонец, который сообщил, что Марине с отцом следует вновь собираться в путь — в столице их ждали польские послы, которые должны были отвезти их на родину. На этот раз дорога не заняла много времени — Шуйский хотел как можно скорее избавиться от опасных пленников. Новый Лжедмитрий все ближе и ближе продвигался к Москве, признание Мариной его истинности было очень опасным.
Юрий Мнишек, поняв, что положение царя Василия Шуйского непрочно, стал диктовать ему свои условия: вернуть разграбленное имущество, освободить всех членов его свиты и т. д. Наконец договорились, что в октябре вместе с послами все пленники отправятся домой. Но сделать это пришлось уже в августе, поскольку около столицы образовался Тушинский лагерь «царя Дмитрия».
Марина понимала, что совсем рядом находится тот, кто может вернуть ей все, но Шуйский не должен был заподозрить ее в желании связаться с «мужем». Ведь за это она могла поплатиться головой. Чтобы усыпить бдительность царя, она даже поклялась, что отказывается от своего высокого титула и никогда не будет предъявлять права на московский престол. После этого ей с отцом позволили выехать по северной дороге по направлению к Польше. Сопровождала их тысяча стрельцов. Но доехать удалось только до города Белая. Около города на кортеж напали сторонники нового самозванца и предложили им отправиться в Тушино. Естественно, Марина с радостью согласилась. Теперь она твердо верила, что ее любящий муж жив. Весело напевая, она пересела в присланную для нее карету и в приподнятом настроении отправилась в обратный путь.