Шум и крики очень напугали Марию Петровну. Она опасалась и за себя, и за малютку дочь, и за мужа. Царь Василий решил защитить ее во что бы то ни стало. Смело вышел он на Красное крыльцо и громко крикнул крамольникам: «Как вы, клятвопреступники, посмели ворваться сюда? Кто вы такие, чтобы сводить меня с престола? Это дело не ваше, а бояр и выборных от городов. Поэтому убирайтесь отсюда, пока стрельцы не расправились с вами».
Посрамленные зачинщики бунта поспешили разойтись, а с ними и вся толпа. Боясь наказания, многие из них бежали в Тушино.
Сложившаяся ситуация очень испугала царицу Марию, особенно ее беспокоило будущее дочери. Поэтому она решила припрятать у своих родственниц некоторые ценные вещи: золотые сережки с изумрудами и рубинами, жемчужные ожерелья, соболиные шубки и постельное белье. Часть вещей отвезли к ее сестре Марии, часть — к родственнице Ирине Буйносовой и некоторым другим знакомым. Но эти меры оказались напрасными — царевна умерла во младенчестве, самозванцу же не удалось взять Москву. Позднее все ценности пришлось продать, поскольку царю нечем было платить жалованье служилым людям.
Весь 1609 год Марии Ивановне приходилось добывать для мужа деньги. Ее ближним боярыням Соломонии Бахтеяровой, Анне Урусовой и Прасковье Колычевой приходилось спарывать жемчуг и драгоценные камни с одежды прежних царей и цариц и отдавать своим слугам на продажу. Самим боярыням это делать было неудобно. Вырученные деньги тут же отдавали ближним людям В. И. Шуйского: Семену Прозоровскому, Ивану Чепчугову и другим. Всего удалось добыть 17 тысяч рублей, что по тем временам было очень большой суммой.
На собственный обиход царице почти ничего не оставалось. На помин отца она смогла дать только 4 рубля, на сороковины дочери было потрачено всего несколько рублей, хотя по обычаю полагалось дать не менее 500 рублей. За целый год Мария Петровна потратила только 253 рубля. Для себя она лишь дважды покупала мыло и румяна. Все остальное ушло на жалованье прислужницам, на пожертвование в церкви и монастыри и на милостыню. 22 рубля на свои нужды выпросил брат Иван (за несколько раз).
Чтобы одарить своих ближних людей, царице приходилось брать вещи из царской казны, преимущественно шубки, летники, опашни, шапки и украшения. Позднее все это у них было конфисковано.
Несомненно, осадное положение заставило царскую семью жить очень скромно и совсем забыть о развлечениях и празднествах.
С этого времени царь В. И. Шуйский стал очень подозрительным и предпочитал опираться на своих родственников и близких жены. Боярство получил ее родич князь В. И. Бахтеяров-Ростовский. Вместе с ее дядей В. И. Буйносовым-Ростовским он вошел в Ближнюю думу.
Высокое положение Марии позволило ее младшим сестрам выгодно выйти замуж. Средняя сестра, Мария, стала женой одного из наиболее знатных князей — И. М. Воротынского. Он был сыном прославленного полководца М. И. Воротынского, спасшего Москву от полчищ крымского хана Девлет-Гирея в 1572 году. Правда, царствовавший тогда Иван Грозный не оценил его подвиг и, обвинив в чародействе, казнил. Сын, хотя и получил боярство, был далеко от трона и при Федоре Ивановиче, и при Борисе Годунове. Возвысил его только Лжедмитрий I, а при Василии Шуйском он стал одним из ведущих военачальников и близким царю человеком.
Самая младшая сестра царицы вышла замуж за князя А. Г. Долгорукова. Он сделал карьеру уже при царе Михаиле Федоровиче и прожил вместе с женой долгую жизнь.
Первая дочь Марии Петровны оказалась очень слабеньким ребенком и вскоре умерла. Это очень печалило Василия Шуйского. Но вскоре выяснилось, что царица вновь беременна. Все надежды теперь связывали со вторым ребенком, который должен был родиться в начале 1610 года.
Однако осенью 1609 года на территорию Русского государства вторгся новый враг — польский король Сигизмунд III. Под предлогом того, что царь заключил договор о взаимопомощи с его противником шведским королем Карлом IX, он осадил Смоленск и вознамерился его захватить. Помочь жителям города было некому М. В. Скопин сражался у Твери и Калязина, другая царская рать под началом Ф. И. Шереметева надолго застряла в Поволжье. В. И. Шуйский торопил обоих полководцев и просил как можно скорее снять осаду Москвы, но они не могли оставлять в тылу врагов.
Только в конце 1609 года полководцы-освободители подошли близко к Москве и обосновались в Александровой слободе. Но последний бросок к столице все откладывали. Мария Петровна считала это очень подозрительным. Возникал вопрос: а не задумали ли они взять власть в свои руки и свергнуть непопулярного царя? О том, что В. И. Шуйский был нелюбим подданными, царице было давно известно. Ведь он не смог отогнать Тушинского вора, окончательно истощил казну, которая из-за осады не наполнялась поступлениями из городов и Сибири.
Вскоре из Александровой слободы стали приходить тревожные вести. Некоторые городовые воеводы, в первую очередь рязанец П. П. Ляпунов, прямо называли молодого Скопина русским государем, царя Василия же они всячески поносили и обвиняли во всех смертных грехах. Но изменить ситуацию В. И. Шуйский не мог — у него не было ни войска, ни денег, ни достаточного количества верных сторонников. Он даже не осмеливался отправлять указы племяннику, у которого в руках были все рычаги власти, даже сбор налогов.
Радовало лишь то, что в начале 1610 года Тушинский лагерь окончательно развалился. Лжедмитрий II бежал в Калугу, его польские сторонники отправились под Смоленск служить своему королю Сигизмунду, а русские тушинцы просто разбежались.
Наконец в марте полководцы-победители торжественно въехали в столицу, восторженно приветствуемые жителями. Царь Василий и Мария Петровна притворились, что даже рады победе М. В. Скопина, но в глубине души к нему сохранялось настороженное отношение. Пиры и награждения были очень скромными, поскольку продовольствия в Москве было мало, кормить за казенный счет следовало еще и шведских наемников, которые после весенней распутицы должны были выступить против короля Сигизмунда и освободить Смоленск от блокадного кольца.
Марии Петровне стало казаться, что былые беды уходят в прошлое. Она вновь стала матерью и родила девочку, названную Анастасией. Хотя практики передачи престола женщинам не было, ее можно было удачно выдать замуж за отпрыска европейского королевского дома и закрепить за ней царскую власть. Беспокоило только слабое здоровье ребенка, ведь и отец был престарелым, и мать во время беременности испытала немало волнений и невзгод. Через несколько месяцев и этот ребенок умер.
Москвичи же наслаждались свободой и активно устраивали всевозможные домашние праздники. Самым желанным гостем на них был М. В. Скопин-Шуйский. В начале апреля сестра Марии Петровны Екатерина родила мальчика, названного Алексеем. По случаю его крестин в доме И. М. Воротынского был устроен пир. Крестным отцом младенца был приглашен Скопин, матерью — жена Д. И. Шуйского Екатерина Григорьевна. Всем было весело и радостно. В конце празднества кума, по обычаю, поднесла куму перепивальную чашу с вином. Отведав его, молодой богатырь Скопин вдруг почувствовал себя плохо. Слуги отвезли его домой, но там его состояние ухудшилось. Срочно вызвали докторов, но они ничем не могли помочь умирающему князю. Всем стало ясно, что полководец отравлен, и отрава, судя по всему, была в перепивальной чаше. Однако доказать в то время это было невозможно. Через несколько дней мучений прославленный полководец скончался. Вся Москва горевала о потере. Только в царском дворе печаль была показной. Жене Скопина Елене выдали из казны 60 рублей на похороны. Царь Василий и Мария Петровна решили, что без Скопина их престолу уже ничто не будет угрожать. Увы, они жестоко просчитались. Вскоре оказалось, что защищать и подпирать шатающийся царский трон практически некому.
Известие о смерти знаменитого воеводы заставило активизироваться и короля Сигизмунда, и Лжедмитрия II. В начале лета к Москве двинулось польское войско под началом гетмана С. Жолкевского. Против него был направлен царский брат Д. И. Шуйский, бездарный полководец, во главе боеспособных полков, включавших шведских наемников. 23 июня 1610 года у села Клушино состоялась битва, закончившаяся полным разгромом русской армии. Шведы не захотели оставаться под началом Шуйского и прямо с поля боя отправились в сторону Новгорода, который позднее захватили. Остальные русские воины едва спаслись бегством. Путь к столице оказался открытым.