Осенью 1607 года после взятия Тулы и сдачи в плен Болотникова и Петруши все стали надеяться на близкую мирную и спокойную жизнь. Но лето 1608 года показало, что все ожидания напрасны: к столице подошла и осадила ее большая армия Лжедмитрия II. Сражаться с новым самозванцем у царя Василия Шуйского сил уже не было.
Ксения — Марфа поначалу стоически отнеслась к новому бедствию. Однако вскоре она узнала, что Ростов, где находился ее муж, захвачен и разграблен сторонниками самозванца. Сам митрополит был взят в плен и отвезен в ставку Лжедмитрия II в Тушино. Там, вольно или невольно, ему пришлось взять на себя функции патриарха, так как табор был провозглашен второй столицей со своим государем, Боярской думой, двором, правительством и главой церкви.
Судьба бывшего мужа очень беспокоила Ксению — Марфу, ведь в любой момент он мог погибнуть от рук поляков или пьяных казаков. Боялась она и того, что его возвышение в Тушине самым отрицательным образом скажется на положении при дворе ее самой и сына. Но Шуйский, чувствуя, что трон под ним качается, уже не был способен на жестокие репрессии. К тому же многие представители знати часто меняли государей, желая за свою службу получить чины и земельные угодья не только в Москве, но и в Тушине. В народе их даже прозвали перелетами.
Правда, муж Татьяны И. М. Катырев все же угодил в ссылку в Сибирь за то, что во время одного из важных сражений задумал переметнуться к самозванцу. Разлука с ним, а также всевозможные невзгоды осадного положения окончательно подточили слабое здоровье молодой княгини, и в возрасте 18–19 лет она умерла. Для Ксении — Марфы смерть дочери стала большим горем. Теперь единственной ее опорой остался сын Михаил.
Противостояние двух полуцарей закончилось победой В. И. Шуйского. Обеспечил ее племянник М. В. Скопин-Шуйский, пришедший на помощь Москве со шведскими наемниками. Лжедмитрий II в конце 1609 года бежал в Калугу, его польские сторонники направились к своему королю Сигизмунду III, осадившему Смоленск. Они захватили с собой Филарета, видимо в качестве ценного пленника. Узнав об этом, Ксения — Марфа стала умолять царя Василия отбить бывшего супруга и вернуть его в столицу. За поляками был послан отряд, который настиг их в Иосифо-Волоколамском монастыре. Сражаться за Филарета никто не стал, и бывший тушинский патриарх смог вернуться к сыну и Ксении — Марфе. В Ростов он уже не поехал, поскольку обстановка в стране была очень сложная. В апреле внезапно скончался прославленный полководец М. В. Скопин-Шуйский, в июне была бездарно проиграна Клушинская битва, и под Москвой оказались сразу два грозных противника: коронный гетман С. Жолкевский и Лжедмитрий П. В июле царь Василий был свергнут, и власть перешла в руки семи бояр. Одним из них был брат Филарета И. Н. Романов, в родстве с ним состояли также Ф. И. Мстиславский, Ф. И. Шереметев, И. М. Воротынский и Б. М. Лыков. Последний женился на Анастасии Никитичне, жившей когда-то вместе с Татьяной и Михаилом в Белозерской тюрьме, а потом с ними и Ксенией — Марфой под надзором приставов в селе Клин.
Сначала «семибоярщики», так прозвали в народе главных бояр, думали собрать Избирательный земский собор и сообща выдвинуть кандидатуру нового царя. При этом патриарх Гермоген стал уверять всех, что только юный Михаил Романов достоин престола, поскольку по родству ближе всех к царю Федору Ивановичу. Но его никто не поддержал, так как четырнадцатилетнему мальчику было не под силу справиться со сложнейшими задачами, стоявшими в то время перед государством: разбить Лжедмитрия И, изгнать польских и шведских интервентов (бывшие союзники шведы, воспользовавшись слабостью русской верховной власти, осадили Новгород и захватили земли вокруг него), навести порядок на дорогах, где хозяйничали шайки казаков-разбойников. Для решения этих задач не было ни армии, ни денег, ни поддержки общества — жестокие междоусобицы раздирали страну на части.
Ксения — Марфа, узнав о предложении Гермогена, пришла в ужас. Избрание на престол в то время было равносильно смерти, и для своего единственного сына она не хотела такой участи. К ее радости, правительство «Семибоярщина» решило вступить в переговоры с Жолкевским, склоняясь к предложению бывших тушинцев возвести на московский престол польского королевича Владислава. Одним из наиболее рьяных сторонников этого был и Филарет, искренне полагавший, что юный Владислав будет послушной игрушкой в руках русских бояр и его избрание примирит двух давних врагов — Польшу и Россию.
В сентябре 1610 года было решено, что представительное Смоленское посольство отправится к королю Сигизмунду для переговоров об условиях воцарения его сына на русский престол. Во главе посольства бояре поставили Филарета и знатного князя В. В. Голицына. Всего в его состав вошло больше 100 человек.
Выдвижение митрополита Филарета на столь важный пост говорило о том, что в правительственных кругах он пользовался большим авторитетом и, несомненно, должен был стать наследником престарелого патриарха Гермогена. Однако из-за коварства польского короля Филарет долгих девять лет пробыл в польском плену. Во время переговоров выяснилось, что Сигизмунд не желал крестить Владислава в православную веру, отправив в Москву с небольшой свитой, а хотел силой присоединить ослабленное Русское государство к своей короне. Строптивых послов во главе с Филаретом Сигизмунд арестовал и отправил под охраной в Польшу.
Известие это дошло до столицы не сразу. Коварный король заявил, что послы поехали к Владиславу умолять его принять царский венец. Ксения — Марфа узнала правду только из тайных писем мужа, отправлявшихся с верными слугами. В них Сигизмунд и поляки назывались главными врагами Отечества. Но боярское правительство понимать этого не хотело. В Москву ввели польский гарнизон, население было обязано целовать крест Владиславу, а через некоторое время — даже самому Сигизмунду. Сотрудничать с поляками отказывался только патриарх Гермоген. Он сразу почувствовал со стороны короля-католика угрозу православию. Поэтому и стал рассылать по всей стране грамоты, в которых призывал русских людей начать борьбу с польскими интервентами. Его послания нашли горячий отклик в сердцах русских патриотов. Самым надежным его сторонником стал рязанский воевода П. П. Ляпунов. Уже от своего имени он призывал всех воинов объединиться и начать борьбу за освобождение Москвы. Так было сформировано Первое ополчение. К этому времени Лжедмитрий II уже был убит (в декабре 1610 года) и его сподвижники Д. Т. Трубецкой и И. М. Заруцкий влились в ряды ополченцев.
Все это трудное время Ксения — Марфа находилась с сыном в столице. Их покровителями были сразу несколько членов «Семибоярщины», поэтому покидать город они не решались. Ополченцы, вошедшие в союз с бывшими тушинцами и даже казаками, выглядели новыми, хотя и непонятными врагами. У высшей знати, к которой принадлежала и наша героиня, возникал вопрос: за чьи интересы они собирались сражаться? Многим казалось, что их целью были грабежи и разбои.
Но далеко не все в столице разделяли взгляды временного правительства. Горожанам не нравилось засилье польского гарнизона: все городские ворота были в руках поляков, москвичи не имели права ходить с оружием и даже привозить в город тонкие дрова (считалось, что из них можно изготовить увесистые дубинки), в ночное время всякое передвижение было запрещено даже на заутреннюю службу.
Напряженное положение привело к тому, что 19 марта стихийно вспыхнуло восстание против поляков. Опытные воеводы, в том числе и Д. М. Пожарский, тут же взяли инициативу в свои руки. На улицах, ведущих к Китай-городу и Кремлю, были построены баррикады, к ним подкатили орудия, и началась перестрелка.
Эта ситуация крайне обеспокоила Ксению — Марфу, проживавшую на Варварке в Китай-городе. Она срочно переселилась в Кремль к Шереметевым, чтобы уберечь от опасности сына. Действительно, уже к концу дня бои стали ожесточеннее. Полякам удалось укрыться только в Кремле и Китай-городе. Возникала угроза их окружения.