Чтобы вернуть былое влияние, она напомнила сыну, что они вместе давали обет посетить несколько отдаленных монастырей в случае освобождения Филарета. Тот возражать не стал и согласился в конце лета отправиться в дальний путь. Вместо него «на государстве» оставался отец, изрядно истосковавшийся по власти.
Было решено почти полностью повторить тот маршрут, по которому проходил путь Марфы Ивановны и Михаила весной 1613 года из Костромы. Он пролегал через Троице-Сергиев монастырь, Ростов, Переславль-Залесский, Ярославль и Кострому до Макарьевского монастыря на Унже. Всюду мать и сын посещали местные святыни и делали в монастыри щедрые вклады. Небольшая остановка произошла и в Домнине. Там местные крестьяне рассказали им о подвиге Ивана Сусанина. В благодарность за спасение уже после возвращения в Москву Михаил Федорович издал указ о награждении Богдана Собинина и его родственников. Еще раньше был награжден и приглашен толвуйский священник Герасим, помогавший Марфе Ивановне в ссылке.
Обетная поездка продолжалась месяц. Когда начались осенние дожди и дороги испортились, пересели на речные суда. Это позволило заниматься рыбалкой и отсылать в подарок Филарету в Москву белуг, осетров и стерлядей. Марфа Ивановна, кроме того, вела с ним регулярную переписку, сообщая обо всех происшествиях в пути.
Ей казалось, что с сыном и бывшим мужем у нее вновь установились теплые и сердечные отношения. Однако властный Филарет полагал, что влияние матери на взрослого сына не должно быть таким сильным. Это было ранее.
В конце концов Марфа Ивановна смирилась со второй ролью и с большим рвением стала заниматься царицыными мастерскими. Вместе с сестрой она задумала заново украсить кремлевские соборы и изготовить новые покровы на гробницы митрополитов, патриархов и государей. При ее личном участии закупались красивые ткани, золотые и серебряные нити для вышивки. Все это хранилось в особых кипарисных сундуках, ключи от которых были у Великой государыни. По утрам она давала задание каждой девушке-мастерице и выдавала нужные материалы. Через некоторое время новое убранство получили не только главные храмы страны, но и многие древние соборы в Ростове, Владимире, Суздале и в особо почитаемых монастырях.
Тем временем Филарет решил лично заняться вопросом женитьбы сына. Поскольку у Михаила никаких собственных сердечных привязанностей не было, кроме опальной Марии Хлоповой, было решено поискать невесту в европейских королевских домах. По примеру царя Бориса Годунова первой страной стала Дания. В 1621 году туда было направлено посольство А. М. Львова с целью высватать у короля одну из наиболее красивых племянниц. Однако Христиан был болен и с русским послом не встретился. В 1623 году с этой же миссией посольство поехало к шведскому королю Густаву. На примете была сестра его шурина Екатерина. Однако девушка наотрез отказалась менять свою протестантскую веру на православие, а брак русского царя с иноверкой был просто невозможен.
Потерпев неудачу за границей, Филарет поговорил с сыном и узнал, что тот не может забыть Марию Хлопову. Решили отправить в Нижний Новгород комиссию из царских родственников, которой поручалось узнать о здоровье бывшей невесты Михаила. Оказалось, что девушка здорова и у нее нет приступов рвоты. Тогда Филарет вызвал к себе врачей Бильса и Балцера, когда-то лечивших Марию. Те сказали, что и раньше не наблюдали у нее опасного заболевания — легкое расстройство пищеварения от неправильного питания. Дальнейшее расследование показало, что Хлопову оболгал Михаил Салтыков, который рассказывал всем о ее крайне тяжелом недуге. Пришлось допросить и родственников Марии. Ее отец и дядя Гаврила вспомнили, что когда-то они поссорились с Борисом Салтыковым в царской сокровищнице из-за турецкой сабли. Борис полагал, что русские мастера сделают не хуже, Гаврила же утверждал, что аналогичную саблю им не изготовить. Напрашивался вывод, что Салтыковы просто отомстили Хлоповым и, используя свое влияние на Марфу Ивановну, добились их ссылки.
Безусловно, для Великой государыни эти разбирательства были неприятны. Получалось, что она была повинна в несчастьях Марии Хлоповой. Салтыковы же были объявлены государственными преступниками за то, что расстроили царскую свадьбу. Их лишили всех званий и имущества и отправили одного в Галич, другого — в Вологду. Даже сестра Марфы Ивановны была признана виновной и сослана в Суздальский монастырь. Для Марфы Ивановны это было большим ударом, хотя в глубине души она понимала, что приговор справедлив. Получалось, что никаких оснований для лишения Марии Хлоповой звания царской невесты нет и следует готовиться к свадьбе. Но было ясно, что будущая жена никогда не простит свекровь за свои невольные страдания и добрые отношения с ней не наладит. И это еще больше отдалит Михаила от матери.
Марфа Ивановна никак не могла потерять горячо любимого сына, поэтому она тут же отправилась во дворец и заявила, что никогда не даст своего согласия на брак с Марией Хлоповой, не благословит молодых и прекратит с ними всяческие отношения. Царь не захотел ссориться с матерью и официально объявил, что девица Хлопова окончательно теряет звание его невесты. Взамен она получает право жить на полном государственном обеспечении в подаренном когда-то Кузьме Минину большом и красивом доме в Нижнем Новгороде. Но Марию это не утешило. От переживаний и незалеченной простуды она заболела туберкулезом и довольно скоро умерла.
Марфе Ивановне пришлось вновь предпринимать усилия для того, чтобы вернуть любовь сына. Весной 1623 года она отправилась с ним в богомольную поездку в Троице-Сергиев монастырь. Хотя расстояние было небольшим, путешествие продолжалось несколько дней. Во время остановок мать и сын проводили время в беседах и вместе сочиняли подробные письма к Филарету, который вновь остался за государя. С 1622 года он стал носить титул Великого государя и считаться соправителем Михаила.
Черновики писем Марфы Ивановны дошли до нас. В них много исправлений, говорящих о том, что старица с трудом находила нужные слова. Ведь ее слова предназначались не только для бывшего мужа, но и для его ближнего окружения, обычно участвовавшего в переписке официальных лиц. Марфа Ивановна хотела всем доказать, что любит Филарета, глубоко уважает и ценит его за многочисленные достоинства. Вот образец ее обращения к патриарху: «Вышеестественному в подвигах и равноангельному в изволениях, изрядному в архиереях, богодуховенному в человецах, Великому государю и владыке моему, Святейшему Филарету Никитичу, Божиею милостию патриарху Московскому и всея Руси».
Интересно отметить, что в ответ Филарет писал только Михаилу Федоровичу и даже не упоминал о Марфе Ивановне. Возможно, он хотел этим подчеркнуть второстепенность ее положения при сыне. Ведь каких-либо особых отношений у него с бывшей женой не было. К тому же Филарету, видимо, не нравилось, что Марфа Ивановна выполняет роль государыни, поскольку сын все еще холост.
Наконец летом 1624 года царской невестой официально была названа Мария Владимировна Долгорукая. Ее отец Владимир Тимофеевич с 1622 года считался патриаршим боярином и входил в ближний круг Филарета. Это, видимо, и стало главной причиной ее избрания на роль невесты Михаила. Марфа Ивановна с этим выбором также согласилась, поскольку девушка была из древнего рода князей Оболенских и имела обширные родственные связи среди Рюриковичей, столь необходимые для укрепления трона Романовых.
Свадьба состоялась 19 сентября 1624 года. Роль тысяцкого исполнял двоюродный брат царя И. Б. Черкасский, дружками со стороны жениха стали Д. М. Черкасский и Д. М. Пожарский, со стороны невесты — М. Б. Шеин и Р. П. Пожарский.
Надо сказать, что до возвращения из плена Филарета полководца-освободителя Д. М. Пожарского и его родственников при дворе не жаловали. Не последнюю роль в этом сыграла Марфа Ивановна и ее родственники. Великая государыня подозревала Пожарского в посягательстве на престол, ее племянник, Б. М. Салтыков имел неприятные местнические разборки с Дмитрием Михайловичем, когда тот в конце 1613 года отказался объявить ему боярство, то есть признать себя более худородным, чем Салтыковы. Несомненно, само назначение на эту должность было оскорблением для прославленного полководца, поэтому он и отказался ее выполнять. Но под влиянием матери Михаил настоял на своем и, судя по всему, очень обидел Пожарского. Филарет же во всем разобрался и всячески стал возвышать заслуженного полководца.