Хотя царь во многом был виноват сам, он поручил Малюте найти виновных и наказать. Естественно, что ими оказались представители знати из земщины. Осенью этого же года, чтобы развеяться после трагических событий, Иван Грозный задумал жениться в третий раз. Еше летом были устроены смотрины невест. Со всех мест в Слободу привезли 2000 красавиц. Из них царь выбрал для себя юную Марфу Собакину, а для старшего сына Ивана — Евдокию Сабурову. Первую свадьбу назначили на 28 октября. Для Б. Ф. Годунова и Марии Григорьевны она стала очень знаменательной. Борис был назначен дружкой невесты, Мария — первой свахой. Вторым дружкой стал Малюта Скуратов. Эти назначения были очень почетными, поскольку на царских свадьбах главными участниками торжеств были либо родственники царя, либо самые знатные бояре и князья.
В обязанность Марии входило сопровождать невесту и помогать посаженой матери расчесывать ей волосы, укутывать фатой и обсыпать хмелем. Потом на свадебном пиру у нее было одно из наиболее почетных мест — рядом с боярынями. Правда, свадьба проходила не в Кремлевском дворце, а в слободе и самых знатных людей на ней не было. Кроме того, она имела самые печальные последствия — молодая царица вскоре заболела и 13 ноября скончалась. Сразу появилось подозрение, что кто-то подсыпал ей яд, действующий не сразу. Подозрение могло пасть на всех членов свиты Марфы, в том числе и на Марию с мужем и Малюту Скуратова. Но царь не стал проводить расследование. Несмотря на смерть жены, он даже не стал откладывать свадьбу сына, состоявшуюся в тот же день. Возможно, новая супруга сразу же разочаровала Ивана Грозного и ее смерть не слишком его огорчала. Посылая поминальные вклады в монастыри, он это наглядно демонстрировал: по первым двум женам он отправлял по 100 рублей, а по Марфе — только 70.
Не желая долго оставаться холостым, уже в следующем, 1572 году Иван Грозный женился на Анне Алексеевне Колтовской. Вполне вероятно, что Борис и Мария были в прежних должностях в числе участников свадебной церемонии. К сожалению, роспись этой свадьбы не сохранилась. Вновь торжество проходило в Александровой слободе в близком царю кругу родственников и опричников. Однако и эта супруга быстро разонравилась царю Ивану. Через 17 недель он постриг Анну и отправил в Тихвинский монастырь под именем Дарья.
Аналогичной была и участь пятой жены царя — Анны Васильчиковой. На ее свадьбе Борис Годунов был уже дружкой самого царя, а Мария Григорьевна сидела за столом с боярынями. Однако и новая царица вскоре оказалась монастырской постриженицей.
Размышляя об участи царских жен, Мария Григорьевна наверняка радовалась, что ее супругом был покладистый и уравновешенный Б. Ф. Годунов. Ведь главным поводом для развода у царя было бесплодие жен. У нее также все еще не было детей, хотя с момента свадьбы в 1570 году прошло несколько лет.
Активно выслуживавшийся Малюта Скуратов смог удачно выдать замуж и других своих дочерей. Екатерина стала женой одного из наиболее знатных князей Рюриковичей — Дмитрия Ивановича Шуйского. Он хотя и был третьим среди братьев, но в придворной иерархии считался много выше других князей.
Последняя дочь Малюты, имя которой не сохранилось, стала женой ногайского князя Ивана Кельмаманова, о службе которого известно лишь то, что он был опричником и погиб на рубеже 1572–1573 голов.
Удачно выдав замуж дочерей и породнившись с самыми знатными боярско-княжескими родами, Малюта погиб в январе 1573 года во время осады ливонского города Пайды.
Для Марии и ее сестер это стало большой потерей, поскольку отец всегда был для них опорой и советчиком во всех делах. Только благодаря его рьяной службе царю все они смогли обрести материальное благополучие и высокое положение после замужества.
По приказу царя тело Малюты для захоронения было привезено в родовой Иосифо-Волоколамский монастырь. Там вдова и дочери смогли проститься с ним и оплакать его. По приказу царя за вдовой Марфой Степановной был сохранен оклад Малюты в 400 рублей годовых, что было совершенно уникальным явлением для того времени. Все это говорило о том, что Иван Грозный благоволил не только к своему любимцу, но и к его семье.
Через некоторое время Мария Григорьевна и ее муж еще больше приблизились к царскому трону. В 1577 году младший царевич Федор Иванович женился на сестре Б. Ф. Годунова Ирине. После этого большая часть Годуновых вошла во двор будущего Суздальского удельного князя. Боярином при нем стал Д. И. Годунов, кравчим — Б. Ф. Годунов. Марии Григорьевне предстояло войти в свиту Ирины. Конечно, служить при малом дворе царевича было не столь почетно, как при царском, но небогатая дворянка из Белой раньше не могла мечтать и об этом. В Александровой слободе все Годуновы с семьями входили в родственный круг царя Ивана Грозного. Поэтому на новой свадьбе царя с Марией Нагой они были снова в числе участников обряда. Муж Марии Григорьевны Б. Ф. Годунов — дружка невесты, она — первая сваха. Царевич Федор со своей женой Ириной — посаженые отец и мать. Потом за пиршеским столом — все на самых почетных местах.
Казалось бы, чего еще желать? Но судьба вносит поправки в жизнь Марии и ее родственников. В ноябре 1581 года трагически от руки отца погибает царевич Иван Иванович. Наследником престола становится Федор Иванович, а Годуновым предстоит быть главной опорой его трона. После воцарения Федора Ивановича в 1584 году муж Марии Григорьевны становится царским шурином, главой Земского приказа и конюшим, то есть старшим боярином. Теперь при дворе он один из главных вместе с дядей Дмитрием Ивановичем и двоюродными братьями Григорием, Степаном и Иваном Васильевичами.
Довольно скромное пребывание в Александровой слободе заканчивается. Царский двор вновь возвращается в Кремль. Б. Ф. Годунов получает обширное место для двора напротив Фроловских ворот. Остальные его родственники расселились вдоль Кремлевской стены напротив Неглинки. Все активно занялись строительством. Марии Григорьевне предстояло сделать внутреннее убранство уютным и красивым. По ее указанию закупили парчовые и шелковые ткани для занавесок, бархат — для скатертей и подушек на скамьи. Полы должны были украсить персидские ковры. Под ее началом целый штат девушек-искусниц занялся вышивкой полотенец, постельного белья и т. д. Кроме того, следовало обновить гардероб мужа — ведь он теперь был очень важным человеком. Для этих целей в светлицу доставили узорчатый бархат, золотые и серебряные нити, жемчуг и драгоценные камни, вычурные пуговицы и меха для отделки.
Фасон и узоры придумывала сама Мария Григорьевна (материнские уроки в этом отношении были ей очень кстати), девушки воплощали ее замыслы в реальные изделия, каждое из которых было настоящим произведением искусства.
Иностранцы, видевшие Б. Ф. Годунова в то время, отмечали, что он выглядел просто великолепно: на голове — остроконечная шапка из бобров, под ней была маленькая шапочка, вышитая жемчугом. Кафтан был из золотой парчи, на которую нашиты бархатные красные цветы с зелеными листьями (новшество, придуманное Марией Григорьевной). Сверху был накинут другой короткий кафтан — из красного с узорами бархата. Под кафтанами белая атласная рубашка, рукава которой и ворот вышиты жемчугом и драгоценными камнями (узор для нее придумывала сама Мария Григорьевна).
Вскоре просторный трехэтажный дом на высоком подклете был готов. Для приема гостей выстроена особая каменная палата на трех подклетах, в которых размещались кладовые для всевозможных припасов, доставляемых из поместий. Мария Григорьевна была очень рачительной хозяйкой и редко покупала продукты на московских рынках. По ее указанию все необходимое доставлялось из подмосковных деревень: мясо, яйца, молоко, зерно, овощи. Сама она руководила засолкой огурцов, капусты, грибов, варкой пива и медов. Всему этому она была хорошо обучена в доме матери. Если что-либо она не знала, то всегда могла спросить у матери, которая приняла постриг в Новодевичьем монастыре под именем Маремьяна. Часто встречалась она и с рано овдовевшими сестрами. Младшая сама справлялась с не слишком большим владением мужа. Старшая же попросила Б. Ф. Годунова быть ее опекуном, ведь общий доход от имений превышал 40 тысяч рублей. По тем временам это была очень большая сумма, которую трудно было потратить бездетной женщине. (Единственная дочь Анны умерла в юности.) Вскоре Анна переселилась к Марии Григорьевне и стала помогать ей вести большое хозяйство.