Общий доход семьи Б. Ф. Годунова составлял 93 700 рублей. В него включались: жалованье конюшего, средства, поступаемые с вотчин и поместий, налоги с московских бань и купален, пчельников и лугов вдоль Москвы-реки, а также с пожалованных царем волостей Вага и Камарицкая. В числе многочисленных вотчин были и земли в Бельском уезде и около Малоярославца, составлявшие приданое Марии Григорьевны. Они приносили 1757 рублей.
Сама хозяйка редко ездила в дальние имения, но подмосковные владения она посещала регулярно. Особенно ей нравилось село Хорошево, наиболее близкое от Москвы. В нем был построен красивый каменный храм и прекрасный дом. Другой загородной резиденцией были Большие Вяземы: уютный, просторный деревянный дом, великолепный пятикупольный храм, украшением которого Мария Григорьевна руководила лично. Туда семья Годуновых переселялась на летнее время. Девушки вышивали для этого дома пелены и покровы, мастера-ремесленники изготавливали красивые подсвечники, выковывали драгоценные оклады для икон, написанных лучшими живописцами. Они же расписали церковь изнутри, изобразив Бога-создателя в Купале. Циркуль в его руках как бы подчеркивал покровительство строительству. Рядом с храмом была звонница необычной архитектуры. По церковным праздникам звон от ее колоколов разносился по всей округе на многие километры.
Поскольку Мария Григорьевна с сестрами часто проживали в загородном доме одни, то все постройки были окопаны рвом и окружены высокой деревянной изгородью. Протекавшая рядом речка была запружена с помощью каменной плотины (она сохранилась до сих пор) и образовала широкий пруд, в котором летом можно было купаться.
Словом, жизнь нашей героини была вполне счастливой и благополучной. Печалило только отсутствие детей. Первенец Иван умер во младенчестве. Наконец в конце января 1588 года родилась дочь Ксения, ставшая для отца и матери настоящим подарком — красивая, благонравная, очень ласковая и послушная. Мария Григорьевна с сестрами души в ней не чаяла и старалась, чтобы у девочки были самые красивые платьица, башмачки, самые потешные куклы и замысловатые безделушки. Когда Ксения немного подросла, ее стали обучать рукоделию, грамоте и церковному пению. Девочка оказалась очень прилежной и вскоре начала вышивать не хуже мастериц. Быстро освоила она и грамоту и усердно занялась чтением книг из обширной отцовской библиотеки. Оказалось, что ее голосок просто ангельский и великолепно звучит под церковными сводами.
Полюбоваться на чудо-ребенка приезжала вся родня, ведь у многих не было своих детей, ни у Дмитрия Ивановича (все его дети умирали во младенчестве), ни у второй сестры Марии Григорьевны — Екатерины, жены князя Д. И. Шуйского.
Больше всего окружение царя Федора Ивановича беспокоило то, что детей не было и у царицы Ирины Федоровны. Получалось, что царской чете некому было передавать престол. Вполне вероятно, что царица также часто навешала племянницу и дарила ей красивые игрушки, купленные у заморских купцов.
Конечно, дочь радовала родителей, но им хотелось иметь и сына-наследника. Поэтому Мария Григорьевна ездила по монастырям на богомолье и вместе с мужем делала богатые вклады. Особенно часто они посещали Троице-Сергиев монастырь. В 1578 году в мастерской Годуновых девушки вышили златотканый покров для монастырского собора. В 1588 году ремесленники изготовили из серебра и золота замысловатую лампаду. В 1594 году по заказу Б. Ф. Годунова был отлит колокол «Лебедь», который потом торжественно доставили в монастырь. В 1597 году в дар монастырю был куплен золотой потир с драгоценными камнями.
Под руководством Марии Григорьевны в мастерских девушки вышивали красивые покровы и пелены для Иосифо-Волоколамского монастыря, где покоился ее отец, и для родового монастыря Годуновых — Ипатьевского около Костромы.
Б. Ф. Годунов, мечтая о появлении на свет наследника, в 1585 году даже попытался выписать из Англии опытную акушерку и доктора. Хотя официально он делал это для царицы Ирины Федоровны, но думал и о своей жене. Однако представители православного духовенства заявили, что еретики (так они называли англичан-протестантов) не могут вмешиваться в священное дело появления на свет наследника царского престола. В итоге акушерка и доктор доехали только до Вологды, после этого им пришлось вернуться на родину. Царица же без квалифицированной врачебной помощи вновь в 1586 году родила мертвого ребенка.
В этом отношении Марии Григорьевне повезло больше — в 1589 году она наконец-то родила здоровенького мальчика, названного в честь царя Федором. По случаю этого радостного события в доме Годуновых был устроен большой праздник. Собрались все многочисленные родственники и одарили счастливую мать множеством подарков.
Рождение Федора было знаменательным и в другом отношении — при бездетном царе брат царицы теперь стал рассматриваться как возможный наследник престола. Имея сына, он уже мог продолжить династию.
Бесспорно, главной заботой Марии Григорьевны стало воспитание детей. В этом ей помогали и кормилица, и мамка, и многочисленные служанки. Всегда рядом были и сестры. Федору до пяти лет полагалось жить на женской половине. Посторонним запрещалось его видеть. Боялись сглаза и инфекций.
Б. Ф. Годунов в это время был очень занят на царской службе. Зимой 1589/90 года он участвовал в Ругодивском походе царя Федора, закончившемся победой и возвращением выхода в Балтийское море, утраченного Иваном Грозным. Летом следующего года пришлось отражать нападение на Москву крымского хана Казы-Гирея. В это время Мария Григорьевна вместе со всеми натерпелась страха и была готова в любой момент покинуть опасную столицу. Но делать этого не пришлось. Даже не начав осады, крымцы бежали.
Весной 1592 года и в царской семье случилось радостное событие — появилась на свет долгожданная царевна Феодосия. Правда, она совсем недолго радовала родителей — в начале 1594 года скончалась. Это заставило Марию Григорьевну с еще большим рвением заботиться о здоровье собственных детей. Было даже решено переселиться в Большие Вяземы и прекратить всяческие контакты с посторонними, которые могли занести какую-нибудь болезнь. В то время частые эпидемии чумы, холеры и оспы уносили тысячи жизней.
В имении был разбит красивый сад, в котором росли яблони, вишни, малина, крыжовник, смородина. Из их плодов готовили морсы, наливки, всевозможные пастилки. Гордостью огородников были очень вкусные и сладкие дыни, которые выращивались в особых углублениях, наполненных плодородной землей. В случае похолодания их сверху закрывали ветками или корой.
За городом детям было очень раздольно. Летом можно было купаться в пруду, вдоволь набегаться по зеленому лугу перед домом. Зимой — катание с горок на санках, по льду пруда — на коньках. Долгими зимними вечерами Ксения занималась рукоделием, Федор осваивал книжную премудрость. Так незаметно шли годы.
1598 год резко изменил размеренный и устоявшийся образ жизни семьи Марии Григорьевны. В ночь с 6 на 7 ноября умер парь Федор Иванович, так и не оставивший после себя наследника. По его завещанию править должна была царица Ирина Федоровна. Но она не захотела оставаться в миру и сразу после похорон приняла постриг в Новодевичьем монастыре. Там умерла в монахинях ее мать Анфиса. Там же проживала и старенькая мать Марии Григорьевны. Б. Ф. Годунов последовал за сестрой. желая служить ей и в монастыре.
Судьбу престола должен был решить избирательный Земский собор.
Уже 16 января по всей стране были разосланы грамоты с требованием ко всем жителям городов прислать выборщиков на Земский собор. Через несколько недель в Москву прибыло не менее 500 человек, и начались заседания собора.
Конечно, Мария Григорьевна и все ее родственники волновались по поводу того, кто станет новым государем. Ведь от этого зависело их будущее благополучие. Наиболее реальных претендентов было совсем немного — только те, кто состоял в родстве с царем Федором Ивановичем. По крови наиболее близки ему были братья Романовы — по матери они приходились ему двоюродными братьями. Но в обществе и в правительстве у них не было поддержки. Ведь все ключевые позиции при дворе были в руках Годуновых: Дмитрий Иванович контролировал Боярскую думу, Григорий Васильевич в должности дворецкого — царскую казну, Степан Васильевич курировал дипломатическое ведомство, войско было в руках Ивана Васильевича, наконец, Борис Федорович ведал городами и сбором с них налогов. Даже глава церкви патриарх Иов был с Годуновыми в самых тесных взаимоотношениях. В этих условиях ни один другой претендент не имел ни малейшего шанса занять престол.