Милославские хотели перехватить инициативу и предложили в невесты Прасковью Салтыкову. Однако царские фавориты не желали восстановления влияния этой партии на царя. Они представили Федору, твердо решившему жениться, другую невесту, на которой царь и остановил свой выбор. Свадьба состоялась 15 февраля 1682 года.
Новой царицей стала четырнадцатилетняя Марфа Матвеевна Апраксина. Она была свойственницей государева любимца боярина Ивана Максимовича Языкова. Но одновременно маленькая государыня являлась крестницей опального главы партии Нарышкиных боярина А. С. Матвеева. Этим ловко устроенным ходом фавориты Федора не только еще более усилили свое влияние, но и сблизились с Нарышкиными. Марфа Матвеевна сразу же начала «хлопотать» о возвращении Матвеева из ссылки. Однако обида на него царя Федора Алексеевича была велика, поэтому прямо в Москву фаворит царя Алексея Михайловича пущен не был. Матвеева сначала перевели из Пустозерска в Мезень, потом в Лух, где он и прожил вплоть до кончины Федора.
Предком рода Апраксиных, из которого происходила царица Марфа, был «муж честен» Солохмир, выехавший в XIV веке из Большой Орды служить к рязанскому князю. Очевидно, Солохмир принадлежал к ордынской знати, поскольку князь выдал за него свою родную сестру. От потомков этого брака и пошли Апраксины. Отцом Марфы являлся стольник и воевода Матвей Васильевич Апраксин. Известно, что он погиб в стычке с разбойниками.
Царица родилась в 1667 году. Трудно сказать, чем пленила четырнадцатилетняя девочка царя Федора Алексеевича и какие можно было возлагать надежды на скорое появление на свет наследника. Ведь невеста не достигла еще обычного тогда брачного возраста — шестнадцати лет. Скорее всего, и Федор, и его фавориты спешили по политическим соображениям. Но, как водится, от такой спешки ничего хорошего не вышло. Марфа успела побыть женой царя Федора два с небольшим месяца. 27 апреля 1682 года Федор Алексеевич скончался. Очевидно, с подачи царевны Софьи Алексеевны появились слухи, что Федора отравили. Их отголоски нашли отражение в дневнике, который вел в 1698 году Й. Корб, посетивший Россию в качестве секретаря имперского посольства.
Приближенные царя отнюдь не были заинтересованы в его кончине. Значение фаворитов со вторым браком только укрепилось, а Нарышкины постепенно восстанавливали свое влияние. Наоборот, и те и другие должны были опасаться смерти монарха. Вряд ли Федор был отравлен. Зная о плачевном состоянии его здоровья, можно утверждать, что его смерть имела естественные причины.
Не успев вкусить в полной мере радостей семейной жизни, Марфа до конца своих дней стала вдовствующей царицей. Она уже не могла снова выйти замуж. Брак с Федором не принес ей счастья материнства, и Марфе так и суждено будет прожить свой век и умереть бездетной. Что ж, еще одна сломанная женская судьба! Возможно, царица, по молодости лет, сразу не могла оценить всей трагичности своего положения. Высокий статус при дворе, ежеминутные заботы многочисленной прислуги, возвышение родни — все это могло тешить самолюбие.
Как и положено, было проведено торжественное погребение царского тела. В течение пяти дней в поминальной трапезе участвовали триста скорбящих. Первые недели вдовства пришлись на период укрепления дружественных ей политических сил: в результате соглашения фаворитов покойного царя и партии Нарышкиных после смерти Федора царем был провозглашен десятилетний Петр Алексеевич. Однако 15 мая над ними нависла смертельная опасность. Восстали московские стрельцы, доведенные до возмущения произволом командиров и беспечностью правительства. Стрелецким бунтом воспользовались Милославские, прежде всего царевна Софья Алексеевна, и перехватили власть. Марфа Матвеевна вместе с другими обитателями дворца натерпелась страху, когда стрельцы ворвались в палаты и стали, по выражению описавшего эти события А. А. Матвеева, «с озорничеством и наглостию бегать не токмо по палатам… царским, но и по всем внутренним комнатам большим и меньшим». На глазах у царской семьи они убили А. С. Матвеева и других представителей нарышкинской партии. Тогда и Марфа, и другие августейшие особы вполне могли попасть под горячую руку озверевших от крови стрельцов. В результате правительницей государства стала царевна Софья Алексеевна как опекунша двух царей — Ивана V и Петра I.
Марфа Матвеевна, уже не будучи девочкой-царицей, но и не став женщиной и вдовствующей государыней, не претендовала на какую-либо роль в государственных делах. В политической борьбе она не участвовала. Воспитана Марфа была в старомосковском духе, добросовестно выполняла все церковные обряды и наставления, и ее терем традиционно становился постоянным или временным пристанищем разнообразных «божьих» людей (юродивых, кликуш), монахинь и иных духовных особ. Здесь всегда звучали рассказы о чудесах, небесных и иных знамениях, в положенное время (например, на Святки) занимались гаданиями. Как это тогда было принято, вдовствующую царицу развлекали своими проделками «карлики и карлицы». В Кремле у нее стояли особые хоромы. На их уборку выделялся целый ворох специальных средств: десять губок «грецких», пятьдесят рогож простых, двести метел, тридцать «ветошек белых больших», пятьдесят пучков хвоща, пятнадцать ушатов, тридцать шаек и т. д. Имелись ледник и «мыленка», у которой в 1694 году переделывали «каменку», на что пошло сто кирпичей и пять возов мелкого камня. В своей «мыленке» Марфа любила охладиться пивом.
Хоромы перестраивались. Так, в 1686 году были построены «каменные» комнаты, а в них сложены печи, расписанные «суриком». В одной из комнат стоял специально сделанный для Марфы стол с ящиком длиной более метра. Тогда же, в 1686 году, в четырех комнатах и спальне лавки были обиты сукном, а в спальне сукном обили еще и одну стену. Всего на эти цели пошло сто десять аршин ткани. В 1699 году были отделаны также три лавки двадцатью аршинами сукна. В 1694 году в хоромах появился новый фонарь. Всего же на свечи для освещения помещений, которыми пользовалась Марфа Матвеевна, в год отпускалось более тридцати двух пудов воска. На содержание же помещений вдовствующей царице в год выделялось из казны пятнадцать — двадцать тысяч рублей.
Став царицей, Марфа открыла дорогу своим трем братьям, которые сразу же были записаны в стольники. Самым знаменитым впоследствии стал Федор Матвеевич Апраксин. Он служил еще в «потешных» войсках царя Петра I, был азовским губернатором, строил крепости и корабли, участвовал в морских сражениях и вырос во флотоводца, генерал-адмирала российского флота. Старший из братьев, Петр Матвеевич, начинал как армейский офицер, затем был казанским губернатором и президентом Юстиц-коллегии. Оба в 1709 году возведены в графское достоинство. Младшего из братьев, Андрея, царица Марфа Матвеевна однажды спасла от кнута. В 1696 году, как повествует очевидец событий Иван Желябужский, Андрей Апраксин в Москве избил «озорничеством» его родню, отца и сына Василия и Семена Желябужских. Последние подали челобитную царю Петру, который распорядился учинить розыск по делу. Все бы ничего, но розыском занимался печально известный специалист по дознаниям князь Ф. Ю. Ромодановский. Андрей Апраксин в собственноручной «сказке» все отрицал. Однако позже он не решился присягнуть («целовать крест») в своих словах и повинился. Царь Петр приказал взыскать с Андрея положенный по Уложению штраф за бесчестье в пользу Желябужских и бить виновного кнутом «нещадно». Но царица Марфа просила Петра отменить наказание. В этом ее поддержал и имевший большое влияние на государя Франц Лефорт. В итоге кнута отведали слуги Андрея Апраксина, а сам он позорища избежал, дополнительно приплатив Желябужским и выдав в благодарность Лефорту кругленькую сумму в три тысячи рублей. Петр I взял Андрея Апраксина с собой в «Великое Посольство» 1697–1698 годов, а позже он дослужился до генерала. Графское достоинство получил в 1722 году.