Но до разрыва еще дело не дошло. 4 августа 1689 года Петр I в измайловском дворце праздновал именины Евдокии. Буквально через три дня наступила развязка политической борьбы, которая обострялась уже в течение нескольких месяцев. В ночь с 7 на 8 августа фаворит царевны Софьи, Ф. Л. Шакловитый, послал в Преображенское, где находился Петр I с семьей, стрельцов, чтобы расправиться с главным оппонентом правительницы. Но Петра предупредили о нападении, и он, по одним сведениям, в спешке, бросив и мать, царицу Наталью Кирилловну, и беременную жену Евдокию, ускакал с несколькими провожатыми в Троице-Сергиев монастырь. Французский дипломат де ла Невилль описывает события по-другому. Он сообщает, что Петр уехал из Преображенского с семьей. При этом он уточняет, что Евдокия была очень «напугана» тем, что ей пришлось «бежать ночью полураздетой со своим мужем», и что «несколько дней спустя у нее случился выкидыш». Но француз, видимо, напутал. У испуганной Евдокии не могло быть выкидыша. Иначе бы она в феврале 1690 года не родила своего первенца.
1690 год вообще стал наиболее радостным и значимым для Евдокии. 18 февраля она родила сына, названного Алексеем. Событие это имело далеко идущие последствия. Во-первых, Петр I обзавелся реальным наследником и не мог не испытывать при этом радости. Так, он приказал выдать по куску сукна «сахарного дела мастерам», которые «лили сахарные ковришки к столу для рождения царевича Алексея Петровича». Во-вторых, его соправитель, Иван V, мог похвастаться лишь рождением дочерей. И даже если бы его жена, царица Прасковья Федоровна, позже подарила бы ему сына, то все равно преимущественные права на престолонаследие имел бы царевич Алексей. Царь Петр 4 августа присутствовал на именинах жены, которые праздновались в Преображенском. Конечно, хотя бы на людях, он должен был проявлять чувство благодарности к Евдокии, родившей ему наследника.
Царица Евдокия Федоровна постепенно обустраивала свое собственное жилище. Для нее делались из серебра, в технике «скани с припускными красками», зеркальная оправа и обивка ларца, на «кипарисной доске» был написан портрет царевича Алексея. Комнаты ее обивались «золотными» кожами, на окна и двери прикреплялись «завесы» из шерстяных и шелковых тканей, а шнурки у них изготавливались из шелка. На лавки клались «полавочники» из красного сукна. Украшались и комнаты маленького царевича Алексея, который находился тогда на попечении женской прислуги. Уходом за младенцем и его воспитанием руководила бабушка, царица Наталья Кирилловна. Мать, Евдокия Федоровна, как это было принято, во всем слушалась свекрови, но и имела свой голос, когда речь шла о хлопотах об Алексее. Отведенные ему помещения постоянно обновлялись. Стены обивались атласом, золочеными кожами и листами, расписывались красками. Украшались золотом и росписями оконные рамы, переделывались печи и «мыленка». В одной из комнат царевича стоял липовый золоченый и расписной шкаф высотой более двух метров с выдвижными ящиками.
Поражает изобилием список игрушек Алексея: волчки, булавы, шпаги, сабли, тесаки, мечи, барабаны, «потешные городки» из дерева и кости, куклы, собачки, голуби, лошадки, медведи, солдатики, коляски, деревянные яйца и т. д. Позже появляются шахматы, «потешные» колодцы с цепями и ведрами, ларцы, позолоченная чернильница — признак начала обучения грамоте. В 1694 году четырехлетнему Алексею Петровичу было сделано «место», то есть специальный помост, куда ставилось кресло. Настало время официальных приемов. Пятилетнему царевичу делают «книгохранильницу» из липовых досок (то есть книжную полку) длиной больше метра с дверцами и замком. В его библиотеке «потешные» (детские) книги: «солдатского строю», про птиц, зверей и др.
Евдокия Федоровна в 1689–1691 годах в основном находилась «в положении». После сына Алексея в 1691 году она родила Петру I сына Александра. Но последний вскоре после рождения умер. До взрослого возраста дожил только первенец, царевич Алексей Петрович, жизнь которого трагически оборвалась в 1718 году. И эта трагедия, как мы увидим, затронула и мать, и ее родню. Подлинные несчастья начались для Евдокии в злополучном 1692 году. Именно тогда царь Петр влюбился в Анну Монс и совсем охладел к супруге. Для Евдокии Федоровны наступила пора унижения ее женского достоинства. Муж пропадал в Новой Немецкой слободе у безродной немки, «трактирщицы». Обида была жгучая. Предпочесть ее, царицу, представительницу древнего рода, какой-то «девке». Петр даже не появился на похоронах умершего 14 мая малютки сына Александра. Неизвестно, был ли он в тот год на именинах Евдокии. В обоих случаях высшую власть представлял Иван V.
Первое время Евдокия Федоровна искренне пыталась вернуть мужа, посылая ему записочки с нежными словами. Она старалась везде появляться вместе с сыном, царевичем Алексеем. Даже пожалования бояр и их жен кубками с вином делались от них вместе. Пока была жива царица Наталья, Петр I, уважительно относившийся к матери, вынужден был считаться с ее мнением. А мать, разумеется, была на стороне Евдокии и не одобряла увлечение сына. Но после смерти Натальи Кирилловны в 1694 году Петр Алексеевич уже не находил нужным соблюдать какие-либо приличия. Формально царица Евдокия Федоровна еще считалась его женой, но свой разрыв с ней и увлечение фавориткой царь демонстрировал ежедневно.
Разрыв с женой повлиял и на отношение Петра I к ее родне, Лопухиным, которые проявляли раздражение не всегда скрытое. Первым пострадал боярин Петр Большой Абрамович Лопухин, дядя Евдокии. Его давний недруг, дядя Петра I, боярин Л. К. Нарышкин, в 1695 году состряпал на него донос, в котором содержались тяжкие обвинения. Петра Абрамовича подвергли пытке, и он, по одной версии, на следующий день умер, а по другой — был сослан в свое имение. В 1697 году был раскрыт заговор Цыклера — Соковнина. Заговорщики обсуждали планы убийства Петра I. Очевидно, в числе знакомых казненных заговорщиков оказались и Лопухины. Поскольку доказательств их участия в заговоре не было, нескольких Лопухиных разослали на воеводства в отдаленные города: тесть Петра I, Федор Абрамович, отправился в Тотьму, его братья Сергей Абрамович — в Вязьму, а Василий Абрамович — в Чаронду, где и умер. В 1698 году был пытан и умер еще один дядя царицы Евдокии — Петр Меньшой Абрамович Лопухин. Его обвинили в убийстве крестьян.
Уезжая в 1697 году в составе Великого посольства за границу, Петр I поручил дяде, Л. К. Нарышкину, уговорить Евдокию Федоровну отказаться от замужества и постричься в монахини. Евдокия не захотела подчиниться царскому приказу. К этому делу надлежало подключиться самому патриарху Адриану. Однако по закону церковь не могла развести Петра с женой. Ведь причины развода строго определены — супружеская неверность, бесплодие и явное психическое расстройство. Но ни в одной из них Евдокию нельзя было обвинить. Опираясь на мнение духовенства и многих бояр, патриарх не торопился исполнять прихоть царя Петра. Кроме того, видимо, рассчитывали на то, что Петр за границей охладеет к своей фаворитке и, вернувшись домой, не станет настаивать на разводе с супругой. Разумеется, во время отсутствия Петра Евдокия Федоровна пользовалась всеми преимуществами своего официального статуса царицы и матери наследника престола. Как пишет секретарь австрийского посольства Й. Корб, в 1698 году 29 апреля она наблюдала из окна терема торжественный въезд в Кремль этого посольства. На Пасху Евдокия вместе с царевичем Алексеем совершила торжественное паломничество в Троице-Сергиев монастырь, а затем несколько раз была на официальных приемах у австрийского посла. 25 августа в Москву прибыл Петр I. Он не только не забыл Анну Монс, но и пришел в ярость, узнав, что Евдокия еще не монахиня. Вообще царь проявлял сильное недовольство, так как ему спешно пришлось вернуться в страну из важной для него заграничной поездки. Его настроение еще более ухудшилось оттого, что, по его мнению, розыск по известному стрелецкому делу 1698 года был проведен без должной тщательности. А тут еще Евдокия! По одним сведениям, он встретился с ней и говорил о постриге, а по другим — не пожелал этого и навестил только сына, царевича Алексея. Царь весь свой гнев обратил на патриарха. Адриан буквально умолял о пощаде и ссылался на отрицательное отношение к насильственному постригу царицы своего окружения и бояр. По приказу царя пятерых приближенных патриарха отвезли в тюрьму в Преображенское. На следующий день сестра Петра, царевна Наталья Алексеевна, буквально вырвала царевича из рук Евдокии Федоровны. Царицу же увезли в суздальский Покровский девичий монастырь, где она была пострижена в монахини под именем Елена. Русские современники осудили Петра, считая, что он сотворил беззаконие и произвол. Иностранцы также привыкли к другим взаимоотношениям в монарших семьях. В конце XVII века европейские государи своих нелюбимых жен в монастырь не отправляли, а довольствовались любовью фавориток.