Сам Федор Борисович оказался неспособным на столь решительный и смелый шаг, ведь отец готовил его не к войнам, а к мирному управлению процветающей и покорной страной. Мария Григорьевна, как всякая любящая мать, не могла и подумать о том, чтобы ее сын вступил в схватку с безжалостным врагом. Она полагала, что под ее опекой и зашитой тот будет в безопасности.
Поэтому сразу после того, как царь Борис был горько оплакан и с пышностью похоронен в Архангельском соборе рядом с Иваном Грозным и Федором Ивановичем, официально объявили, что правителями страны становятся царица Мария Григорьевна и царевич Федор Борисович. Население обязали дать им присягу. Многие стали это делать, но совершенно неискренне, надеясь в скором времени переметнуться на сторону Дмитрия. Тут же поползли слухи, что царя Бориса настигла справедливая «Божья кара» за все его преступления. Некоторые же считали, что Годунов отравился сам, чувствуя бесперспективность борьбы с «подлинным царским сыном», настоящим наследником престола.
Но Мария Григорьевна ничего этого не знала. Она надеялась, что щедрые раздачи поминок по умершему мужу остановят подданных от измены (за 6 недель было роздано 70 тысяч рублей), а коронация закрепит царский трон за ее сыном. Поэтому в Москву были отозваны главные военачальники, которым следовало принять участие в церемонии венчания Федора на царство. В итоге войско оказалось без таких опытных и не склонных к измене полководцев, как Ф. И. Мстиславский, В. И. Шуйский и его брат Дмитрий Иванович (свояк Марии Григорьевны).
Новыми назначениями в армии занялся С. Н. Годунов, более известный как главный царский наушник и сплетник. На лучшие должности он назначил своих родственников, особенно благоволя к зятю А. А. Телятевскому. Главнокомандующим должен был стать князь М. П. Катырев-Ростовский, склонный к конфронтации с окружающими человек. Под стать ему был и другой военачальник, 3. И. Сабуров, состоявший в родстве с Годуновыми. В итоге в руководстве полков вспыхнули местнические споры, которые в Москве не смогли или не захотели разрешить. Там все были озабочены составлением чина венчания на царство Федора Борисовича и, казалось, совершенно забыли о грозном сопернике Лжедмитрии. Тот же. напротив, не дремал. Его сторонники по всей стране проводили умелую агитацию. Проникли они и в царское войско, ставшее совершенно недееспособным из-за местничества и неопределенной ситуации в стране.
В итоге 7 мая 1605 года большая часть армии Годунова перешла на сторону Лжедмитрия и присягнула ему. Зашишать московских правителей стало некому.
Но даже в этой критической ситуации Мария Григорьевна с детьми могли бы спастись, если бы бежали за границу, например в Англию, куда нс раз хотел уехать Иван Грозный, в конце жизни уже опасавшийся своих подданных. У Б. Ф. Годунова с королевой Елизаветой были самые дружеские отношения, поэтому его семья могла рассчитывать при королевском дворе на защиту и помощь. Однако новые московские правители сочли, что кремлевские стены защитят их от любых врагов, и с места не сдвинулись. Они даже не усилили охрану Кремля и беспечно держали открытыми все ворота.
В итоге 1 июля москвичи, спровоцированные гонцами Лжедмитрия на восстание, без какого-либо препятствия ворвались в царский дворец и свергли с престола и Марию Григорьевну, и ее сына. Всех Годуновых под конвоем отвели на старый боярский двор и стали ждать указаний из ставки самозванца.
А пока разграбили царские подвалы и кладовые, где были обнаружены большие запасы спиртных напитков. Во время погромов нашли восковую фигуру ангела, служившую для отливки золотой статуи. Упившаяся чернь почему-то решила, что именно такая фигура была похоронена вместо царя Бориса, а сам он бежал за границу. Это послужило сигналом для осквернения его захоронения. Труп царя был выброшен из гробницы и под улюлюканье толпы оттащен в убогий Варсонофиевский монастырь на окраине города. На дороги были посланы конные отряды для поимки царя-беглеца.
Обо всем этом с ужасом рассказывали Марии Григорьевне и ее детям слуги, испытывавшие сочувствие к пленникам. Естественно, такие вести повергли царицу в шок и заставили Ксению горько плакать. Становилось ясно, что в москвичей вселились бесы и ждать пощады от них было невозможно.
7 июня в Москву прибыли посланцы от «царевича Дмитрия» В. В. Голицын, В. М. Мосальский, Б. И. Сутупов и группа стрельцов. Им было приказано решить судьбу свергнутых правителей. Возможно, что у них не было приказа убивать пленников, но, желая выслужиться перед новым претендентом на корону, они вошли в дом Годуновых с одной целью — расправиться с царицей и царевичем, поскольку те имели законные права на престол.
Увидев своих убийц, Мария Григорьевна не стала сопротивляться и была задушена. Федор попытался отбиться от них, но силы были неравны. Пощадили только царевну Ксению, которая никакой угрозы для самозванца не могла представлять и даже, напротив, вызывала его интерес, поскольку слыла необычайной красавицей.
Москвичам, которые все время толпились у боярского дома Годуновых, убийцы сказали, что Мария Григорьевна и Федор сами опились ядом и умерли, откачать и спасти удалось только Ксению. Самоубийцы в то время считались большими грешниками, поэтому бывшую царицу и ее сына без всяких почестей похоронили в том же Варсонофиевском монастыре подле царя Бориса.
Так бесславно закончилось правление первого выборного царя, его жены и сына. Однако участь царевны Ксении оказалась еще более трагичной. Лжедмитрий, приехав в Москву и воцарившись на престоле, сделал ее своей наложницей. Большего позора для царской дочери представить себе было невозможно. Потом по требованию будущего тестя Юрия Мнишека он постриг ее под именем Ольга и отправил в маленький и бедный Белозерский монастырь. Свергнувший самозванца царь Василий Иванович Шуйский вспомнил о несчастной царевне и пригласил ее в Москву для перезахоронения останков ее родителей и брата в Троице-Сергиев монастырь. Это было сделано не из уважения к Годуновым, а из-за желания выставить Лжедмитрия жестоким тиранам.
На самом деле и Бориса Федоровича, и Марию Григорьевну, и Федора должны были похоронить в Архангельском соборе, царской усыпальнице. Но В. И. Шуйский в угоду сиюминутной конъюнктуре (для разоблачения свергнутого им Лжедмитрия) поддержал версию Марфы Нагой о том, что царевич Дмитрий был убит по приказу Б. Ф. Годунова. На самом деле в далеком 1591 году он, как глава следственной комиссии, пришел к выводу о том, что последний сын Ивана Грозного закололся сам во время припадка эпилепсии. Но этот официальный вывод он предпочел забыть и, обвинив Б. Ф. Годунова в цареубийстве, не признал его права на престол законными.
Царевне Ксении — Ольге пришлось смириться с обвинениями в адрес отца, ведь доказать его невиновность она не могла, ей лишь удалось добиться разрешения поселиться в Троице-Сергиевом монастыре, чтобы находиться рядом с могилами родных. Там она надеялась наконец-то обрести покой. Однако бурные события в стране разрушили ее планы. Летом 1608 года к Москве подошло войско второго самозванца, назвавшегося именем первого — «царя Дмитрия». В его составе было много польских шляхтичей и запорожских и донских казаков, желавших обогатиться за счет грабежей и разбоев. Для них богатый Троице-Сергиев монастырь был желанной добычей.
В сентябре к стенам обители подошли полки под руководством Я. П. Сапеги и А. Лисовского. Они окружили ее со всех сторон и начали обстреливать из дальнобойных орудий. Взять штурмом высокие и крепкие каменные стены они не могли. С этого времени началась 16-месячная монастырская осада, во время которой Ксения — Ольга испытала немало бед и лишений. Не хватало топлива, продовольствия, одолевали самые различные болезни, в том числе и очень страшная — цинга. В марте 1609 года она даже написала прощальное письмо своей тетке Екатерине Григорьевне, жене Д. И. Шуйского. В нем были такие слова: «В своих бедах чуть жива, совсем больна вместе с другими старицами, и впереди ни одна из нас себе жизни не чает, с часу на час ожидаем смерти, потому что у них (у защитников монастыря. — Л. М.) в осаде шатость и измена великая».