Будущий конфликт отца и сына, их отчужденность, переросшая затем во вражду, были предопределены изначально тем положением, в котором оказался наследник российского престола. Царевич Алексей — сын Петра от первой жены Евдокии Лопухиной — родился 18 февраля 1690 года. Мальчику было всего восемь лет, когда у него отняли мать. Царь приказал сослать ее в монастырь и насильно постричь в монахини. Алексей сильно переживал разлуку с матерью, но отец запрещал ему видеться с бывшей царицей — старицей Еленой суздальского Покровского монастыря, и, узнав однажды, что царевич, уже семнадцатилетний, тайком ездил в Суздаль на свидание с матерью, был вне себя от гнева.
Петр не любил старшего сына, как живое и неприятное напоминание о неудачном первом браке. Он назначил Алексею содержание, определил учителей и воспитателей, утвердил программу образования и, занятый тысячами срочных дел, успокоился, полагая, что наследник на верном пути, а если что — страх наказания поправит дело. Но Алексей, оторванный от матери, отданный в чужие руки, сирота при живых родителях, терзаемый болью и обидой за мать, конечно, не мог стать отцу близким человеком. Позже, на допросах под пытками, он показал: «…Не токмо дела воинския и прочия от отца моего дела, но и самая особа зело мне омерзла…» Тем более не возникло близости между отцом и сыном позже, когда у царя появилась новая жена Екатерина Алексеевна, которой не нужен был пасынок. В сохранившейся до наших дней переписке Петра и Екатерины царевич Алексей упоминается два-три раза, и ни в одном из писем ему нет даже привета. Письма же отца к сыну холодны, кратки и бесстрастны — ни слова одобрения, поддержки или ласки. Как бы ни поступал царевич, отец им был вечно недоволен. Во всей этой трагедии виноват был только царь. Когда-то он отмахнулся от мальчика, отдав его на воспитание другим, чужим и мелким людям, и уже через десять лет получил за своей спиной врага, не принимавшего ничего из того, что делал и за что боролся его отец.
Царевич вовсе не был слабым и трусливым истериком, каким порой его изображают. Ведь до сих пор Алексея представляют в образе, который талантливо, но предвзято создал Николай Черкасов в довоенном фильме «Петр Первый». На самом же деле Алексей Петрович — сын своего великого отца — унаследовал от него волю, упрямство. Забегая вперед, отмечу, что наследник не организовывал никакого заговора против отца, как пытались потом представить дело Петр и государственная пропаганда. Его сопротивление отцу было пассивным, никогда не вырывалось наружу, пряталось за демонстративным послушанием и формальным почитанием отца и государя. Но все же царевич с нетерпением ждал своего часа, который должен был наступить со смертью отца. Он верил в свою звезду, твердо знал: за ним, единственным и законным наследником, — будущее, и нужно лишь, сжав зубы, дождаться часа своего торжества. Царевич не чувствовал себя и одиноким: за его спиной стояли верные люди из ближнего окружения, на его стороне были симпатии знати, раздраженной господством «выскочек» вроде Меншикова.
В октябре 1715 года узел этой трагедии затянулся еще туже. К этому времени Алексей по воле Петра был уже давно женат на вольфенбюттельской кронпринцессе Шарлотте Софии, и 12 октября у нее родился сын, названный в честь деда Петром. После родов Шарлотта умерла. Буквально через две недели жена Петра Великого, царица Екатерина также родила долгожданного мальчика, которого тоже назвали Петром. Он рос здоровым и живым малышом. «Шишечка», «Потрошенок» (то есть плоть от плоти) — так называли сына Петр и Екатерина в своих письмах. Как юные родители-молодожены восхищаются своим первенцем, так уже немолодая царская чета с восторгом встречала первые шаги своего сынка. «Прошу у Вас, батюшка мой, защиты, — шутит в письме Екатерина, — так как он немалую ссору имеет со мной из-за Вас: когда я про Вас помяну ему, что папа уехал, то не любит такой речи что уехал, но более любит и радуется, когда скажешь, что здесь папа.» В другом письме: «Дорогой наш Шишечка часто своего дражайшего папу упоминает и при помощи Бога в своем возрасте совершенствуется».
Царь и царица мечтали о счастливом будущем своего сына, с Шишечкой были связаны все их надежды, они называли его «Санкт-Петербургским хозяином». При этом счастливые родители как бы забывали, что тут же, в столице, живет царевич Алексей — законный будущий хозяин России, у которого также есть свой наследник — ровесник Шишечки, великий князь Петр Алексеевич. Нет! Царь не забывал об этом ни на минуту. Не в его стиле было уходить от проблем, особенно когда шла речь о судьбе России. По его письмам к Алексею мы видим, что после рождения Шишечки претензии царя к старшему сыну становятся все серьезнее, обвинения все суровее. Петр требует от Алексея стать ему верным, усердным помощником в многотрудных делах, вообще сделаться другим — «отменить свой нрав». Иначе, угрожает царь, «тебя наследства лишу, [отсеку] яко уд гангренный, и не мни себе… что я сие только в острастку пишу: воистину… исполню, ибо за мое Отечество и людей живота своего не жалел и не жалею, то како могу тебя, непотребного, пожалеть?»