С левой стороны третьего двора, за Мечетью белых евнухов, расположена Палата султана, возведенная при Мехмеде Фатихе как место его постоянного пребывания. В начале XVI века при Селиме Явузе (Грозном) ее вид изменился — было пристроено новое помещение, которое носит название Павильон священных реликвий. После завоевания Селимом мамлюкского Египта в 1517 турецкие султаны стали носить также титул халифа — религиозного главы правоверных мусульман-суннитов. Из Каира в Стамбул по приказанию Селима были перенесены главные святыни ислама, находившиеся у последних Аббасидских халифов — дальних родственников самого пророка.
В Палате находятся ключи и замки от Каабы, хранителями которых на протяжении ряда столетий были турецкие султаны, желоба с ее крыши, детали покрывал, меняющихся на святыне ежегодно, фрагменты реликвариев от знаменитого Черного камня. Кроме того, тут же находятся модели Каабы, выполненные из разных материалов, а также модели мечети в Медине, где был похоронен пророк Мухаммед, и мечети «Купол Скалы» в Иерусалиме. К числу священных реликвий относятся также немногочисленные сохранившиеся личные вещи пророка — его плащ и меч. Одна из не совсем обычных для мусульманского мира святынь напоминает о земном пути Мухаммеда. Это ларец с его зубом, выбитым в первой битве за ислам при Уходе 19 марта 652, когда войско мусульман потерпело поражение во время войны между Меккой и Мединой. Также здесь хранятся вещи его ближайших родственников, например, рубашка и халат любимой дочери Фатимы, матери его единственных внуков. Сохранились и мечи его ближайших сподвижников — Умара и Усмана.
К числу священных реликвий также относятся вещи, связанные с библейскими и евангельскими персонажами, упоминаемыми в Коране. Например, блюдо патриарха Авраама (Ибрагима), который считается предком всех арабов, небольшой деревянный жезл — им, по преданию, пророк Моисей (Муса) извлек воду из скалы. Кроме того, здесь находится меч благочестивого израильского царя Давида (Дауда) и одежда, приписываемая патриарху Иосифу (Юсуфу). Среди величайших реликвий, почитаемых и христианами — ковчег с правой рукой Иоанна Предтечи (Яхьи).
Несмотря на то что ныне выставка священных реликвий считается музейной экспозицией, большое количество мусульман приходит сюда, чтобы не только посмотреть на древние святыни, но и поклониться им.
Меч пророка Мухаммеда является одной из главных святынь ислама, так как он не только имеет мемориальное значение, но и овеян многими легендами. Предание гласит, что в течение своей жизни Мухаммед владел девятью мечами, каждый из которых имел свое собственное название. Некоторые из них он унаследовал, другие получил в подарок от соратников, иные захватил в боях в качестве трофеев.
Однако Мухаммед не был по профессии воином, он родился в 571 в семье богатых торговцев и первую половину жизни провел в Мекке совершенно мирно. Рано оставшись сиротой, он воспитывался сначала дедушкой, потом дядьями. Большого наследства Мухаммеду не досталось, и в возрасте 25 лет он женился на богатой вдове старше себя. Ведя обеспеченную жизнь, он оставил торговлю и стал проявлять интерес к философским и религиозным учениям, которых в Аравии было известно много. В возрасте около 40 лет, в 610, ему было послано первое откровение, и вскоре Мухаммед стал проповедовать учение о вере в единого Аллаха. Его деятельность в Мекке привела к конфликту с частью ее жителей, в том числе с родичами. Пророк со своими сторонниками в 622 совершил хиджру — переселение из Мекки в Медину. С этого времени ведется отсчет мусульманского летоисчисления. Через год началась война сторонников Мухаммеда с приверженцами многобожия из Мекки, во время которой и использовались некоторые из мечей, хранящиеся сегодня в Топкапы.
Однако меч аль-Кадыб («Брусок», «Прут») никогда не применялся в сражениях, подобное оружие использовалось путешественниками и паломниками на опасных средневековых дорогах. Оно имеет узкое тонкое лезвие около метра длиной. На одной его стороне серебром выведена арабская надпись «„Нет Бога, кроме Аллаха, и Мухаммед пророк Его“. Мухаммед Бен Абдаллах Бен Абд аль-Муталлиб». Ни в каком историческом источнике нет указаний на то, что этот меч использовался в какой-либо битве. Он оставался в доме пророка Мухаммеда и применялся позже, халифами из династии Фатимидов. Ножны из дубленой кожи, по-видимому, реставрировались в более поздние эпохи.