На следующий год объединенная армия турецкого султана и крымского хана вновь вторглась в Малороссию и в августе 1678 г. штурмом взяла Чигирин, но переправиться через Днепр она так и не смогла. После нескольких незначительных стычек воюющие стороны сели за стол переговоров, которые завершились в январе 1681 г. подписанием Бахчисарайского мирного договора, по условиям которого: 1) Россия, Турция и Крым заключали перемирие на 20 лет; 2) Турция и Крым признавали за Москвой Киев и всю Левобережную Малороссию; 3) Подольское и Брацлавское воеводства оставались под властью турецкого султана и его вассала молдавского господаря Георгия Дуки, который был назначен новым гетманом Ханской Украины; 4) Причерноморские земли между Днепром и Бугом объявлялись нейтральными и не подлежали заселению подданными России и Крыма.
Теперь можно было разобраться и с крымскими татарами, разбойничавшими в русских землях.
В мае 1687 г. многотысячная русская армия под командованием князя В.В. Голицына и гетмана И.С. Самойловича выступила в Первый Крымский поход. Однако он закончился неудачей, и «козлом отпущения» был назначен гетман И.С. Самойлович, которого лишили гетманской булавы и сослали в Тобольск. Новым гетманом Левобережной Малороссии стал генеральный есаул Запорожского войска И.С. Мазепа (1687–1708), который сумел втереться в доверие к всесильному фавориту царевны Софьи и заполучить заветную гетманскую булаву. Кстати, такими же льстивыми посулами он сумел завоевать и расположение Петра I и стать одним из первых кавалеров высшего российского ордена Андрея Первозванного. И хотя ближайшее окружение царя, в частности А.Д. Меншиков, П.А. Толстой и Д.М. Голицын, опираясь на достоверную информацию генерального судьи Запорожского войска В.Л. Кочубея и полтавского полковника И.И. Искру, не раз доносили ему о тайных сношениях И.С. Мазепы со шведскими агентами, Петр I продолжал симпатизировать малороссийскому гетману, о чем потом, конечно, сильно пожалел.
В разгар Северной войны (1700–1721) шведская армия, разгромив союзника Петра I польского короля Августа II Сильного, в первой половине 1708 г. овладела Гродно, Минском и двинулась на Могилев. В этой ситуации русская армия оставила незащищенный Могилев и отошла под Смоленск. Однако все попытки шведов овладеть им и начать движение к Москве были решительно пресечены армией фельдмаршала Б.П. Шереметьева, которая разгромила неприятеля в двух сражениях у села Доброго и деревни Раевка. После этого Карл XII принял решение перезимовать в Малороссии и двинулся на соединение с гетманом И.С. Мазепой, который подло предал русского царя.
Вопрос о том, сколько запорожских сечевиков перешло на сторону И.С. Мазепы, до сих пор не разрешен. Одни авторы (Д.И. Яворницкий, А. А. Васильев) утверждали, что на сторону мятежного гетмана перешло 7000 запорожских и 3000 реестровых казаков. Однако их оппоненты (Е.В. Тарле, В.А. Артамонов, П.А. Кротов) полагают, что из 40 000 реестровых и запорожских казаков на сторону И.С. Мазепы перешло не больше 4000 сечевиков, в том числе генеральный писарь Ф.С. Орлик, генеральный есаул А. И. Войнаровский и кошевой атаман К.Г. Гордиенко. Однако никто не оспаривает того, что битва казаков-предателей против своих братьев казаков-патриотов России была последним актом гражданской войны среди малороссов.
Россия расправляет крылья
Узнав об измене И.С. Мазепы, Петр I приказал князю А.Д. Меншикову срочно захватить новую ставку гетмана — город Батурин, где находились огромные арсеналы с оружием и боеприпасами, а также склады с провиантом и фуражом. Таким образом, в условиях надвигавшейся зимы шведская армия и ее новоиспеченные союзники оказались у «разбитого корыта». Тем временем по приказу Петра I в новой гетманской столице Глухове была срочно созвана Общевойсковая Рада, на которой из трех реальных претендентов — миргородского полковника Д.П. Апостола, черниговского полковника П.Л. Полуботка и стародубского полковника И. И. Скоропадского — гетманскую булаву вручили последнему претенденту.
В апреле 1709 г. по совету И. С. Мазепы шведская армия начала осаду Полтавы, рассчитывая именно здесь пополнить свои оскудевшие обозы с провиантом и фуражом. Однако героический гарнизон Полтавы во главе с полковником А. С. Келиным, отбив двадцать штурмов неприятельской армии, сумел продержаться до подхода основных сил во главе с Петром I и не пустил неприятеля в крепость. Именно здесь в конце июня 1709 г. состоялась знаменитая Полтавская битва, в которой шведская армия была полностью разбита, а ее незадачливые полководцы Карл XII и изменник-иуда И.С. Мазепа бежали под защиту турецкого султана в Валахию.
В январе 1710 г., после проведения областной реформы и образования Киевской губернии, Петр I назначил в Киев первого генерал-губернатора князя Д.М. Голицына, а в новую гетманскую ставку в Глухов для присмотра за И.И. Скоропадским направил «государева министра», бывшего суздальского воеводу А.П. Измайлова. Но даже в этих условиях казацкая старшина, различные группировки которой возглавляли сам И.И. Скоропадский, генеральный хорунжий Д.В. Забела и черниговский полковник П.Л. Полуботок, продолжала враждовать между собой и буквально завалила Москву, а затем Петербург доносами и кляузами друг на друга. Кроме того, И.И. Скоропадский постоянно бомбил царя разного рода челобитными «об утверждении прав, вольностей и порядков, доселе бывших в малороссийском войске». В конце концов Петру I все это надоело, и после приезда И.И. Скоропадского в Москву в 1722 г. он отменил выборность запорожского гетмана.
В 1750 г. питавшая особую слабость к малороссийским казакам новая императрица Елизавета Петровна, повинуясь просьбам своего фаворита и тайного супруга графа А.Г. Разумовского, восстановила должность малороссийского гетмана и утвердила в ней его младшего брата К. Г. Разумовского, присвоив ему титул «Ея Императорского Величества гетман всея Малыя России, обоих сторон Днепра и войск запорозских». Одновременно вдоль Северского Донца было продолжено строительство Украинской пограничной линии, начатой еще в 1730 г. по указу президента Военной коллегии фельдмаршала князя В. В. Долгорукова.
Именно здесь, на границах Слободской Украины, Запорожской Сечи и Крымского ханства, где ныне существует Кировоградская область, в 1752 г. по указу Елизаветы Петровны создана Новая Сербия, которую заселили сербы, черногорцы, македонцы, болгары и другие выходцы из Австрийской империи. Это буферное «государство» со столицей в Новомиргороде вошло в состав Российской империи, получило статус автономии и напрямую управлялось Правительствующим Сенатом и Военной коллегией, поскольку все мужское население Новой Сербии было включено в состав сербского гусарского корпуса, который возглавил генерал-поручик И.С. Хорват.
В 1753 г. эта территория была разделена на вновь образованную Новую Сербию со столицей в Елисаветграде (нынешний Кировоград), где поселилась часть запорожских казаков, объединенных в Новослободской полк, и Славянскую Сербию со столицей в Бахмуте (нынешний Артемовск), населенную выходцами из российских губерний и балканских провинций, которая растянулась вдоль всей Украинской пограничной линии. Именно на этой территории, где сейчас расположены ряд районов Полтавской, Запорожской, Днепропетровской и Донецкой областей, в 1764 г. императрица Екатерина II учредила Новороссийскую губернию, центром которой стал Кременчуг.
В том же году Екатерина II окончательно ликвидировала гетманское правление и учредила в Глухове Малороссийскую коллегию, которую возглавил генерал-фельдмаршал граф П.А. Румянцев. Затем в 1765 г. императрица издала именной манифест, в соответствии с которым все слободские полки были преобразованы в регулярные Харьковский уланский и Сумской, Острогожский, Ахтырский и Изюмский гусарские полки и на территории их расквартирования учреждена Слободско-Украинская губерния, административным центром которой стал Харьков.