Уже к концу 1663 г. Малороссия де-факто разделилась на две части: гетманом Правобережной (Польской) Малороссии стал переяславский полковник П.И. Тетеря (1663-1665), которого сменил генеральный есаул П.Д. Дорошенко (1663-1676), а гетманом Левобережной Малороссии был избран кошевой атаман И.М. Брюхавецкий (1663-1668), которого затем сменил черниговский полковник Д.И. Многогрешный (16681672). При этом вся гетманская верхушка и полковая старшина не только воевали друг с другом, но и вели активные боевые действия на польском, крымском и русском «фронтах».
Тем временем в самой Польше часть шляхты подняла мятеж против Яна II Казимира, и в этой ситуации Варшава предложила Москве начать мирные переговоры, которые завершились в январе 1667 г. подписанием Андрусовского перемирия на 13,5 лет. По условиям этого перемирия: 1) Польша признавала за Россией Смоленские, Черниговские, Стародубские и Северские земли; 2) Польша признавала за Москвой всю Левобережную Малороссию и Киев; 3) Россия возвращала Польше все свои завоевания в Белоруссии и Литве; 4) Запорожская Сечь переходила под совместное управление России и Польши «на общую их службу от наступающих басурманских сил»; 5) обе стороны брали на себя обязательства оказать запорожским казакам военную помощь в случае нападения на их порубежные земли крымских татар.
Стамбул крайне раздраженно отреагировал на военные успехи Москвы и объявил ей войну. Русско-турецкая война (1677-1681) началась в мае 1677 г. походом объединенной крымско-турецкой армии на гетманскую ставку Чигирин, куда одновременно двинулась полки русской армии и запорожских казаков под командованием Г.Г. Ромодановского и И.С. Самойловича. В августе 1677 г. турки начали осаду Чигирина, оборону которого держал героический гарнизон под руководством воеводы князя И.И. Ржевского. В течение двух месяцев, до прихода основных сил, русские стрельцы и городовые казаки сдерживали натиск превосходящего противника. Но уже в конце сентября 1677 г., переправившись через Днепр, русская армия разгромила крымско-турецких вояк у Бужина и обратила их в постыдное бегство.
На следующий год объединенная армия турецкого султана и крымского хана вновь вторглась в Малороссию и в августе 1678 г. штурмом взяла Чигирин, но переправиться через Днепр она так и не смогла. После нескольких незначительных стычек воюющие стороны сели за стол переговоров, которые завершились в январе 1681 г. подписанием Бахчисарайского мирного договора, по условиям которого: 1) Россия, Турция и Крым заключали перемирие на 20 лет; 2) Турция и Крым признавали за Москвой Киев и всю Левобережную Малороссию; 3) Подольское и Брацлавское воеводства оставались под властью турецкого султана и его вассала молдавского господаря Георгия Дуки, который был назначен новым гетманом Ханской Украины; 4) Причерноморские земли между Днепром и Бугом объявлялись нейтральными и не подлежали заселению подданными России и Крыма.
Теперь можно было разобраться и с крымскими татарами, разбойничавшими в русских землях.
В мае 1687 г. многотысячная русская армия под командованием князя В.В. Голицына и гетмана И.С. Самойловича выступила в Первый Крымский поход. Однако он закончился неудачей, и «козлом отпущения» был назначен гетман И.С. Самойлович, которого лишили гетманской булавы и сослали в Тобольск. Новым гетманом Левобережной Малороссии стал генеральный есаул Запорожского войска И.С. Мазепа (1687-1708), который сумел втереться в доверие к всесильному фавориту царевны Софьи и заполучить заветную гетманскую булаву. Кстати, такими же льстивыми посулами он сумел завоевать и расположение Петра I и стать одним из первых кавалеров высшего российского ордена Андрея Первозванного. И хотя ближайшее окружение царя, в частности А.Д. Меншиков, П.А. Толстой и Д.М. Голицын, опираясь на достоверную информацию генерального судьи Запорожского войска В.Л. Кочубея и полтавского полковника И.И. Искру, не раз доносили ему о тайных сношениях И.С. Мазепы со шведскими агентами, Петр I продолжал симпатизировать малороссийскому гетману, о чем потом, конечно, сильно пожалел.
В разгар Северной войны (1700-1721) шведская армия, разгромив союзника Петра I польского короля Августа II Сильного, в первой половине 1708 г. овладела Гродно, Минском и двинулась на Могилев. В этой ситуации русская армия оставила незащищенный Могилев и отошла под Смоленск. Однако все попытки шведов овладеть им и начать движение к Москве были решительно пресечены армией фельдмаршала Б.П. Шереметьева, которая разгромила неприятеля в двух сражениях у села Доброго и деревни Раевка. После этого Карл XII принял решение перезимовать в Малороссии и двинулся на соединение с гетманом И.С. Мазепой, который подло предал русского царя.