Энрике несколько раз собирал своих всадников и бросал в атаку, чтобы попытаться разблокировать бретонцев авангарда, но безуспешно. Затем он ввел в бой массу своих пехотинцев, чьи пращи заставили гасконцев на мгновение замешкаться. Но капталь де Бюш и граф Арманьяк быстро выдвинули вперед своих лучников, залпы стрел которых уничтожали плохо защищенных пехотинцев, быстро обратившихся в бегство.
Тогда Энрике понял, что все потеряно. Остаться на поле боя, означало бы подвергнуть себя опасности попасть в руки единокровного брата, от которого он не мог ждать пощады. Фруассар рассказывает, что Педро лихорадочно прочесывал поле боя в поисках узурпатора: «Король дон Педро был сильно разгорячен и очень жаждал встретить своего брата бастарда. Они скакал вокруг, взывая "где этот сын шлюхи, что называет себя королем Кастилии?"» Для Энрике разумным решением было бы бежать. Кювелье говорит, что Дю Геклен убедил его покинуть поле боя, но эти два человека находились на разных участках сражения, отрезанные друг от друга вражескими силами, так что эта история может быть только чистой выдумкой, если не считать того факта, что бретонец был слишком занят боем, чтобы произносить речи посреди грохота битвы. Энрике решил все сам: с несколькими людьми он покинул поле боя и скрылся в холмах в направлении Бобадильи.
Сражаться остались только отряды Дю Геклена и дона Санчо, полностью окруженные и подавляемые численностью противника: Ланкастер, Чандос, принц Уэльский спереди, капталь де Бюш слева, Клиссон, Хьюэтт справа и сзади. Один за другим падали или сдавались бретонские и французские рыцари: были убиты сиры де Вилье, де Сен-Венан, де Вильен, Жан де Нёвиль, де Матиньон и около шестидесяти других; среди кастильцев Сармьенто, Ангуло, де ла Вега, де Рохас, Мендоса, Хинонес; дон Санчо сдался в плен. "Баталия со стороны испанцев, которая показала себя лучше всего и которая оказала наилучшее сопротивление — это была баталия под командованием мессира Бертрана дю Геклена, ведь там с обеих сторон были истинные воины, которые старались изо всех своих сил и способностей. Много славных подвигов было совершено ими", — говорит Фруассар.
Как и при Оре, Дю Геклен сопротивлялся до последнего, но ему снова пришлось отдать свой меч рыцарю из отряда Джона Чандоса, сэру Томасу Чейни. В четвертый раз Бертран оказался в плену.
Самая кровавая часть сражения произошла во время преследования беглецов. Английские и гасконские всадники преследовали разбитых испанцев бежавших на запад, уничтожая испанскую пехоту на своем пути. Тысячи запаниковавших солдат достигли берегов реки Нахерилья, которая превратилась в бурный поток из-за дождя и таяния снегов. Путь к отступлению был для них отрезан отрезан, и многие были там убиты. Другие собрались на подступах к единственному мосту через реку, у деревни Нахера; в начавшейся давке сотни людей упали в воду, другие сами бросились в нее, погибая от утопления или переохлаждения, в то время как стрелы дождем сыпались на тех, кто пытался выйти на берег. Великие магистры орденов Калатрава и Сантьяго с несколькими сотнями человек укрылись в домах и узких улочках Нахеры, где продолжалась резня; магистр Калатравы был пойман в подвале, магистр Сантьяго — в тупике.
Несоразмерность потерь сторон ошеломляет, но подтверждается по меньшей мере пятнадцатью различными хрониками, независимо от того, на чьей стороне они находятся: около пятнадцати тысяч погибших на одной стороне, по сравнению с примерно сотней на другой; Chronique du monastère de Meaux (Хроника аббатства Мо) даже доходит до цифры в троих убитых с английской стороны. Фруассар оценивает потери в тридцать или сорок лучников, сорок латников и четыре знатных баронов. С франко-кастильской стороны, по самым низким оценкам, погибло двенадцать тысяч пятьсот человек. В любом случае, битва при Нахере стала настоящим средневековым рекордом, если не абсолютным, с соотношением потерь примерно 1:130 (полвека спустя, при Азенкуре, это соотношение будет 1:30). Как бы ни относиться к этим цифрам, несомненна огромная диспропорция. Это можно объяснить, с одной стороны, эффективностью лучников, чей град стрел обрушился на ряды плохо защищенных гентуров и пехотинцев, а с другой стороны, резней беглецов: было вероятно, более двух тысяч утонувших, три тысячи убитых на улицах Нахеры и во время бегства. Более четырехсот бретонцев погибли в отряде Дю Геклена; пятьсот шестьдесят кастильских дворян были найдены на поле боя вместе с более чем семью с половиной тысячами гентуров и пехотинцев. Черный принц послал герольдов составить список убитых дворян в соответствии с их щитами и гербами.