Завершив поездку по Среднему Западу, Дюбуа в конце 188ft года начал занятия в Гарвардском университете. Во время поступления в Гарвард его предупредили, что он может быть принят только на предпоследний курс, если даже получит в Университете Фиска степень бакалавра искусств. В подобном условии не было никакой дискриминации. Оно объяснялось тем, что программа средней школы в Грейт-Баррингтоне далеко не удовлетворяла требованиям Гарварда, а уровень знаний выпускника Фиска был значительно' ниже того, который давал Гарвардский университет.
У Дюбуа была одна цель при поступлении в Гарвард — расширить и углубить свое образование, изучить науку наук — философию, и его ни в коей мере не смутило условие, поставленное ему при поступлении в Гарвард. С осени 1888 года по 1890 год Уильям Дюбуа учился в Гарвардском университете. У него не было долгих колебаний в вопросе о том, какой выбрать курс лекций. Он сразу же принял решение изучать то, что не изучалось или преподавалось по сокращенной программе в Университете Фиска, где не было, например, настоящей химической лаборатории и давались очень ограниченные знания по математике. И Дюбуа остановил свой выбор на смешанном Курсе лекций, в который входили химия, геология, общественные науки и главное — философия.
В 1888 году, когда Дюбуа стал студентом Гарварда, этот университет, существовавший уже в течение двухсот тридцати восьми лет, пользовался репутацией одного из самых солидных высших учебных заведений страны. В то время среди его руководителей и профессоров была целая плеяда блестящих ученых, прекрасных педагогов и знатоков своего дела, равных которым не было ни в одном другом университете США.
Дюбуа с огромным энтузиазмом принялся за учебу. С большой теплотой он вспоминал своих профессоров того периода. Уильям Джеймс, курс лекций которого прослушал Дюбуа, помог ему перейти от аморфной схоластической философии к реалистическому прагматизму Это было отнюдь не прогрессивное направление философии, особенно отрицательную роль оно сыграло в более поздний период, когда было взято на вооружение реакционными кругами США. Но бесспорно то, что Уильям Джеймс, основатель этой школы, был талантливыми ученым, стаявшим по своей профессиональной подготовке значительно выше большинства философов своего времени.
Для исторических и социологических работ Дюбуа всегда было характерно использование огромного количества архивного и документального материала. Это особенно присуще его социологическим исследованиям, о неграх США, фундаментальной работе о работорговле, прекрасно документированной монографии о жизни и деятельности Джона Брауна, фундаментальному исследованию негритянской проблемы в период реконструкции.
Это исключительно внимательное, трогательно бережное отношение к архивной документальной базе исследования было привито Дюбуа его преподавателями в Гарварде. Дюбуа отмечал, что среди преподавателей общественных наук в Гарварде были ученые, по-разному подходившие к оценке явлений, которые они исследовали, различны были и их методы преподавания. Лекции Фрэненса Пибоди напоминали религиозно окрашенные проповеди социальных реформ. В то время как профессор Элберт Башнелл Харт, ведущий курс истории, был горячим поборником проведения исследовательской работы на документальной базе.
Фрэнк Тоссиг вел курс политэкономии, который носил отчетливо выраженный реакционный характер. Здесь, в Гарварде, Дюбуа усиленно занимался наукой, которая в то время не имела еще отчетливо сформировавшегося направления и даже не получила своего наименования. Только позднее ее стали называть социологией. Дюбуа был настоящим энтузиастом этой новой отрасли науки, и по окончании Гарвардского университета он успешно занимался социологическими исследованиями, ценность которых целиком сохраняется и в наши дни.
Разумеется, в этом респектабельном университете тщательно избегали касаться таких крамольных тем, как научный коммунизм, хотя к тому времени уже были опубликованы важнейшие труды Маркса и Энгельса в области философии, политэкономии, истории. «О Карле Марксе говорилось редко, — вспоминал Дюбуа, — да и то как о человеке, чьи сомнительные воззрения давно отвергнуты. Социализм считался пустой мечтой филантропов, несбыточным идеалом, будоражащим горячие головы, изучением его пренебрегали как чем-то второстепенным».
За время обучения в Гарварде Дюбуа пришел к выводу, что философия, литература и физические науки изучались там очень глубоко, на самом передовом для того времени уровне. Что касается истории, политэкономии, социологии, то здесь достижения университета были более чем скромными Но бесспорным было одно — в Гарварде имелись все условия для серьезных занятий, а это было для Дюбуа главным. И Дюбуа не преминул их использовать «Гарвард того времени, — писал Дюбуа, — открывал широкие возможности для молодого человека вообще, а для молодого негра в особенности, и я это понимал. Я выработал собственные методы, отличные от методов большинства других студентов. Я никогда не сидел ночами, а готовился к занятиям днем и распределял свое время с точностью почти до минуты. Я подолгу сидел в библиотеке и выполнял задания очень тщательно, заранее обдумывая, какой работой заняться позднее».
С большим увлечением Дюбуа занимался политэкономией. Вместе со своими товарищами по учебе он часами просиживал над работой Ракардо «Фонд заработной платы», пытаясь применить его теоретические выводы для понимания экономических процессов, происходивших в США в конце 80-х годов. В стране бурно развивался процесс концентрации и монополизации капитала, тресты и монополии устанавливали все более жесткий контроль не только над экономической, но и над политической и вещественной жизнью страны. В Гарварде отмечали большую угрозу демократии, которую несли с собой тресты, но вместе с тем приходили к выводу, что это необходимое условие индустриализации и ее неизбежный спутник. И опять-таки если и заходила когда речь о Марксе, то только для того, чтобы лишний раз подчеркнуть, что его выводы не оправдались, о его же учении в целом никогда не упоминалось.
В Гарварде сравнительно большое внимание уделялось политэкономии и практическому применению ее различных теорий для объяснения современных явлений в американской и мировой экономике, но вместе с тем там совершенно не изучалось положение рабочего класса и рабочее движение. Подавляющее большинство студентов относилось к рабочим с пренебрежением, а упорную классовую борьбу пролетариата рассматривали как нарушение всех законов и обычаев цивилизованного общества. Дюбуа писал по этому поводу: «Это было в порядке вещей: ведь Гарвард был детищем своей эпохи. Свободная мысль, которая расцвела было в нем в конце XVIII — начале XIX века, постепенно сникла под мертвящим экономическим давлением, и Гарвард стал богатым, но реакционным учебным заведением».
Как и во многих привилегированных учебных заведениях, в Гарварде было немало прекрасно обеспеченных студентов, особенно не утруждавших себя наукой. Они с большим или меньшим успехом старались совместить пребывание в стенах университета с праздной, беззаботной жизнью, заполненной всевозможными развлечениями. И преподавателям было приятно иметь дело с таким серьезным студентом, как Дюбуа, который занимался с огромным увлечением и настойчивостью.
У Дюбуа установились очень хорошие, дружественные отношения с Уильямом Джеймсом, поклонником школы которого он являлся. Дюбуа часто бывал дома у Джеймса, который с большим удовольствием занимался со своим любимым учеником. Дюбуа состоял членом философского клуба, в котором участвовал в дискуссиях с преподавателями философии Джорджем Полмером и Джосайе Ройсом.
С огромным увлечением занимался Дюбуа историей, и к нему с большим уважением относился Элберт Харт, ведущий этот предмет Дюбуа был одним из лучших учеников Харта, по рекомендации которого он отправился после окончания Гарварда на учебу в Берлинский университет.
Не все шло гладко у Дюбуа с учебой. Редко, но все же бывали и срывы. Надолго ему запомнился, например, случай с сочинением по английскому языку. Как и во время учебы в Фиске, Дюбуа с огромным вниманием следил за развитием негритянской проблемы. И всегда старался взять темой для доклада, выступления, сочинения эту самую злободневную для него проблему. Свою первую письменную работу в Гарварде Дюбуа посвятил разоблачению нападок белых южан на негров. О таких вопросах он не мог писать в спокойной манере бесстрастного летописца или добросовестного, но безразличного к сути проблемы регистратора событий. Ненависть к южным расистам, злоба и презрение ко всем их пособникам и молчаливым подстрекателям, боль и глубочайшее сочувствие к поруганному человеческому достоинству своих черных братьев, бьющая ключом страстность и глубокая убежденность человека, сражающегося за самое близкое, дорогое и понятное в жизни, — все это было в работе Дюбуа.