На протяжении всего многолетнего периода активного участия Дюбуа в негритянском движении ему постоянно приходилось вести борьбу с консервативными и умеренными кругами, которые считали, что радикализм Дюбуа может принести только отрицательные результаты для негров. Аналогичные отношения сложились у Дюбуа и с руководством НАСПЦН, особенно резкий характер борьба между Дюбуа и большинством руководителей ассоциации носила в 1913–1915 годах.
Причина обострения отношений была все та же: Виллард как руководитель ассоциации решительно настаивал на том, что Дюбуа, являясь членом руководства и главным редактором печатного органа ассоциации, обязан подчиняться ему. Дюбуа столь же решительно отстаивал свое право на независимые действия. Дюбуа был глубоко убежден, что мелочная опека и назойливый контроль над главным редактором любого издания только сковывают его творческую инициативу и приносят непоправимый вред. А раз придя к какому-либо мнению, Дюбуа всегда отстаивал его с присущей ему энергией и упорством.
Вилларду и другим белым из руководства НАСПЦН пришлось все же согласиться на требования редактора «Крайсиса». Они не могли себе позволить потерять такого ценного работника, как Дюбуа, который лучше, чем кто-либо другой в США и тем более за их пределами, знал негритянскую проблему.
Немаловажное значение имела и финансовая сторона вопроса. НАСПЦН с самого начала испытывала серьезные финансовые затруднения, и секретарям ассоциации приходилось использовать всю свою энергию, массу времени, чтобы изыскать скромные средства, необходимые для нормального функционирования организации. И тот факт, что под руководством Дюбуа «Крайсис» быстро стал самоокупающимся и даже приносящим прибыль, имел также очень важное значение. Наконец, нельзя было не учитывать и того факта, что Дюбуа был единственным негром в составе руководства ассоциации и что он привел в ее ряды участников движения «Ниагара», которое слилось с НАСПЦН после ее образования. Выход Дюбуа из руководства ассоциации превратил бы ее в подобие объединения каких-то белых филантропов, решивших облагодетельствовать негров и бороться за их права фактически без их участия.
Все эти факторы и заставляли руководителей ассоциации терпеть пребывание Дюбуа и в руководящем органе НАСПЦН и на посту главного редактора «Крайсиса».
Круг обязанностей Дюбуа в эти годы был очень обширен. Ему всегда претила роль почетного председателя, дающего общие указания и не желающего утруждать себя каждодневной кропотливой работой. Дюбуа был образцом блестящего организатора, который умеет правильно руководить людьми и сам никогда не чурается черновой работы. Ему приходилось в «Крайсисе» вести не только огромную авторскую и редакционную работу, но и выполнять массу мелких, но всегда очень хлопотливых и трудоемких административных и хозяйственных обязанностей, отнимавших уйму времени.
Дюбуа вел также огромную лекторскую работу. Он разъезжал по всем штатам страны, пропагандируя цели и задачи НАСПЦН, рассказывая своим слушателям о негритянском движении и одновременно получая новые важные факты о положении негров, о важнейших сторонах многогранной жизни страны.
В период работы в НАСПЦН Дюбуа хотя и руководил научными исследованиями в этой организации, но условия для настоящих научных исследований у него были теперь несравненно хуже, чем в годы работы в Атланте. И тем не менее, перегруженный колоссальной пропагандистской, организационной и прочей работой в ассоциации, он, как истинный ученый, урывал любую свободную минуту для научной работы.
Дюбуа продолжал вплоть до 1914 года участвовать в научных конференциях по изучению положения и истории негров, проводившихся в Атлантском университете, не прерывал он и своей деятельности по изданию социологических исследований на базе материалов этих конференций. После ухода из Атлантского университета Дюбуа уже не мог руководить этими работами, но он передавал свой огромный опыт молодым ученым, заменившим его на этом посту. Здесь ярко проявилась присущая Дюбуа настоящая преданность интересам науки, без которой не может быть настоящего ученого.
Прекращение работы в Атлантском университете создало серьезные трудности для научно-исследовательской работы Дюбуа, и было поразительным, откуда у него брались энергия, силы, время, чтобы публиковать научные труды. Количество опубликованных им работ, конечно, сократилось, но оно оставалось значительным. Помимо довольно многочисленных научных статей, Дюбуа публикует и ряд монографических исследований.
В 1907 году, когда Дюбуа уже сталкивался с серьезными трудностями в своей работе в Атлантском университете, он опубликовал книгу «Негры на Юге». В 1909 году вышла, как считал Дюбуа, одна из самых удачных его книг, «Джон Браун», опубликованная в ознаменование пятидесятилетия восстания Джона Брауна и его казни. Дюбуа писал в этой монографии о событиях полувековой давности, но тем не менее вся ее направленность перекликалась с современностью. Читая о бессмертном подвиге Брауна, читатель невольно обращался к современным событиям, анализировал их в плане проблем, поставленных автором монографии.
«Джон Браун» Уильяма Дюбуа — произведение чрезвычайно характерное для его научного творчества, характерное исключительно внимательным отношением автора к архивному и документальному материалу. Исследование о жизни и деятельности великого американца было написано Дюбуа целиком на основе архивных документов, главным образом на основе переписки Брауна.
Эту любовь к первоисточникам, привитую Дюбуа его учителем истории в Гарвардском университете профессором Хартом, он сохранил на всю жизнь. Во время пребывания в Москве в январе 1959 года в беседе с советскими историками Дюбуа на вопрос, какое исследование об Аврааме Линкольне представляет наибольший научный интерес, не задумываясь, ответил: работа Николаи и Хея. И тут же пояснил, что после выхода в свет этой книги, опубликованной вскоре после убийства Линкольна, было написано много тысяч работ о жизни и деятельности великого президента. О Линкольне писали талантливые писатели и поэты, историки и журналисты, государственные деятели и авторы-непрофессионалы, увлеченные его героической и трагической жизнью, но ни одну из блестящих работ, написанных ими, он не может сравнить с многотомным исследованием Николаи и Хея. Эти авторы, подчеркнул Дюбуа, были секретарями Линкольна, они вели его переписку, присутствовали на встречах президента с государственными, военными, общественными и политическими деятелями, и свое исследование они написали на основании впервые опубликованных архивных материалов. А остальные авторы, добавил Дюбуа, более или менее удачно интерпретировали документы, впервые использованные Николаи и Хеем.
С полным основанием то же самое можно сказать и о «Джоне Брауне» Дюбуа: он первым использовал богатейшее эпистолярное наследие Брауна, а остальные авторы только углубляли и расширяли те основные выводы, которые были сделаны Дюбуа. Правда, некоторые из этих авторов претендовали на большее, не имея для этого никаких серьезных оснований. Внук Гаррисона, руководитель НАСПЦН Виллард тоже опубликовал книгу о жизни и деятельности Джона Брауна. Когда вышла в свет работа Дюбуа, Виллард встретил ее с нескрываемым раздражением. И очевидно, неприязнь Вилларда к Дюбуа в определенной мере основывалась на желании внука Гаррисона сохранить за, собой монополию на исследование жизни и деятельности Брауна, нарушенную выходом книги Дюбуа.
Через пятьдесят лет после опубликования «Джона Брауна» и через столетие после его героического подвига книга Дюбуа была переведена и опубликована в Советском Союзе. В предисловии издательства к этой книге говорилось, что героическая жизнь Джона Брауна привлекла внимание многих авторов в США и в других странах. Но никому, кроме Уильяма Дюбуа, не удалось дать такого яркого и правдивого описания жизни и деятельности Брауна и одновременно глубоко проанализировать исторические события бурного революционного периода, предшествовавшего гражданской войне 1861–1865 годов.