Уже 26 октября 1920 года Дзержинский доложил пленуму Московского Совета, что меры, принятые Комитетом обороны, делают невозможным какое бы то ни было контрреволюционное выступление.
— Смотр наших сил, — говорил Дзержинский, — показал, что как все красноармейцы, так и рабочие части были на страже революции. Комитету обороны оставалось одно: следить за бдительностью и поднять боеспособность наших рабочих и красноармейских полков.
Этим и продолжали заниматься Комитет обороны и его председатель вплоть до окончания празднования третьей годовщины Великой Октябрьской социалистической революции.
15 октября 1920 года Дзержинский был назначен председателем комиссии по выработке мер для усиления охраны государственных границ.
Советская пограничная охрана была создана в 1918 году и вначале находилась в ведении Народного комиссариата финансов, затем была передана в ведение Наркомвнешторга. По мере освобождения от интервентов и белогвардейцев новых участков границы Совет Труда и Обороны обязывал Реввоенсовет выделять для их охраны войсковые части. Части эти, оставаясь в составе Красной Армии, инструктировались через Управление пограничной охраны Наркомвнешторга. Для борьбы со шпионажем, контрабандой, а также должностными преступлениями среди самой пограничной охраны и таможенного ведомства еще в 1918 году были созданы пограничные чрезвычайные комиссии.
Комиссия Дзержинского пришла к выводу: необходимо передать это важное государственное дело в руки одного органа, полностью ответственного за политическую, военную и экономическую охрану границ.
И 24 ноября 1920 года Совет Труда и Обороны охрану всех границ РСФСР возложил на Особый отдел ВЧК по охране границ. В распоряжение Особого отдела по охране границ выделялась необходимая воинская сила.
Феликс Эдмундович сам занимался подбором начальствующего состава в пограничные войска. Тут он вспомнил и Федора Тимофеевича Фомина, раскрывшего алферовский шифр при ликвидации в 1919 году контрреволюционного заговора «Национального центра». Вот такие проницательные товарищи и нужны погранохране.
— Вам придется поехать на Украину и переключиться на пограничную работу, — сказал Дзержинский, когда Фомин явился по его вызову.
— Незнакома мне эта работа, Феликс Эдмундович, справлюсь ли? — засомневался Фомин.
— Справитесь. Нам, коммунистам, приходится каждый день сталкиваться с новыми делами. Вот теперь чекисты должны заняться охраной границ…
Убедившись, что возражений больше нет, Феликс Эдмундович заговорил о вопросах практических:
— С чего начать? В первую очередь рекомендую из командиров и красноармейцев воспитать хороших, бдительных пограничников. Они должны почувствовать себя не просто бойцами и командирами, а пограничниками-чекистами. И чем скорее вы этого добьетесь, тем скорее сумеете закрыть границу на замок. Затем, — продолжал он, — обязательно нужно войти в контакт с местным населением, чтобы оно было прямым и надежным помощником пограничной охраны.
Дзержинский тепло распрощался с Фоминым, пожелал ему удачи.
Так он напутствовал и других чекистов, мобилизованных в погранохрану.
Окончание гражданской войны поставило в порядок дня и вопрос о сокращении и реорганизации Красной Армии и войск специального назначения. Совет Труда и Обороны принял подготовленное Дзержинским и Склянским постановление о передаче войск внутренней службы в военное ведомство и об организации войск ВЧК. Кроме обслуживания оперативных нужд чрезвычайных комиссий, Совет Труда и Обороны возложил на войска ВЧК охрану границ, железнодорожных станций, пристаней и мостов.
При организации войск ВЧК Дзержинский решительно возражал против копирования организационной структуры и штатов дивизий и частей Красной Армии. Части ВЧК должны быть небольшими, подвижными, сплоченными не только воинской дисциплиной, но и подбором людей и своей близостью к ЧК.
— Все внимание, — говорил он, — должно быть обращено на подбор людей и технику, которая должна заменить количество.
Необходимо было пересмотреть применительно к условиям мирного строительства и карательную политику, перестроить работу суда, прокуратуры, милиции и органов ВЧК. Центральный Комитет партии поручил Дзержинскому подготовить проект постановления об обследовании тюрем в общероссийском масштабе, создав с этой целью комиссию из рабочих.
Такая комиссия под председательством Дзержинского была создана. В нее вошли представители ВЧК, Народного комиссариата юстиции, Ревтрибунала и Всероссийского Центрального Совета Профессиональных Союзов. В центре и на местах были образованы комиссии по пересмотру всех дел на лиц пролетарского и крестьянского происхождения. В их работе приняли участие тысячи представителей профессиональных союзов и комсомольских организаций.