То, что такой независимый ум не смог ужиться с духовной атмосферой монархической Англии и нашёл приют в Америке, подтверждало надежды Джефферсона на будущий расцвет культуры в молодой республике. В письмах Джозефу Пристли он предлагал ему принять участие в создании нового университета в Виргинии, где молодые люди могли бы знакомиться с новейшими достижениями в математике, зоологии, медицине, астрономии, географии, но также и в этике, искусствах, юстиции, политике.
О вопросах христианской веры Джефферсон также много и увлечённо беседовал с доктором Рашем и даже дал ему обещание когда-нибудь изложить подробно свои взгляды на этот важнейший предмет. Первую попытку он сделал в письме, отправленном доктору год назад, где сравнивал платонизм, иудаизм и христианство. Там он объяснял, в чём ему виделось превосходство учения Христа: в отличие от двух других оно описывало не только долг человека перед соплеменниками, но и перед всем человечеством; если платонизм и иудаизм судили только поступки человека, то Христос вглядывался в глубину души его и судил также и мотивы.
Был у Джефферсона и глубоко личный импульс для того, чтобы в очередной раз вглядеться в тайны небытия и потусторонней жизни: тревога за дочь Марию. В феврале она родила дочь, и, как всегда у неё, послеродовой период протекал очень тяжело. Её муж, новоиспечённый конгрессмен Джек Эппс, уехал из столицы, не дождавшись конца заседаний, и слал подробные отчёты из Эдж-Хилла. Мария была очень слаба, почти не могла есть. В груди началось воспаление, молоко исчезло. По счастью, сестра Марта тоже недавно родила, так что смогла подкармливать новорождённую племянницу.
Джефферсон, имевший большой опыт ухода за роженицами, слал из Вашингтона подробные советы. «Питание должно быть лёгким, для улучшения пищеварения пусть выпивает рюмку вина. Шерри в погребе в Монтичелло очень хорошо для этой цели… Как только ей станет лучше, перевезите её туда, воздух на горе чище… Весь дом в вашем распоряжении, можете использовать все запасы в нём, слуг, дрова».
Но уехать из столицы до конца сессии конгресса он не считал себя вправе. Хотя договор о покупке Луизианы за 15 миллионов долларов был ратифицирован и сенатом, и палатой представителей с большим перевесом голосов, оставалось ещё множество проблем, требовавших постоянного внимания. С директором казначейства Галлатином нужно было уточнять финансовые этапы выплат Парижу. С министром иностранных дел Мэдисоном — отношения с Испанией и её территориями во Флориде. Кому-то следовало поручить составление конституции для тех штатов, которые теперь добавятся к союзу.
В январе неожиданно попросил о личной встрече Аарон Бёрр. Он начал беседу издалека, напомнил о том, что в 1800 году был приглашён двумя могучими семействами Клинтон и Ливингстон, принять активное участие в политической жизни штата Нью-Йорк, о том, что его усилия помогли республиканцам победить в этом штате, а далее и во всей стране. Затем он повернул разговор таким образом, будто именно его неустанная поддержка партии республиканцев и персонально президента Джефферсона превратила его в объект свирепой травли федералистской печати, в которой самое активное участие принял Александр Гамильтон. Да, эта травля сделала своё дело, и он чувствует, что теряет прежнюю поддержку избирателей на федеральном уровне. Он готов попытать свои силы в борьбе за голоса ньюйоркцев на губернаторских выборах. И он хотел бы знать, не найдёт ли президент возможным отблагодарить его за многолетнюю лояльность, публично поддержав его кандидатуру.
Просьба привела Джефферсона в замешательство. Было что-то в характере вице-президента такое, что заставляло людей по возможности держаться от него подальше. Его имя не раз всплывало при обсуждении кандидатур на важные посты и в администрации Вашингтона, и в администрации Адамса, но каждый раз назначали кого-то другого. Зато когда подобные обсуждения начинались, мистер Бёрр каким-то образом узнавал о них и неизменно появлялся в столице. Живя с ним бок о бок в столице, Джефферсон не раз при встречах поддавался импульсу захлопнуть створки своей душевной раковины. Но разве не естественно было испытывать неловкость при виде человека, которому твоя внезапная смерть могла бы принести внезапное и весьма желанное возвышение?
Большой знаток человеческих характеров, Долли Мэдисон тоже питала инстинктивное недоверие к Аарону Бёрру, с которым была знакома много лет. Составляя списки приглашённых на обед к президенту, она часто под разными предлогами не включала его. Пытаясь объяснить свои чувства, она говорила: «Когда я расхожусь с человеком во мнениях, я огорчаюсь, пытаюсь переубедить его, потом примириться с нашим несогласием. Мистер Бёрр ведёт себя по-другому. Он замолчит, вежливо улыбнётся, но ты чувствуешь, как какая-то невидимая пружина его нелюбви к тебе натянулась на несколько витков. Для меня, для моего мужа, для вас встречи и общение с другими людьми часто бывают отрадой. Для него — всегда необходимый, но тяжёлый труд».