Корабът „Игъл“, който носеше шестдесет топа на борда си, бе причислен към флотилията, която блокираше атлантическите пристанища на Франция. По същество обаче това не беше блокада, а лов за отделни кораби, най-често търговски, които след залавянето се докарваха като плячка в Плимът или Портсмът.
Кук остана старши матрос само един месец. След това го произведоха помощник щурман, а след половин година той е назначен за боцман.
Това бяха подофицерски длъжности и засега нищо не предвещаваше главозамайваща морска кариера.
През октомври 1755 г. за командир на „Игъл“ бе назначен Хю Палисър. Родом от Йоркшир, той бързо оцени способностите на своя земляк. По-късно той ще играе много важна роля в съдбата на Кук.
През 1756 г. към Палисър се обръща с писмо членът на парламента У. Осбалдстън от йоркшир-ския гр. Скарбъро. От свое име и от името на Джон Уокър той го моли да окаже съдействие на Кук за получаване на офицерско звание.
Палисър, син на пехотен капитан, по онова време бил само един от командирите на многокорабния британски флот. Той нямал влиянието, необходимо за да изпълни молбата на йоркширския парламентарист, но уверил Осбалдстън, че ще направи всичко възможно, за да може Кук да получи „полуофицерското“ звание щурман.
Бяха предприети съответните стъпки и на Кук бе позволено да се яви на изпит за щурманско звание. На 29 юни той блестящо си взе изпита и на другия ден бе назначен за щурман на малкия кораб „Солби“, а през октомври 1757 г. бе преведен на шестдесеттоповната фрегата „Пемброк“.
Щурманите нямали офицерски права, но изпълнявали офицерски задължения. Те отговаряли за цялата навигационна служба. Те определяли курса на кораба, те водели кораба към целта. По начало в изкуството на корабоводене те превъзхождали капитаните от флотата на негово величество.
През следващата 1758 г. англичаните започват успешни операции в Канада, която от началото на XVII в. принадлежи на Франция. Планът на кампанията е разработен с участието на младия и надарен генерал Джеймс Улф.
Към вътрешността на Канада води удобен воден път — широката р. Сейнт Лорънс (Свети Лавренти), която се влива в едноименния залив. Ако англичаните успеят да превземат крепостта Луйсбург, разположена в устието на този залив, а след това се придвижат нагоре по течението на реката и овладеят столицата на Канада Куебек, кампанията ще бъде спечелена. Без Куебек французите не биха могли да задържат селищата по горното течение на р. Сейнт Лорънс.
През май 1758 г. голяма британска флотилия, в състава на която е и „Пемброк“, навлиза в канадски води. В обсадата на Луйсбург вземат участие 157 кораба. В края на юли 1758 г. градът е превзет.
Но разстоянието от Луйсбург до Куебек е 600 мили. Трудни мили — пък англичаните не познават дълбоките води и плитчините на „френската“ река.
През цялата зима на 1758/59 г. в Халифакс, където бе закотвен „Пемброк“, Кук заедно с геодезиста С. Холанд проучваше френските трофейни карти.4
На края Кук и Холанд „през чужди очи“ съставиха картата на р. Сейнт Лорънс. Но не бяха сигурни за точността й. И в началото на лятото 1759 г. заедно с няколко щурмана те извършиха истински подвиг. Под огъня на френските оръдия те проучиха най-трудния участък на реката непосредствено под Куебек — прохода, който французите наричаха Травер, а англичаните — Траверс. Тук реката е широка, но крие опасни плитчини и подводни скали. Тесният фарватер минава между два острова близо до южния бряг. Французите бяха махнали всички бакени. С риск за живота Кук и съратниците му поставиха нови вехи и направиха измервания по дължината на опасния проход. Налагаше се вехите да бъдат поставяни не веднъж и не дваж — французите редовно ги унищожаваха, но в края на краищата Траверс бе проучен и нанесен на карта.
Без ничия помощ… Самоук, в трудни плавания и при случайни престои, от зори до зори Кук изучава основите на астрономията и геодезията, тригонометрията и алгебрата. Той буквално наизуст познава трудовете на своите предшественици — мореплавателите от XVI и XVII век. Той много чете и се интересува не само от специална литература. Той не владее езици, но лесно се оправя с френските лоции и с трудовете на френските пътешественици.
И, което е най-важното, той има ясен критичен ум и способността трезво да преценява мненията на автори, чиито книги му се случва да чете.
През юни 1759 г. 22 бойни и 119 транспортни кораби форсираха прохода. Не беше загубен нито един съд; всички благополучно се доближиха до Куебек и командуващият десантните части генерал Джеймс Улф повиква Кук, за да изслуша съветите му за разполагане на корабите на подстъпите към канадската столица.
4
И се учеше сам. Лейтенант Дж. Кинг, участник в последното плаване на Кук, пише: „От него често чувах, че през онази сурова зима той за пръв път успял да се пребори с целия Евклид и без ничия помощ, като се осланял само на себе си, и с малкото книги, с които разполагал, той учел математика и астрономия“.