Попутно Кук совершенно справедливо указал, что австралийские аборигены ничуть не похожи на обитателей Новой Гвинеи.
22 августа 1770 года Кук высадился на небольшом островке в Торресовом проливе и ввел во владение британской короны все восточное побережье Новой Голландии, которое он назвал Новым Южным Уэльсом. Островок, где совершен был торжественный акт, получил название острова Владения (Посешн).
Кук прошел к Яве и 23 октября 1770 года вручил капитану одного голландского судна, которое отбывало в Европу, письмо секретарю Адмиралтейства Стефенсу.
Кук писал ему, что путешествие по существу закончено. Он отметил, что за время плавания от цинги не погиб ни один человек, и с похвалой отозвался об экипаже "Индевра". "Я могу сказать, - писал Кук, - что матросы и офицеры прошли через все передряги и испытания с бодростью и сноровкой". Но он упрекал себя за то, что "потерпел неудачу в попытках отыскать Южный материк (который, впрочем, вряд ли существует)".
Однако наибольшие беды обрушились на "Индевр" после того, как это письмо ушло в Англию.
В столице Нидерландской Индии Батавии и на якорной стоянке у островка Принсен (Панаитан) экипаж "Индевра" поражен был тяжелой тропической лихорадкой. Смерть беспощадно скосила многих участников экспедиции. Скончались Тупиа и его слуга Тарето, лейтенант Хикс, астроном Грин, лекарь Монкхауз, штурман Молине, художник Паркинсон. Во время перехода из Батавии в Кейптаун за одну только неделю с 25 по 31 января 1771 года умер тридцать один человек.
13 июля 1771 года "Индевр" прибыл в английский порт Дауне. Плавание, которое продолжалось два года десять месяцев и семнадцать дней, было завершено.
Но отнюдь не завершена была та поистине грандиозная программа, которая была намечена Куком сразу же по возвращении на родину.
"Переходя к вопросу об открытиях, - писал он в особом добавлении к дневнику своего первого плавания, - мне хотелось бы высказать свою точку зрения; надеюсь, что моим мнением не пренебрегут в будущем. Лучше всего при плаваниях, совершаемых ради открытий в Южных морях, держать курс к Новой Зеландии с первой стоянкой на мысе Доброй Надежды, где можно пополнить запасы. Надо идти к югу от Новой Голландии, затем через пролив Королевы Шарлотты, где можно запастись водой и топливом, при этом следует принять меры, чтобы выйти из пролива Королевы Шарлотты в конце сентября или в начале октября, но не позже, ибо у вас [в таком случае] будет целое лето. Пройдя же пролив, где обычно дуют западные ветры, идите в самых высоких широтах, каких сочтете нужным придерживаться. Если вы не обнаружите земли, у вас будет время до конца лета обойти мыс Горн. Если не обнаружите материка и поставите перед собой иные цели, то держите на север. Тогда, посетив уже открытые острова, вы сможете, пользуясь пассатами, пройти к западу в поисках островов, о которых упоминалось выше, и тем самым завершить открытия в южных морях".
Любопытно, что о своих достижениях Кук отзывался весьма сдержанно, "Я,- писал он 17 августа 1771 года Джону Уокеру, - не совершил ни одного великого открытия".
Кук напрасно недооценил свои собственные открытия. Они были поистине великими, и, что еще важнее, Кук их совершал, прокладывая новые, ранее неведомые пути в южных морях.
Кроме того, ученый мир был потрясен ботаническими и зоологическими открытиями Бенкса и Соландера. Впервые по гербарию, собранному ими, ботаники ознакомились с эндемичными, т. е. свойственными только одной определенной местности, видами таитянской, новозеландской и новоголландской флоры.
Зоологов обрадовали первые научные описания зверей, рыб и птиц островов южных морей, Новой Зеландии и пятого материка. Сверх этих описаний Бенкс привез в Англию полторы тысячи зарисовок невиданных растений и животных. Принадлежали эти зарисовки художнику Сиднею Паркинсону, умершему в плавании.
После этой экспедиции Европа узнала, что в умеренных широтах южного полушария лежат два больших острова Новой Зеландии и что восточное, прежде неизвестное, побережье Новой Голландии куда привлекательнее ее северных, западных и южных берегов.
В конце XVIII и в начале XIX веков Новый Южный Уэльс и Новая Зеландия подверглись вторжению британских колонизаторов, пагубному для коренных жителей этих стран. Вольно или невольно Кук оказался лоцманом европейской заморской экспансии.