Пять недель шли корабли вдоль Огненной Земли, и вечером 28 ноября перед ними неожиданно открылось море. Вожделенный Западный проход наконец был найден, его длина составляла около трехсот миль (шестисот километров). Бухта оказалась проливом, и он до нашего времени носит имя своего первооткрывателя - Магеллана. Магеллан понял, что он вышел в море, обнаруженное Нуньесом де Бальбоа, и переименовал его из Южного в Mar Pasifico - Тихое, очарованный спокойствием воды. «Поистине удачно назвали его Тихим, - писал участник экспедиции флорентиец Пигафетта, - ибо за все это время мы не встретили ни одной бури». Выходной мыс пролива Магеллан назвал Десеадо - Желанным. Она находится на острове Отчаяния.
От этого мыса корабли повернули к северу вдоль чилийских берегов и от 37-й параллели, ставшей знаменитой после выхода в свет романа Жюля Верна «Дети капитана Гранта» и легли на курс вест-норд-вест, который вел в неизвестность.
24 января 1521 года корабли Магеллана впервые за много дней бросили якоря у необитаемого острова Пукапука из полинезийского архипелага Туамоту. Увы, надеждам пополнить здесь запасы провианта не суждено было сбыться. Островок, обнаруженный ими 4 февраля, также оказался бесплодным. Но вот наконец 6 марта корабли подошли к острову Гуам из нынешнего Марианского архипелага. «В продолжение трех месяцев и двадцати дней, - фиксирует в своем дневнике Пигафетта, - мы были совершенно лишены свежей пищи. Сухари, которыми мы питались, представляли собой не хлеб, а пыль, смешанную с червями, загаженную мышами и издававшую поэтому невыносимое зловоние. Вода, которую мы принуждены были пить, была гнила и также вонюча. Чтобы не умереть с голода, мы ели кожу, которою покрывают снасти, чтобы веревки не перетирали дерева. Эта кожа под действием воды, ветра и солнца так затвердела, что ее нужно было размачивать в морской воде в течение четырех-пяти дней. Затем мы пекли ее на угольях и ели. Часто мы питались древесными опилками. Крысы продавались по полдуката за штуку, но и за такую цену их невозможно было достать. Но это еще не все. Самое большое несчастье было в том, что нас постигла болезнь, при которой десны распухали до такой степени, что закрывали зубы как верхней, так и нижней челюсти, и люди, пораженные этой болезнью, не могли принимать никакой пищи. Девятнадцать человек из нас умерло... Кроме умерших, было от 25 до 30 матросов, страдавших от боли в руках, ногах и других частях тела...» Эту запись Пигафетта сделал на острове Гуам, когда за кормой эскадры остались семнадцать тысяч километров по Тихому океану и открытые острова Гилберта, Маршалловы и Каролинские.
После трехсуточного отдыха на Гуаме Магеллан двинулся дальше и в середине апреля провозгласил испанским владением архипелаг Сан-Лазар - будущие Филиппинские острова, точнее, три из них - Самар, Минданао и Себу, а жителей обратил в христианство. Правителя Себу - раджу Хумабона - Магеллан крестил и под именем Карлос (в честь испанского короля) назначил верховным правителем новообретенной колонии. Однако соседний остров Мактан отказался признать его власть и выплатить дань.
Но Магеллан уже загорелся идеей создать на Самаре, Минданао и Себу католическое королевство во главе с королем Карлосом Себуанским и помочь подчинить ему весь архипелаг. А чтобы Хумабон не раскаялся в союзе с Испанией, Магеллан решил преподнести ему Мактан «на блюдечке», эффектно завоевав его без помощи туземцев.
По его наущению правитель Себу организовал против мятежников карательную экспедицию, в ней принял участие и Магеллан. 27 апреля в одной из стычек Магеллан погиб от удара копьем в лоб: уповая на помощь свыше в столь богоугодном деле, он приказал воинам Себу не вмешиваться в битву, и, возможно, это обстоятельство стало причиной его гибели. «Магеллан был наделен всеми добродетелями. - вспоминает Пигафегта. - Он выказывал всегда непоколебимую настойчивость среди самых больших бедствий. На море он сам осудил себя на большие лишения, чем остальной экипаж. Сведущий, как никто, в знании морских карт, он владел в совершенстве искусством кораблевождения, и это он доказал своим путешествием вокруг света, на что никто другой не отважился до него...»
Смерть от цинги, гибель от рук туземцев сильно сократили численность участников экспедиции. Поэтому по приказу капитана «Консепсьона» Хуана Себастьяна де Эль-Кано его корабль был сожжен, оставшиеся каравеллы переукомплектованы, а сам Эль-Кано перебрался на «Викторию».