На фоне всех этих милостей очень странным кажется следующий шаг лордов-адмиралов, несомненно согласованный с королем: Кука назначают... главным смотрителем Гринвичского морского госпиталя. Эта пенсионная должность могла означать для сорокасемилетнего капитана первого ранга только одно - чем-то он кому-то крепко не угодил, и его отстранили от настоящих дел. Уж конечно, дело здесь вовсе не в том, что он не отыскал Южный материк и Землю Буве: трудно найти несуществующее, как бы сильно ни хотелось. Зато он нашел многое другое... Единственно логичной причиной кажется то, что Кук в силу своего скверного характера пролил слишком много напрасной крови, в том числе и английской, и тем на много лет вперед затруднил британской короне проникновение в южные моря, вынудив англичан и дальше применять силу вместо других, более мягких средств. Ведь погибли и офицеры, а у многих из них оставались в Лондоне влиятельные родственники.
А между тем, как стало известно Куку, уже готовилась новая экспедиция, только на этот раз не в южные моря, а в северные - на поиски Северо-Западного прохода. Он, превративший вопросительный знак в точку в истории поисков Южной Земли, не прочь был разобраться и с этой проблемой, тем более что все еще оставалось в силе парламентское решение о выплате двадцати тысяч фунтов стерлингов тому, кто разыщет этот пролив. Прижимистость Кука, проявившаяся, в частности, в договорах с Джорджем Банксом и Андреасом Спаррманом, не давала ему покоя и в этот раз. Он твердо верил в свою удачу. Он разобрался с миражами южных морей, не оплошает и в северных. К тому же у него есть опыт плавания во льдах, а Северо-Западный проход, если только он существует, лежит в арктических широтах, севернее пятьдесят второй параллели. Кому, как не ему?..
10 февраля 1776 года он обращается за поддержкой к сэру Хью.
Тем временем подготовка экспедиции шла полным ходом, и Кук принимал в ней самое деятельное участие. Для нее были выделены два корабля и назначены капитаны. Флагманом определили «Резолюшн», уготовив ему судьбу «Дельфина», тоже участника двух экспедиций. Командиром «Резолюшн» назначили его бывшего лейтенанта Чарлза Кларка, участника двух предыдущих плаваний Кука. Он должен был поискать проход со стороны Тихого океана. Второе судно, трехсоттонный «Дискавери» («Открытие»), выбранный лично Куком, должен был возглавить Ричард Пикерсгилл, тоже бывший лейтенант с «Резолюшн». Ему предстояли поиски Северо-Западного прохода со стороны Атлантики.
После письма Кука к Паллисеру картина резко изменилась. Командиром «Резолюшн» стал Кук, старшим помощником - его соратник по первой экспедиции Джон Гор, а вторым - Джеймс Кинг. Командование «Дискавери» поручается Чарлзу Кларку, его первый помощник - Джеймс Барни.
Британское Королевское общество прикрепило к экспедиции астронома Уильяма Бейли, только что совершившего рейс на «Резолюшн», натуралиста Дэвида Нельсона, лекаря Уильяма Андерсона, художника Джона Веббера. Адмиралтейство снабдило Кука секретными инструкциями, скрепленными подписями первого лорда Джона Сэндвича и двух лордов-адмиралов - Хью Паллисера и Чарлза Спенсера. Они предписывали порядок вступления во владение любыми новооткрытыми землями и присоединения их к британской короне. А один пункт свидетельствует о том, что экспедиция была задумана гораздо шире, чем получилось на деле, и должна была в южных морях отыскать во что бы то ни стало землю Кергелена и обследовать ее со всевозможной тщательностью.
Ко времени выхода в море «Дискавери» внезапно лишился своего капитана: младший брат Чарлза Кларка, кутила и мот, наделал долгов, и как раз к лету 1776 года терпение кредиторов истощилось. Вполне возможно, что на их настроение повлияло принятие 4 июля сочиненной Томасом Джефферсоном - будущим президентом - Декларации независимости Североамериканских Соединенных Штатов, вызвавшее великую панику в финансовых кругах Европы и в первую очередь Англии, спасавших все, что можно. Кларка-младшего засадили в долговую тюрьму, превосходно описанную Диккенсом, но, как это часто практиковалось, позволили отбывать срок родственнику должника, пока сам должник на свободе изыскивал средства для погашения долга. Таким родственником и оказался сердобольный капитан Кларк. Его заточение должно было кончиться к концу июля. Кук посетил его в тюрьме и назначил встречу кораблей в Столовой бухте - близ мыса Доброй Надежды: как и во время второго плавания, он избрал путь вокруг Африки.