Флоренция сразу сделалась неузнаваемой. Члены сеньории состояли в это время почти сплошь из “беснующихся”, и потому они допустили “золотую” молодежь бесчинствовать сколько ей угодно. Город наводнился сразу пасквилями, грязными песнями, бесстыдными сатирами против доминиканцев и Савонаролы. Пьяные кутилы и падшие женщины как бы решили вознаградить себя за долгое время воздержания, и город казался сплошным вертепом. Но через месяц сеньория, избранная на июль и август, явилась сторонницей Савонаролы, и в Рим отправилась просьба об отмене отлучения. Флорентийский посланник в Риме усердно искал покровителей для Савонаролы и не без успеха, хотя среди людей, готовых хлопотать за Савонаролу, были и такие, которые прямо требовали крупных взяток, так как в Риме за деньги добывалось все. В это время произошло происшествие, смутившее на минуту самого Александра Борджиа: герцог Кандия, старший сын папы, убил и бросил в Тибр своего брата, кардинала Валенции, приревновав к нему свою сестру, знаменитую Лукрецию Борджиа. Потрясенный папа заперся в своем дворце, приказал кардиналам серьезнее взглянуть на церковные дела и, казалось, готов был начать новую жизнь. Савонарола, веривший в возможность перерождения людей, написал трогательное письмо к папе, утешая его и говоря о покаянии. Рядом с этим письмом отправились в Рим еще два послания, защищавшие Савонаролу и подписанные: одно – 250 доминиканцами, другое – 363 гражданами. Просили отмены отлучения уже ради того, что Савонарола был необходим как поддержка во время господствовавшей в городе чумы. Чума заглянула и в монастырь Сан-Марко, откуда Савонароле предлагали удалиться за город; он воспользовался этим предложением богатых граждан, но не для себя, а для молодых послушников, в числе которых был и его брат Аврелий; удалив их, он мог удобнее разместить монахов и избавить монастырь от скученности народа. Практическая распорядительность не покидала его никогда. Сам он, хотя и был обречен на бездействие, однако был бодр, утешал ближних и даже издал “Медицинский трактат о чуме”, в котором говорил, как следует поступать, чтобы сохранить в порядке и спокойствии душу и тело, и советовал быть умеренным в пище и питье, не терять бодрости и веселости, самоотверженно служить больным, даже если это враги. Чума, страшно встревожившая город, прошла, однако, скорее, чем можно было ожидать. Но прошла она – явилась новая тревога: открылся заговор Петра Медичи против республики, в который были замешаны очень видные люди и, между прочим, старик Бернардо дель Неро. Виновных привлекли к суду “восьми”, которые заведовали политическими и уголовными судебными делами и менялись каждые четыре месяца, и эти судьи испугались исполнить свои обязанности и навлечь на себя в будущем мщение родни подсудимых. Начался запутанный процесс, который выказал трусость многих перед сторонниками Медичисов, и кончилось дело казнью и конфискацией имуществ пяти человек. Затем начались снова распутства и наглые выходки “золотой” молодежи и женщин легкого поведения. А Савонарола все сидел в своей келье, писал новые сочинения, издал “Триумф Креста”, замечательное изложение значения христианской веры, но тем не менее не мог проповедовать, хотя его проповедь была нужна и друзья настаивали на ее необходимости. Настало Рождество. Савонарола решился отслужить обедню, причастил монахов и толпу сошедшихся к нему граждан, сказал перед церковью торжественную речь собравшимся. Это было начало активного протеста против отлучения. Друзья известили Савонаролу, что с разрешения сеньории в соборе опять устроены сиденья и ступени около окон, то есть все готово для новой проповеди любимого проповедника. Он дал обещание выйти на кафедру в воскресенье 11 февраля 1498 года. Тщетно пробовал флорентийский архиепископ Леонард Медичи протестовать против этого: сеньория объявила ему, что в случае его сопротивления его немедленно лишат сана и признают мятежником. Смелый шаг протеста против Рима был сделан, и Савонарола заговорил снова, на этот раз об отлучении, об авторитете папы, о свободе совести и праве не подчиняться неправильным распоряжениям. Он прямо сказал, что его преследуют не ради религии, а потому, что хотят уничтожить республику и снова вернуть в страну тирана. Они ненавидят и его, Савонаролу, не за противоречия догматам религии, а за то, что он обличает порочное духовенство. “Ты был в Риме, – восклицал он, – и знаешь жизнь этих священнослужителей. Скажи же мне, кажутся ли они носителями церкви или светскими людьми? У них придворные, оруженосцы, лошади и собаки; их дома полны тканых обоев, шелковых тканей, ароматных курений и слуг: похоже ли все это на церковь Божию? Их высокомерие наполняет весь свет и не меньше того их алчность. Все делается за деньги; их колокола звонят для их корысти; они кричат только о добыче денег, хлеба и свечей. Для вечерен и молебнов они становятся в хор, надеясь что-нибудь заработать, а на заутрени их не увидишь, так как тут ничего не добудешь. Они продают места, продают таинства, продают обряд крещения, продают все. И еще толкуют об отлучении!” Горячо протестуя в последней своей проповеди перед карнавалом против отлучения, Савонарола доказывал, что он стоит за безупречную жизнь, за добродетели, что отлучение, запрещающее ему делать доброе дело, исходит от дьявола. “И какое отлучение может заставить нас бездействовать, когда дело идет о спасении людей? Этот долг выше всяких отлучений, от кого бы они ни исходили. Если бы стали подчиняться несправедливым решениям, то какой-нибудь дурной папа мог бы погубить всю церковь и ему все-таки пришлось бы подчиняться? Впрочем, нужно сказать, что такие отлучения в наши дни дешевый товар. За четыре лиры можно отлучить кого угодно; потому отлучения и не стоят ничего”. После этой проповеди Савонарола заявил, что в последний день карнавала он будет служить обедню и благословит народ на площади Сан-Марко. “И пусть каждый молится в это время, – страстно сказал он, – чтобы Господь ниспослал на меня свой пламень и низверг бы меня в ад, если моя проповедь исходит не от Него”. Этот последний день карнавала прошел торжественно: Савонарола причастил и благословил народ, по городу собирали на бедных, на площади второй раз происходило сожжение суетных вещей, но разнузданная “золотая” молодежь на этот раз то тут, то там оскорбляла “плакальщиков”, то есть партию Савонаролы, и производила скандалы. Вообще каждый, даже недальновидный наблюдатель мог теперь заметить, что страшная буря близка и что дело идет уже не о какой-нибудь одной флорентийской республике, а о папстве, о католической церкви. По Италии, по Франции, по Германии разносились брошюры, говорившие о проповедях Савонаролы, везде видели в нем великого поборника обновления церкви. В вечном городе прелаты, кардиналы и сам папа были в ярости на монаха, осмелившегося видеть высший авторитет только в Боге и в своей совести; флорентийского посла осуждали недовольные Флоренцией и сеньорией люди, а в августинской церкви перед избранной публикой и князьями церкви Дженнаццано кричал как бесноватый против Савонаролы, раздражив, впрочем, слушателей своей бессодержательной руганью. Кардиналы из более дальновидных итальянцев подсказали наконец папе, что медлить нельзя, что в церкви готовится раскол и что стоит только во главе противников встать влиятельному лицу, чтобы дело стало опасным.
Побуждаемый этими советами, опасаясь за собственное благосостояние, папа Александр VI приступил к более решительным мерам и обратился к флорентийской сеньории с выражением неудовольствия за ее поведение и требуя отправки Савонаролы в Рим или заключения его в тюрьму и отлучая от церкви всех, кто будет говорить с ним или слушать его. Хотя сеньория, выбранная на март и апрель, была враждебна Савонароле и находилась под председательством родственника Петра Медичи, тоже Петра Медичи, переменившего только после революции 1494 года свою фамилию на Пополаски и оставшегося тем же волком и в этой лисьей шкуре, тем не менее сама сеньория не решилась изречь своего приговора над Савонаролой, боясь народа, и созвала особое собрание для обсуждения разных неотложных дел, а в том числе и вопроса о Савонароле. На собрании выяснилось, что дела республики плохи до последней степени: расходы превышали доходы, кругом были враги, борьба становилась почти немыслимой. Но как ни страшно было положение государства, а все же нельзя было исполнить требование папы относительно Савонаролы, так как мог начаться народный мятеж. Папу известили об этом, уклончиво заметив, что “Савонарола опять удалился из собора в свой монастырь”. Он и точно удалился в монастырь, где написал сочинение, специально посвященное светскому предмету, а именно: “О правлении и законодательстве города Флоренции”.
Не ограничиваясь этим, Савонарола принялся в монастыре и за проповеди; так как церковь была невелика, то на проповедь допускались одни мужчины и только раз в неделю, по субботам, допускались женщины, так как и флорентийки громко требовали доступа к излюбленным проповедям. Проповеди теперь вращались около разъяснения вопроса о том, может ли папа заблуждаться? Ответ был утвердительный: “Папа может заблуждаться как человек вообще; может заблуждаться как дурной человек, ненавидящий христианскую любовь; так, дурной папа Бонифаций VIII слушался голоса дьявола; он прошел в папы как лисица, и умер как пес”. Впервые в этих проповедях Савонарола явно заговорил “о соборе”, который должен избрать реформаторов для возобновления церкви. В Риме эти проповеди вызвали необыкновенное волнение, причем папа написал строгое послание к сеньории; и она опять собрала экстренное собрание, которое теперь волей-неволей решалось высказаться против проповеди Савонаролы. В этот день он сказал последнюю проповедь женщинам, а вечером получил извещение о запрещении проповедовать и на другой же день, 18 марта 1498 года, простился с народом. У великого проповедника оставалась одна надежда на созвание собора: он хотел призвать к ответу папу, показать его в настоящем свете развратника и убийцы, доказать, что он достиг престола подкупом, наконец обличить его как еретика и безбожника.