Сколько денег вложил Флэглер в новую компанию, неизвестно. Вероятно, у него было не более 50 000 долларов. Харкнисс, оставаясь негласным партнером, внес от 60 000 до 90 000 долларов. Но важнее денег Флэглера были для фирмы его дарования. Два оригинальных свободных ума, сливаясь в своем воображении и энергии, могут часто сделать вдвое больше того, что мог бы сделать один. И это прекрасно иллюстрирует партнерство Рокфеллера и Флэглера.
Взаимодействие Рокфеллера с Флэглером, не имевшее прецедента в отношениях с другими коллегами, сразу дало результаты. Новый капитал употребили для расширения завода. Как только в Кливленде были обеспечены дополнительные мощности и цистерны для перевозки нефти, а в Нефтяных регионах – новые хранилища, компания «Рокфеллер, Эндрюс энд Флэглер» стала самым мощным предприятием не только в городе, но и в стране, а следовательно, и в мире. Производство нефтепродуктов подскочило с примерно 500 баррелей в день в 1867 году до 1500 баррелей, согласно оценкам Рокфеллера и других экспертов, в 1869-м.
Как опытный грузоотправитель, Флэглер был знаком со многими железнодорожными начальниками. И одной из первых задач, которую он взялся решать как партнер фирмы, стало ведение переговоров о снижении тарифов на перевозку сырой нефти. Это было жизненно важным делом, поскольку тарифы, меняясь от одной железной дороги к другой и от одного грузоотправителя к другому, могли обеспечить производителям нефтепродуктов в случае их снижения решающее преимущество над конкурентами. Укрупнив свою компанию, Рокфеллер не только смог сэкономить на продаже, производстве и маркетинге нефтепродуктов, но создал также основу для возможно большего удешевления транспортировки.
Когда Флэглер принялся вести переговоры по вопросам снижения тарифов, обстановка складывалась весьма благоприятно. Три крупные железнодорожные компании приняли меры для прокладки путей в Нефтяные регионы, которые не имели еще железной дороги, когда Дрейк пробурил свою первую скважину. Некоторое время компания «Атлантик энд Грейт-Уэстерн» пользовалась здесь фактически монопольным положением.
Затем на арену выступила компания «Пенсильвания рейлроуд». Контролируя железную дорогу долины Аллегейни, она доминировала над другой компанией, владеющей дорогой в северной части штата, «Филадельфия энд Эри», ветка которой вскоре пересекла всю «долину нефти» от Корри на севере через Титусвилль до Франклина. Конец очевидного преобладания «Атлантик энд Грейт-Уэстерн» относится к лету 1866 года, когда доведение небольшой железнодорожной ветки от Регионов, принадлежавшей компании «Уоррен энд Франклин», до Олеополиса позволило «Филадельфии энд Эри» транспортировать нефть к морскому побережью в больших объемах.
Между тем компанию «Лейк шор рейлроуд» заинтересовала короткая ветка от Джеймстауна, Пенсильвания, до Франклина, строительство которой было завершено в 1867 году. Аренда ее дала «Лейк шор» непосредственный доступ в Нефтяные регионы, а также превратила ее в агрессивного конкурента.
Конкуренция железнодорожных компаний за выгодную транспортировку нефти сохраняла свое ожесточение даже летом 1866 года, и битва за контроль над нею привлекала всеобщее внимание. «Атлантик энд Грейт-Уэс-терн» вынудили начать резкое снижение тарифов. Ее соответствующая программа действий снизила средний тариф за перевозку тонны груза по железной дороге с 4,70 доллара в 1865 году до 2,87 доллара в 1866 году, что привело (несмотря на заметную интенсификацию движения) к серьезному падению доходов. Опять же в 1867 году контролируемая «Пенсильванией» «Филадельфия энд Эри» и «Атлантик энд Грейт-Уэстерн» возобновили соревнование в сокращении величины тарифов и вели его до тех пор, пока плата за перевозку сырой нефти не упала до беспрецедентного уровня. Чтобы увеличить транспортировку нефти компанией «Филадельфия энд Эри», «Пенсильвания рейлроуд» помогла организовать в 1865 году скоростной маршрут перевозки грузов под управлением «Эмпайр транспортейшн компани».
Правление «Пенсильвании», уже владевшей мощной сетью железных дорог, возглавлял Дж. Эдгар Томсон, талантливый организатор, правой рукой которого был блестящий вице-президент компании Томас А. Скотт, отличившийся на посту помощника министра обороны в правительстве президента Линкольна. Нью-йоркская магистраль находилась в руках Корнелия Вандербильта, выдающегося железнодорожного магната, который объединил под своим руководством сеть линий, связывающих Нью-Йорк с Буффало. Он собирался полностью прибрать к рукам компанию «Лейк шор», владевшую дорогой протяженностью более 500 миль, которая являлась частью сквозной магистрали от побережья Атлантики до Чикаго. В первые месяцы 1868 года случилась «война Эри» между Вандербильтом и Даниэлем Дрю-Джеем Гулдом за контроль над «Эри рейлроуд». В итоге Вандербильт и Дрю покинули поле сражения, оставив «Эри» в собственности неразборчивого в средствах Гулда и неотесанного «Джима» Фиска. Осенью Гулда избрали председателем правления этой компании. За несколько месяцев он взял в аренду компанию «Атлантик энд Грейт-Уэстерн» и сделал ее частью своей железнодорожной сети, которая в 1869 году включила в свою орбиту Кливленд. Борьба первых двух соперников и затем трех крупных железнодорожных сетей за победу на нефтяном рынке создала обстановку, в которой производители нефтепродуктов Кливленда, в том числе фирма Рокфеллера, могли ставить для себя в промышленной сфере более высокие цели.