Позиция самого Бруно на следствии была четкой и последовательной. Он не был религиозным реформатором и не собирался идти на костер из-за различных толкований церковных догм и обрядов. Все обвинения в богохульстве, в издевательских высказываниях о почитании икон и культе святых, о богородице и Христе он отвергал с порога, благо доказать их Мочениго не мог: разговоры велись с глазу на глаз. Что касается более глубоких богословских вопросов, граничивших с философией, то Бруно прямо заявил инквизиторам, что не может принять догмат троичности божества и богочеловечность Христа, излагал свое учение о совпадении божественных атрибутов. Все философские положения, в том числе учение о вечности и бесконечности вселенной, о существовании бесчисленного множества миров, Бруно отстаивал с начала до конца.
Так как первый, неаполитанский процесс Бруно не состоялся и он не отрекался от еретических взглядов, он не был «повторно впавшим в ересь»; это улучшало его положение. Бруно знал, что венецианская инквизиция не выносила смертных приговоров по обвинению в ереси, если дело не осложнялось политическими соображениями; он же не был врагом республики св. Марка. В этих условиях худшее, что ему грозило, было возвращение в орден, в монастырь. Бруно даже надеялся остаться светским лицом; если бы это не удалось, он рассчитывал остаться в Венеции; по свидетельству одного из соседей по камере, «он не хотел подчиняться ни генералу ордена, ни приору монастыря, но только этой Синьории» (13, стр. 394). На худой конец оставалась надежда на повторное бегство из монастыря и возвращение в Германию. Этими планами и вызвано было покаяние, принесенное Бруно в конце следствия. Он не отрекался от своих философских и научных воззрений; речь шла только о его «образе жизни», т. е. о бегстве из монастыря и неисполнении церковных обрядов. В Венеции такого формального покаяния могло оказаться достаточно. Но в это время против Ноланца готовился новый предательский удар.
Делом Джордано Бруно заинтересовались в Риме. Верховный инквизитор Джулио Антонио Санторо, кардинал Сансеверина (тот самый, что в 1564 г. бежал от народного восстания из Неаполя), велел представить ему материалы следствия. Но еще до получения актов процесса римская инквизиция потребовала от венецианского трибунала добиться выдачи ей Бруно. (Переписка по этому делу велась в обход венецианских властей.)
Первоначально Синьория, охраняя свою независимость, отказала в требовании Риму. Но в дело вмешался сам папа Климент VIII. Давление с его стороны помогло сломить не слишком уверенное сопротивление венецианцев. В конце концов беглый монах не был подданным республики св. Марка, а поддержание хороших отношений с папским престолом значило для сената больше, чем жизнь мыслителя, даже если он и «один из самых выдающихся и редчайших гениев, каких только можно себе представить, и обладает необычайными познаниями и создал замечательное учение» (12, стр. 374). Бруно был принесен в жертву политическим интересам Венеции.
Пока за спиной узника велись переговоры, он по окончании следствия был переведен в общую камеру, где вместе с ним были заключены обвиняемые в ереси монах-капуцин Челестино Веронец, учитель и переписчик книг Франческо Грациано, монах-кармелит Джулио де Сало, плотник Франческо Вайа Неаполитанец и др.
И в тюрьме Ноланец оставался верен себе. Преисполненный презрения к невежеству и суевериям, он издевался над предрассудками своих соседей по камере, прерывая их молитвы и песнопения, высказывал приводившие их в ужас мнения о церкви и религии, об апостолах и Христе. Он и здесь, в последней своей аудитории, оставался страстным проповедником новых идей. Глядя на звездное небо сквозь решетку тюремного окна, он пытался объяснить своим невежественным собеседникам учение о бесконечности вселенной и множественности миров.
Он сам не знал, как точны были его слова, сказанные еще на свободе в доме Мочениго: «Мир полон предательства!» И здесь, в камере, он порой в бессильной ярости и отчаянии проклинал бога, отвергнутого в его книгах: «Предатель правит этим миром!»
Но он еще не испытал всей меры предательства. Летом 1593 г., когда Бруно находился уже в Риме, Челестино в надежде облегчить свою участь (он привлекался к следствию вторично, и ему грозило суровое наказание, может быть, даже костер) подал донос. Соседи по камере были вызваны в Рим и допрошены. Одни отмалчивались, ссылаясь на плохую память, другие действительно плохо разбирались в философских рассуждениях Ноланца, но в целом их показания подтвердили донос Челестино. Опаснее других оказался Грациано, мстивший теперь Бруно за то, что тот в тюрьме презирал его претензии на образованность и ученость. Не унимался и Мочениго — давал новые показания, прислал новый, четвертый донос. Потом нашелся еще один добровольный доносчик, приславший экземпляр «Изгнания торжествующего зверя», подчеркнув в нем опасные для веры места.