Книга вышла под весьма прозрачным псевдонимом А.Бобровский. В цензуру она поступила 4 апреля 1866 - в тот самый день, когда Каракозов стрелял в Александра II.
"Я задался мыслью снять несколько те черные краски, которые положены на так называемых нигилистов такими мерзавцами, как Лесков (Стебницкий)", - писал Суворин о назначении книги одному из своих адресатов, имея в виду роман Лескова "Некуда" [31]. Таковой представлялась цель книги и ее современникам.
Вечером 4 апреля, когда появились слухи, что стрелявший - помещик, недовольный реформой, Суворин решил не подливать масла в огонь и не "разжигать ненависти" к дворянскому сословию; поэтому он сразу отказался от мысли давать объявление о книге. Обратившись вновь к председателю Главного управления по делам печати М.П.Щербинину, Суворин просил его возвратить книгу для переделки. Выяснив же, что тот не внял его просьбе, заявил "о своем намерении не выпускать книгу в настоящее время". Лишь после того, как он узнал, что против него возбуждено дело, Суворин обратился с письмом к министру внутренних дел. Он просил министра разрешить переделать вторую часть книги (первая, по его мнению, была "лишена политического характера") или, уничтожив книгу, приостановить преследование. Но делу уже был дан ход. За два дня до описываемых событий Щербинин послал запрос о благонадежности Суворина управляющему III Отделения Н.В.Мезенцеву, мотивируя свою просьбу тем, что его сочинение
"изображает под прикрытием прозрачного и легко доступного пониманию вымысла личности людей, осужденных у нас как государственные преступники, возбуждает в читателе симпатии к этим личностям и той среде, которая известна у нас под именем "нигилистов", и предполагает между прочим точный рассказ и исполнение судебного приговора над Чернышевским <...> а равно заключает в себе умышленно враждебное сопоставление высших и низших классов общества, пропаганду коммунистических, социалистических и материалистических теорий и отрицает необходимость брака" [32].
Ничего особо предосудительного о Суворине III Отделение сообщить не могло, так как он не состоял под надзором полиции. Тем не менее в ответе указывалось, что Суворин придерживается "в политическом отношении крайних убеждений" [33]. Обладая достаточной для этого властью, министр внутренних дел П.А.Валуев мог не возбуждать дела, но Суворин все же был привлечен к дознанию. Он признал справедливость части выдвинутых против него обвинений, но отрицал документальный характер изображенных в повести событий и всячески подчеркивал, что речь идет о художественном произведении. В так называемых "нигилистах" он не видел людей, способных повести за собой Россию. Бороться с ними, по его мнению, следовало не грубым очернительством, а развенчанием пропагандируемых ими идеалов. "Мне казалось более целесообразным выставить человека честного, искренно преданного своим убеждениям, и на нем показать всю тщетность и непригодность дорогих ему теорий", - объяснял он Валуеву суть поставленных им перед собой задач [34].
Здесь важны упоминания о Самарском, в котором цензура без особого труда узнала Н.Г.Чернышевского. В книге говорилось о нем как о человеке, достойном уважения, хотя и ошибающемся, но страдающем за свои убеждения. С явной симпатией был обрисован и главный герой книги "нигилист" Ильменев. Видя, что народ остается равнодушным к идеям "нигилистов", он приходит к выводу о бессмысленности революционной борьбы. Насторожили цензуру не столько образы нигилистов, сколько то, какими приемами изображался противоборствующий лагерь.
На суде Суворин и его адвокат К.К.Арсеньев, в будущем академик и известный либеральный критик, пытались всячески доказать, что "отзывы, которые выражаются о Самарском в книге, уважение к нему никак не могут быть приписаны лично автору, а разве только тем лицам, которые действуют в повести". И наоборот, устами ее героев, изъявивших "чувства благодарности к государю", "высказаны собственные мысли автора" [35].
Оправдываясь, Суворин так или иначе вынужден был бы скрывать свои симпатии к Чернышевскому, но его последующие высказывания подтверждали то, что он говорил на суде. Значительно позднее описываемых событий, когда никто не тянул его за язык, он посчитал необходимым вновь коснуться этого вопроса. Суворин утверждал, что никогда не испытывал пиетета перед опальным писателем и не понимает, почему его роман "Что делать?" оказал такое внимание на современников.