Все большее разделение в политике на партии еще более осложняло непростые отношения города и университета. Муниципальная реформа 1833 года привела в совет тех, кого в нем ранее не было. Совет перестал быть закрытой кликой, которая осуществляла ученое попечительство, превратился в коллектив демократически избранных представителей, хотя электорат был, с сегодняшней точки зрения, строго ограничен. Из 137 000 граждан Эдинбурга право голоса получали мужчины, владеющие зданием и проживающие в нем, а также зарабатывающие 10 фунтов в год, — их число составляло 5000 человек, в значительной степени зажиточные торговцы. Совету приходилось считаться с их взглядами, которые не всегда были ему приятны. В политике избиратели тяготели к радикализму, в религии — к отделившимся от церкви сектам. Одно из последствий этого сделалось очевидным, когда совет реализовал свою обязанность по обеспечению действующих церквей города. По сути, он постарался сократить число священников и снизить их жалование. Университету это не сулило ничего хорошего.
Политическим лидером инакомыслящих был Дункан Макларен, драпировщик с Хай-стрит. Он попал в состав совета на очередных выборах и заседал на протяжении трех десятилетий, достиг должности лорда-провоста и наконец стал членом парламента от Эдинбурга. Убежденный сектант, он воспринимал церковь как врага, причем далеко не самого худшего. Когда имуществу епископальной церкви был нанесен урон — упала стена, за состояние которой отвечал городской совет, Макларен отказался от имени совета принимать прошения о компенсации от любого, кто принадлежал к «епископалам»: «Я возражаю против навязывания пресвитерианскому сообществу людей, каковые притязают на должности, ставящие их над прочими шотландскими священниками. Подобное утверждение превосходства в пресвитерианской стране, где пресвитерианство признано законом, не может считаться обоснованным». Вдобавок Макларену не нравилось, когда ему напоминали о папистском прошлом города, сколь угодно отдаленном. По условиям соглашения 1844 года о прокладке через центр железной дороги, средневековую церковь Троицы, оказавшуюся на маршруте, следовало переместить, то есть демонтировать камень за камнем и возвести заново в другом районе. Макларен возражал — мол, эта церковь никогда не соответствовала протестантскому вероисповеданию (не имела кафедры проповедника посредине), поэтому ее надлежит просто снести как «суеверный пережиток». И конечно, он присоединился к длинной череде обличителей шотландской греховности: «Обществу следует всерьез озаботиться тем, каково распространение пьянства в Эдинбурге, особенно по воскресеньям, когда люди достойные и благонравные, выходя на городские улицы, вынуждены наблюдать великое множество пьяных, которые сквернословят и иными способами нарушают покой остальных и правила приличия».[339] Будучи человеком упрямым и настырным, Макларен также со временем добился влияния и на «академический сектор» совета.
Раскол существенно укрепил его позиции. Союз Свободной церкви и инакомыслящих обладал большинством голосов в совете, пусть и не всегда действовал согласованно, и между членами этого союза периодически возникали распри. Немногочисленные приверженцы официальной церкви оказались достаточно глупыми, чтобы спровоцировать их предложением восстановить в университете старинное «испытание веры» для профессоров (эти люди наивно полагали, что таким образом сумеют присвоить эти должности). В итоге испытание запретили законодательно; кроме того, противоречия имели и другие последствия.