И все же перемирие было шатким и ему не суждено было продлиться долго. 7 августа Шотландии достигли вести о случайной смерти Генриха II, делавшей его брата Франциска II королем Франции, а Марию, королеву Шотландскую, на которой он был женат всего год, также и королевой Франции. Более того, оба они по условиям брачного договора получали права на королевства своего супруга или супруги, так что Франциск становился и королем Шотландии. Оба монарха были еще так юны, что на деле правлением занимались их дядья — герцог де Гиз и кардинал Лоррэн, братья Марии де Гиз. Фактически в то время у Франции и Шотландии было одно правительство и единая политика.[101]
Для лордов конгрегации ситуация выглядела по меньшей мере настораживающей. Они ответили очередной попыткой переворота. Объявили, что Мария де Гиз временно перестала быть регентшей, и сформировали хунту под предводительством Шательро. Однако Мария сохраняла спокойствие, так как амбиции лордов конгреграции явно не соответствовали их возможностям. Она была права. Лорды перессорились, а их солдаты, не получавшие жалования, дезертировали. Общий боевой дух резко упал. В ночь с 5 на 6 ноября они бежали из Эдинбурга в Линлитгоу. Мария опять вышла победительницей. Ее священники заново освятили алтарь собора Святого Жиля, и сама Мария присутствовала на тамошних мессах.
Лишь подобные стесненные обстоятельства могли убедить лордов конгрегации искать помощи в Англии, даже принося клятвы верности новым монархам. Тяжелое положение Шотландии оказалось на руку Елизавете I, которая была безжалостна, но умела достигать своих целей окольными путями. В январе 1560 года она направила в Берик послов, которые подписали с лордами договор. Одной из целей этого документа было установление в Шотландии протестантизма, хотя в тексте не содержалось ни слова о религии. Вместо этого в документе многословно рассуждали о заговоре с целью ниспровержения нации и присоединения Шотландии к Франции. По своей сердечной доброте Елизавета не могла не вмешаться. Она собиралась выслать в Шотландию армию — не с тем, чтобы оккупировать Шотландию, но с тем, чтобы изгнать французов.
Обещанная армия прибыла на место в марте и объединилась с силами лордов конгрегации. Они осадили Лейт с франко-шотландским гарнизоном. 7 мая осаждающие пошли на приступ, который убедительно доказал преимущества превосходных укреплений, поскольку закончился для нападавших поражением. Однако Мария де Гиз совсем не обязательно стремилась к победе, одержанной с помощью оружия.[102] Она добивалась переговоров. У нее почти не было времени. Умирая от водянки, она созвала представителей протестантов, которые нашли ее прикованной к креслу, слабой телом, но как никогда сильной духом и по-прежнему проницательной. Она пыталась доказать, что союз с Францией может оказаться для Шотландии более выгодным, чем союз с Англией. До самой смерти, которая постигла ее 11 июня, ей не удалось добиться ничего. В преследовании своих интересов Елизавета была так же неутомима. Ее не так заботили шотландцы, как французы. С последними ее верный тайный слуга, сэр Уильям Сесил, вел секретные переговоры в Ньюкасле-на-Тайне. Как только Мария де Гиз умерла, он пересек границу и начал действовать на месте. Его усилиями кризис близился к завершению.
По Эдинбургскому договору, подписанному в июле 1560 года, английские и французские войска должны были уйти из Шотландии. Укрепления должны быть частично снесены и приведены в негодность, так что Лейт больше уже не мог похвастаться самой современной крепостью на Британских островах; это место простояло заброшенным два столетия до тех пор, пока на нем в итоге не построили Грейт-Джанкшн-стрит, улицу Конституции и Бернард-стрит (последняя занимает достойное место среди самых красивых городских пейзажей Шотландии, так что ожидание того стоило). Кое-что из того, что некогда утратил Лейт, можно все еще увидеть в пригороде Эймута; форт, расположенный там, также был частично снесен, но не так тщательно. Вместе с бастионами Лейт лишился и независимости. Феодальное старшинство вскоре было продано Эдинбургу безденежным правительством, и собранные гражданами Лейта £3000 пропали даром. По тому же договору религию страны должен был определять парламент. Нокс составил конституцию Церкви Шотландии, «Первую книгу дисциплины». Она была одобрена в январе 1561 года.[103]