Чтобы сосредоточить власть в своих руках и ввести единую систему управления округами, Зэра-Яыкобу нужно было преодолеть сопротивление местных сановников и балаббатов, проживавших на местах и господствовавших в своих владениях практически независимо. Знатные роды из местного населения, разумеется, были связаны с обычаями, культами и традициями своих народностей и поэтому пользовались там властью и обладали авторитетом.
Такая независимость округов была причиной многочисленных заговоров и интриг против императора. Один из таких заговоров возглавлял зять Зэра-Яыкоба Амдэ-Мэскэль, занимавший пост битуоддэда, который делал его приближённым к императору лицом. По утверждению хроники, Амдэ-Мэскэль был инициатором «вероломных проектов, замыслов, о которых лучше не говорить вслух, достойных дьявольской, а не человеческой души». В заговоре участвовали монах Амха-Ийесус, ныбурэ ыд Ноб из монастыря Дэбрэ-Дамо, а также предшественник Амдэ-Мэскэля на посту битуоддэда Исаяс.
Обвинение Амдэ-Мэскэля в супружеской неверности было предлогом для начала процесса и осуждения заговорщиков. Только император точно знал место в провинции Амхара, куда был сослан его зять, которого на процессе против заговорщиков переименовали: вместо Амдэ-Мэскэль – «Столп Креста» – его стали называть позорным именем Амдэ-Сэйтан – «Столп Сатаны». Монах Амха-Ийесус и ныбурэ ыд Ноб, которому сменили имя на Кэбэро-Сэйтан – «Тамбурин Сатаны», – были сосланы в Гошыаро. Бывший битуоддэд Исаяс был отправлен к месту ссылки с надетым на шею большим железным ошейником.
Этот процесс стал началом реорганизации управления Эфиопской империей. Зэра-Яыкобом был проведён большой шум шыр («разжалован, назначен»), то есть перестановки сановников на придворных и провинциальных должностях. Император использовал представившийся ему случай, чтобы сразу по всей Эфиопии лишить власти и влияния неугодных ему местных балаббатов, шумов, мэсафынтов и мэкуаннынтов («князей»), то есть наиболее влиятельных представителей феодальной знати. Желая обеспечить везде строгий контроль, Зэра-Яыкоб важнейшие посты раздал своим детям, и прежде всего дочерям, опасаясь наследников-мужчин, которым он доверил менее ответственные должности.
Никогда в Эфиопской империи, ни до, ни после правления Зэра-Яыкоба, женщины не занимали так много государственных и придворных постов. Дочь императора Бырхан-Зэмэда, жена осуждённого битуоддэда Амдэ-Мэскэля (Амдэ-Сэйтана), была назначена на пост гыра битуоддэда, другая дочь Зэра-Яыкоба, Мэдхын-Зэмэда, получила должность кэнь битуоддэда. Во главе всех важнейших провинций империи вместо прежних правителей из местной родовой знати были назначены также дочери императора. В провинции Амхара управляла Амэтэ-Мэших, в Тигре – Дыль-Сэмра, в Годжаме – Ацнаф-Сэмра, в Шоа – Ром-Гэнэйела, в Бэгемдыре – Цэбэле-Марьям, в Йифате – Амэтэ-Гийоргис, в Анготе – Бахыр-Мэнгыса, в Гыддыме – Софья, в Гень – Ацнаф-Сзгзду, племянница императора. Другие должности получили сыновья Зэра-Яыкоба.
Однако этот необычный шум шыр не дал императору ожидавшегося укрепления его власти. В своём стремлении к единовластию принцы и принцессы не отличались от местных крупных феодалов. Поэтому вскоре был проведён следующий шум шыр, гораздо более жестокий и кровавый. Его проведению поспособствовали монахи толка тоуахдо.
Знаменитые эфиопские доносчики того времени – Зэра-Цыйон, Тэаука-Бырхан и Гэбрэ-Крыстос – обвинили принцев и принцесс в переходе в языческую веру и поддержке местных, искоренявшихся императором культов, особенно в почитании богов Десака и Денно. Доносчики предъявляли также «много других обвинений, которые были известны только царю; но открыто только то, что они поклонялись Десаку».
Доносы не остались без благосклонного внимания Зэра-Яыкоба. На многолюдном публичном собрании императорские сыновья и дочери, принцы Теодрос, Гэлаудеуос, Амдэ-Цыйон и Зэра-Абрэхам, принцессы Дыль-Сэмра и Ацнаф-Сэмра и многие другие на глазах собранного народа истекали кровью под ударами розог. Над перепуганной толпой, со страхом наблюдавшей за расправой над детьми императора, раздался голос самого Зэра-Яыкоба: «Смотрите, что сделали мы детям нашим. Мы не пощадили их, ибо они погрешили против бога. И ныне скажите и выскажитесь, достаточно ли этих пыток или мы должны прибавить ещё?». Среди собравшихся раздался плач: «Да не прибавляйте им никакого наказания, ибо они близки к смерти, господин наш, царь!».
Некоторые из детей императора умерли сразу же на месте казни, другие позднее скончались в мучениях. После разборок дел веры не выжил никто. Одновременно с императорскими детьми были подвергнуты смертельным пыткам ещё многие неизвестные нам люди, также оклеветанные доносчиками. Что все эти обвинения против членов императорской семьи были интригой ычэге Ындрыяса, можно только предполагать по последним словам умиравшего под пытками Зэра-Цыйона: «Смотрите, как пронзает меня огненным копьём абба Ындрыяс Дэбрэ-Либаносский!».