К концу эпохи Птолемеев различия между греческим правящим классом и египетским населением начали стираться, представители последнего получили возможность присоединяться к элите через смешанные браки. Август не был поборником подобной социальной мобильности, он установил жесткую общественную структуру, основанную на классовом и расово-национальном делении, что сделало трудным и даже невозможным переход из низшего ранга в высший. На вершине пирамиды находились римские граждане, освобожденные от большинства налогов и повинностей, которые ложились на плечи остального населения страны. Следом шли граждане трех главных греческих городов Египта — Александрии, Навкратиса и Птолемаиды (а позднее и римского Антиноополя в Среднем Египте, основанного скорбящим Адрианом в 130 году в память о юном возлюбленном Антиное, который утонул во время путешествия по Нилу). Любой житель Египта, не имевший римского гражданства, не являвшийся жителем одного из этих четырех городов или евреем, рассматривался как египтянин (включая греков из сельских пригородов). Египтяне обладали весьма ограниченными правами, закон им запрещал продвижение наверх и смешанные браки (за нарушение запрета сурово наказывали) с представителями более привилегированных категорий. Расширение ценза при Каракалле (198–217), когда в число римских граждан в 212 году включили всех жителей империи, не изменило ситуацию: дискриминация продолжалась, и лишь одна группа населения могла завидовать египтянам — рабы (причем две трети египетских рабов были женщинами).
Среди «избранных» городов Александрия считалась первой, но, очевидно, из-за того, что жители прежде поддерживали Антония, Август ликвидировал городской совет ( буле). В то же время он предоставил особые права евреям — они, согласно иудейскому философу Филону, доминировали в двух из пяти районах Александрии: евреи сохранили все свободы и преимущества, которыми пользовались при Птолемеях, и получили собственный совет старейшин. Сложилась ситуация, резко усилившая напряжение и враждебность между греками и евреями, и это привело к погрому и резне 38 года н. э. Посольства с прошениями о помощи тщетно прибывали к Калигуле (37–41), но конфликты продолжались вплоть до правления Клавдия (41–54), который заставил враждующие стороны примириться. Однако эпизодически беспорядки вспыхивали и в последующие годы, например в 66 году, когда погибли несколько тысяч евреев. Несмотря на это, существование евреев в Египте было относительно сносным до 115 года, когда иудейское восстание охватило весь Египет; кульминацией восстания стали кровавые события двух первых веков нашей эры. Возможйо, поводом к бунту послужило появление «мессии» в Кирене, затем волнения прокатились по Египту, Кипру, Месопотамии и Иудее. И хотя в Александрии беспорядки быстро подавил Траян (98-117), вооруженные отряды евреев терроризировали сельские поселения, выплескивая свой гнев в первую очередь на греков, которых они вытаскивали из домов и убивали. Партизанская война длилась два года и привела к карательным мерам: еврейское население почти полностью изгнали из Египта, значительную часть евреев истребили, и от этой катастрофы народ оправился лишь к концу II века н. э.
Одной из многочисленных тягот, возложенных на плечи египтян, была выплата римских налогов и сборов, дополненных «литургией» — обязательным участием в общественных работах, выполняемых почти исключительно египтянами за собственный счет. Уровень налогообложения был выше, чем при Птолемеях, и собирали эти подати с безжалостной римской эффективностью. Филон утверждал: владельцы земли ни перед чем не останавливались, чтобы получить плату от арендаторов, даже если это означало «калечение тел поркой и пытками или убийство с помощью новоизобретенных инструментов». Собранные доходы направлялись в Рим и намного превышали ожидания, так что Тиберий однажды заметил: «Я хочу, чтобы моих овец стригли, а не сдирали с них шкуру заживо». Основная часть налогов взималась зерном — главным продуктом египетской экономики; египетские крестьяне обеспечивали треть продовольствия, поступавшего в Рим.
Провинцию грабили решительно и неуклонно. Римляне добывали минералы и драгоценные металлы на отдаленных рудниках и каменоломнях Восточной пустыни. Камень гранодиорит добывали, например, на горе Клавдия; он использовался для изготовления колонн, которые устанавливались в римских храмах на Форуме, в Колизее и Пантеоне. Помимо сырья, из Египта вывозили ремесленные товары, такие как стекло, керамику, папирус; крупнейшим центром мировой торговли оставалась Александрия, через которую шел поток предметов роскоши из Индии и Дальнего Востока, доставляемых караванами через пустыню и с берегов Красного моря.
Хотя большая часть продукции, выращенной и изготовленной в Египте, вывозилась из страны в Рим, Александрия оставалась самым богатым и важным городом восточного Средиземноморья. Как и раньше, в городе периодически вспыхивали волнения и беспорядки, но римляне по-прежнему поощряли развитие греческой культуры и поддерживали традиционные учреждения, вроде Мусейона и Великой библиотеки. Именно в римский период Александрия взрастила историка Арриана (ок. 120 г.), математика, географа и астронома Птолемея (также известного как Клавдий Птолемей; ок. 140 г.), который написал весьма популярный труд «Альмагест» — свод достижений греческой астрономии, причем привел даже те сведения, которые противоречили основной теории — например, что Земля вращается вокруг Солнца. Его геоцентрическая концепция вселенной, получившая позже название птолемеевской, догматически насаждалась на Западе вплоть до XVI века. Менее знаменитым, чем Птолемей, но не менее блестящим ученым был Герон (ок. 62 г.) — геометр и изобретатель, который создал первый прообраз парового двигателя и машины для чеканки монет, а также вывел десятки формул для описания свойств многоугольника. Великий врач Гален (ок. 129–216 гг.) завершил обучение в Александрии, превратившейся в передовой центр современного медицинского знания. Греческие города по всей стране также служили важными центрами культуры и образования, там существовали театры, школы и гимнасии; из Навкратиса вышел грамматик Афиней (ок. 200 г.), из Ликополя — философ и основатель неоплатонизма Плотин (205–270).
По мере того как греки и другие «иноземцы» закладывали основы процветания искусства и литературы византийского периода, народная египетская культура и религия постепенно увядали. По иронии судьбы, примерно в то же время, когда наступил упадок традиционной египетской культуры, в римском обществе стали набирать популярность культы Исиды, Сераписа, Осириса и Анубиса; культ Исиды распространился вплоть до Адрианова вала в Британии. Благополучная элита Египта, не включавшая большинство коренного населения, с энтузиазмом усваивала практики эпохи фараонов. Бальзамирование и мумифицирование, изображение местных божеств погребального культа в гробницах и на поминальных стелах, хотя и с сильным влиянием классического искусства, стали нормой. Египетские боги появлялись в таких изображениях в римских одеяниях, с типичными для египетского искусства позах, но с эллинистическими лицами, как можно видеть в катакомбах Александрии. Аналогичным образом, мумии — например, найденные в Файюме, — зачастую снабжались прекрасными, реалистическими портретами, написанными в совершенно неегипетском стиле. Такое заимствование черт египетского искусства и культуры (по крайней мере, в измененном виде) было характерно и за пределами Египта, ранние римские императоры стремились играть роль фараонов; достаточно вспомнить, к примеру, великолепный павильон Траяна в Филе.