Наполеону не терпелось войти в Каир и сокрушить мамлюков. Не дав им времени для организации подкреплений, он послал войска по кошмарной июльской жаре вдоль пересохшего русла канала, связывавшего Александрию с Нилом. По маршруту колодцы были отравлены, армия страдала от жажды, люди сходили с ума при виде миражей, дрожавших на горизонте и таявших по мере приближения. Некоторые солдаты в отчаянии стрелялись, отставших убивали бедуины, которые сопровождали корпус на всем пути до Каира, так что французы оставляли за спиной «череду трупов».
Однако потери были недостаточными, чтобы подорвать колоссальное численное преимущество наполеоновской армии перед мамлюками, чьи вожди все еще не понимали, что века мамлюкских традиций сочтены. На самом деле Мурад был настроен оптимистично, узнав, что у французов практически нет кавалерии: «Я растопчу их копытами моих коней, нарежу на ломтики, словно дыни!»
Противники встретились при местечке Имбаба, на берегу Нила, напротив Каира, поблизости от пирамид; кавалерия мамлюков ринулась на врага во всем своем великолепии: инкрустированное драгоценностями оружие сверкало на солнце, яркие шелковые одеяния и цветные вымпелы развевались на легком ветерке под безоблачным небом. На полном скаку, зажав поводья в зубах, они разрядили ружья и пистолеты, бросили огнестрельное оружие на землю, предоставив подбирать его пешим слугам, бежавшим следом. Потом вскинули сабли, чтобы опустить их на головы врагов — одним ударом такая сабля отсекала голову.
Против менее подготовленного и организованного противника стремительная атака могла оказаться сокрушительной. Но против вымуштрованной, тактически и технически превосходящей армии французов это была роковая ошибка. Мгновенно выстроившись в плотные каре, солдаты Наполеона встретили мамлюков залпами, пулями и картечью. В течение часа сражение обернулось бойней. Мурад бежал на юг с немногими уцелевшими; генерал Дезо преследовал его вплоть до Верхнего Египта и дальше, до Судана, но так и не поймал — бывшего правителя Египта поразила чума, настигшая его два года спустя. Ибрагим, наблюдавший за битвой с противоположного берега Нила, спасся, бежав в Палестину.
Наполеон торжественно вступил в Каир 24 июля 1798 года. А 1 августа лорд Нельсон неожиданно напал на флот Наполеона в бухте Абукир, к востоку от Александрии, уничтожив все корабли, кроме двух. Позднее в тот же вечер британцы искусно подошли к самому берегу, позади французской оборонительной линии, и ударили по тылам из пушек; кульминационный момент наступил, когда им удалось потопить флагманский корабль французов «Ориент» — 120-пушечный фрегат, намного превосходивший по размеру прочие корабли в бухте; на борту фрегата, который взорвался, превратившись в гигантский огненный шар, находились французский адмирал и вся команда.
Потопление флота означало, что Наполеон оказался отрезан от родины, лишился как подкреплений, так и возможности покинуть страну. Более того, поражение французов вдохновило османов, уязвленных вторжением на территорию империи, на разрыв отношений с Францией и заключение союза с Великобританией и Россией. Потеря пассивной поддержки султана была для Наполеона не менее опасна, чем уничтожение боевых кораблей; за одну ночь египетская кампания оказалась проигранной.
Наполеон делал все возможное, чтобы сгладить дурные вести из Абукира и заняться организацией колонии. Он твердо намеревался создать новую администрацию, способную обеспечивать себя и пересылать часть доходов во Францию. Чтобы привлечь народ, он созвал правительственный совет ( диван),в который вошли знатные люди, принадлежавшие к местной религиозной общине, а также представители торгового сословия, которые, как надеялся Наполеон, придадут легитимность новому режиму. Однако к тому времени образ французов как освободителей заметно подорвала череда конфискаций, которые Наполеону пришлось провести, чтобы обеспечить колонию финансами: связи с Парижем больше не было, а сокровища, собранные для оплаты кампании — золото и бриллианты, похищенные в Швейцарии, — погибли вместе с флагманским кораблем при Абукире.
Сначала египтян заинтриговали странные повадки, обычаи и костюмы новых господ, не говоря уже о «нескромном» поведении француженок, которые ходили, не закрывая лиц. Каирцы с радостью обнаружили, что могут продавать воду солдатам по безумно завышенным ценам. Но волна конфискаций, налоги на ремесленников и купцов, новый налог на городские строения вскоре изменили настроения в обществе.
Когда султан объявил войну Франции в сентябре 1798 года, в Египте начало формироваться народное сопротивление, в основном на базе мечетей, прежде всего мечети Азхар. Призывы с минаретов Каира взяться за оружие и выступить против неверных французов прозвучали 21 октября; разразилось восстание, в городе появились баррикады. Волнения прекратились лишь после того, как Наполеон пригрозил сравнять с землей мечеть Азхар, которую позднее французы взяли штурмом и осквернили. Примерно три тысячи жителей Каира погибли при подавлении восстания, а французы потеряли около трехсот человек. Тем не менее стало ясно, что французы могут удержать страну только силой. К несчастью, Наполеон очень быстро понял позицию египтян и без колебаний применял силу, чтобы утвердить свою власть. «Каждую ночь мы отрубаем примерно тридцать голов, многие из них принадлежат лидерам. Это, полагаю, послужит им хорошим уроком», — писал он одному из своих генералов.
Несмотря на непопулярность, изоляцию в чужой стране и низкий моральный уровень французских солдат, которые прибыли в Египет в ожидании наград, а встретили нищую и враждебную нацию, Наполеон сохранял несокрушимый оптимизм. Он по-прежнему верил, что сможет обрести восточную империю, покорить Константинополь и Индию.
Дух Просвещения внушал ему, что покорение мира принесет благоденствие и процветание наук и искусств. С этой целью он собрал 167 ученых — сливки молодого поколения французских математиков, химиков, инженеров, архитекторов, астрономов, ботаников, зоологов, геологов, картографов, экономистов, арабистов, художников и писателей, — чтобы измерять, описывать, зарисовывать, каталогизировать все аспекты настоящего и прошлого Египта.
Плоды изнурительных трудов были опубликованы в 1810–1828 годах под названием «Описание Египта»; это монументальный труд в 24 томах, содержащий более восьмисот гравюр, три тысячи иллюстраций, детальное текстовое описание всех сторон быта, географии и культуры. «Описание» немедленно возбудило всеобщее восхищение и породило увлечение Египтом на Западе, ставшее основой для возникновения новой науки — египтологии. В этом смысле книга явилась великим, вневременным достижением короткого и драматичного пребывания французов в Египте.
В феврале 1799 года Наполеон во главе 13-тысячной армии отправился в Сирию, чтобы предотвратить продвижение турецких отрядов в сторону Египта. Он довольно легко захватил Аль-Ариш, Газу и Яффу, но наступление не обошлось без затруднений. Воды не хватало, в рядах истощенного войска разразилась чума. Изнемогшие французы подошли к Акре, прибрежной крепости, благодаря ее стратегическому положению известной как «ключ к Палестине»; там стоял гарнизон британских моряков, турецкие нерегулярные части охраняли форт, на стенах виднелись трофейные французские пушки.