Насер считал причиной крушения ОАР происки «реакционеров» из «Национального союза», подтолкнувших его к конфискации имущества шестисот богатейших семей Египта, большинство из которых были евреями, коптами или греками. Наступил период метаний, Насер постарался разработать новую программу, получившую название «арабского социализма»; это невнятно сформулированная идеология была направлена на избавление от экономического и социального груза колониального прошлого, но при обязательном сохранении арабской идентичности. Местный социализм сильно отличался от марксистской идеологии: он отвергал атеизм, утверждая совместимость с исламом; классовая борьба рассматривалась как не соответствующая особенностям арабского мира, а коллективная собственность признавалась не сочетающейся с традиционными арабскими ценностями частной собственности и наследования имущества.
В 1962 году Насер провозгласил принципы арабского социализма в бессистемно составленной Национальной хартии из 30 000 слов. Он подтвердил государственную собственность на общественные учреждения и промышленные объекты, монополию государства на импортно-экспортную деятельность, объявил о необходимости планирования семьи во избежание перенаселенности, которую считал «самым опасным препятствием, стоящим перед египетским народом на пути к росту стандартов уровня жизни в стране».
Хартия также провозглашала создание новой политической организации, призванной заменить «Национальный союз». В Арабский социалистический союз (АСС) вошли представители разных слоев общества, он имел отделения в деревнях, регионах, провинциях, не менее половины членов организации должны были составлять рабочие и крестьяне. На практике пирамидальная структура и функции АСС не так уж отличались от «Национального союза», реальной властью обладали 25 членов Верховного исполнительного комитета, а Насер стоял выше всех. Создание АСС отражало изменение отношения Насера к идее арабского единства и целям революции. Фактически Насер признал, что арабское единство зависит не от правительств, которые игнорируют социалистические и республиканские принципы, а от народа; лозунг АСС гласил: «Единство цели, а не единство рядов».
Руководствуясь уставом АСС, Насер в сентябре 1962 года вовлек египетскую армию в продолжительную и изматывающую войну в Йемене. Республиканцы этой страны сбросили роялистское правительство, но свергнутый имам (правитель) бежал, и Насер намеревался «остановить контрреволюцию». В пятилетней войне, которую многие называли «египетским Вьетнамом», приняли участие 70 000 египетских солдат; Насер вступил в конфликт с Саудовской Аравией, которая посылала оружие роялистам, еще больше испортил отношения с Великобританией и США, опустошил общественные фонды и истощил ресурсы страны.
Страна едва ли могла позволить себе огромные человеческие и финансовые расходы, связанные с войной в Йемене, и это становилось все более очевидно рядовым египтянам. В 1960-х годах правительство разработало первый из двух амбициозных пятилетних планов, направленных на удвоение национального дохода за десятилетие. Национализация прежде ограничивалась предприятиями, принадлежавшими иностранцам, теперь ее распространили на египетский бизнес — в том числе на банк «Миср». Асуанская плотина, строительство которой началось в 1960 году, должна была помочь в возрождении египетской экономики, но стройку не удалось завершить за десять лет. Вскоре началось строительство новых индустриальных объектов — огромного сталелитейного завода в Хелуане и предприятий в пустыне между Каиром и Александрией; они обошлись казне недешево, но почти не давали прибыли.
После 1963 года экономика Египта начала приходить в упадок. Национализация превратила существенную часть экономики в государственный сектор с его разбухшей бюрократической системой и некомпетентной центральной администрацией. Промышленность страдала от дурного управления, раздутого штата рабочей силы и низкой производительности труда. К 1965 году второй пятилетний план отменили и ввели антикризисные меры. Недостаток иностранной валюты вызвал дефицит потребительских товаров, сырья и запасных частей, необходимых для промышленности. Прирост населения составлял 800 000 человек в год, и это усугубляло ситуацию. Египет зависел от иностранных кредитов и внешней помощи, и разрыв отношений с СССР или США означал для экономики полную катастрофу.
Основные кредиты поступали от Советского Союза и Восточного блока, которые старались обеспечить техническую поддержку новых промышленных предприятий. Советскую помощь уравновешивали поставки продовольствия из США, между 1954 и 1966 годами Египет получил пшеницы на 650 миллионов долларов, таким образом Америка поддерживала режим, с которым имела множество противоречий. Сам Насер называл ситуацию «позитивным нейтралитетом»; подобная политика позволяла ему добиваться нужного результата: СССР оплачивал индустриализацию Египта, а США кормили египтян.
Несмотря на очевидные издержки, Насер не допускал альтернативы арабскому социализму. Пресса, радио, а затем и телевидение, появившееся в Египте в 1960 году, участвовали в пропаганде, критические голоса были почти не слышны. Соперники и враги государства были изгнаны, арестованы или находились под присмотром; политические преследования и аресты в 1960-х годах приобрели широкий размах, практиковались пытки, тюрьмы были переполнены «узниками совести».
Вновь пострадали «Братья-мусульмане»: тысячи членов организации арестовали в 1965 году после того, как власти обвинили их в подготовке заговора с целью свержения президента. В определенном смысле аресты были признанием того факта, что во многих слоях общества существует недовольство и ставится под сомнение триумфальное переизбрание Насера на пост президента ранее в том же году. Жесткое обращение с оппозицией привело к радикализации «Братьев-мусульман», а казнь в 1966 году их идеолога Сайида Кутба шокировала мусульманский мир. Идея Кутба о том, что ислам попал в плен современной джахилийи(невежество в отношении ислама), оказала огромное воздействие на радикалов, которые на протяжении десятилетий использовали ее для оправдания насилия против оппонентов, будь то чиновники, неверные, мусульмане-«отступники» или государство как таковое.
Международная дипломатия всегда притягивала Насера, позволяла отвлечься от кризисной ситуации в стране. В 1964 году прошли два саммита лидеров арабских стран, в ходе которых удалось преодолеть противоречия и найти точки соприкосновения в позиции по Израилю и в планах по изменению русла реки Иордан для создания ирригационной системы. Было принято решение о создании Организации освобождения Палестины (ООП), которой позволялось иметь собственную армию и которая могла выступать от имени палестинских арабов. ООП энергично взялась за формирование регулярной армии, но партизанское движение «Аль-Фатх» во главе с Ясиром Арафатом постепенно оттеснило других и стало наиболее эффективной боевой организацией палестинцев. Его вооружала и поддерживала Сирия, отряды «Аль-Фатх» совершали набеги с территории Иордании, вследствие чего Израиль неоднократно предъявлял обвинения этим двум странам.
Насер, считавший себя главным врагом сионизма и лидером арабского мира, не мог отказать просьбам Сирии, а потом и Иордании о поддержке, а потому в 1966 и 1967 годах заключил последовательно договоры о взаимопомощи с обеими странами. Однако он сознавал: поскольку значительная часть египетской армии увязла в Йемене, он не сможет воевать с Израилем; при этом президент не мешал государственным средствам массовой информации нагнетать шумиху по поводу грядущей окончательной победы над сионизмом.