Позиция, занимаемая в этот период автором хроники, представляет значительный интерес для выяснения отношения духовенства к восстанию. По мере изложения событий сочувствие к повстанцам и их турецко-мамлюкским союзникам постепенно сменяется у ал-Джабарти острой неприязнью к каирскому “плебсу”, перешедшему “границы дозволенного” и начавшему действовать самостоятельно. “Этот магрибинец, — писал ал-Джабарти о Мавла-Мухаммаде, — был из тех, кто в момент, когда было заключено перемирие и шейхи вели переговоры о мире, провозгласил: „Мир расторгнут, и вы должны вести священную войну, а кто отступится, тому отрубят голову". Он присваивал чужие права и вмешивался в то, что его не касалось, в то время как в городе были такие люди, как паша, катхода и мамлюкские беи... Но ведь во время смуты иной раз случается, что мелкие птицы превращаются в орлов, особенно когда поднимается простонародье и чернь, ибо это именно то, что им нужно...”.
С другой стороны, ал-Джабарти был возмущен “союзниками” каирцев — турецкими солдатами, разграбившими город и предавшими горожан. В своей хронике он воспроизводит текст письма шейха ас-Садата турецким военачальникам, в котором автор письма проклинает турок, выражая общее возмущение верхушки каирского духовенства их поведением, объявляет их главными виновниками обрушившихся на жителей бедствий.
Как и после каирского восстания 1798 г., французское командование обложило горожан огромной контрибуцией — 10 миллионов франков. Состоятельные жители Каира, принимавшие участие в восстании, были обложены особой контрибуцией. Имущество многих участников восстания было конфисковано.
14 июня 1800 г. главнокомандующий французской армией генерал Клебер был убит неким Сулайманом из Алеппо, подосланным из Сирии одним из турецких военачальников. Сулайман и несколько шейхов ал-Азхара, знавшие о готовящемся покушении, были казнены. Процедура организованного французскими властями суда над убийцей Клебера произвела на ал-Джабарти столь большое впечатление, что он счел необходимым включить в хронику все опубликованные французами на арабском языке материалы дела (протоколы допросов обвиняемых и свидетелей, протоколы судебного процесса, речи прокурора и т. д. Чуждый какого-либо религиозного фанатизма или нетерпимости и наделенный высоким чувством справедливости, ал-Джабарти указывал на преимущества французского судоустройства, основанного на началах разума, и отмечал, что порядок разрешения судебных дел у “неверных” французов выгодно отличался от произвола, который чинили позднее турки, “считавшие себя мусульманами”. Вообще следует отметить, что, не питая никаких иллюзий относительно истинных намерений французов в Египте и сурово осуждая их оккупационную политику, ал-Джабарти вместе с тем умел оставаться объективным судьей и с уважением относился к деятельности принимавших участие в походе французских ученых и врачей, хвалил основанные французами библиотеки, восхищался их лабораториями и обсерваториями, с сочувствием отзывался о санитарных мерах французских властей.
После убийства Клебера во главе французской армии стал генерал Мену, один из самых больших поборников сохранения Египта в качестве французской колонии. Он прервал переговоры, которые велись с англичанами об эвакуации Египта, и объявил, что всякое соглашение, подписанное главнокомандующим, может вступить в силу лишь после его ратификации правительством республики. Практически это означало отказ от какого-либо соглашения, так как англо-французские переговоры могли вестись только в связи с заключением общего мира. Одновременно Мену производил строительство ряда военных сооружений. Он сносил целые кварталы в Каире, создавал широкие магистрали (узкие улицы способствовали обороне восставших), завершил строительство ряда крепостей, начатое еще Клебером, комплектовал новые отряды из коптов, греков и сирийцев.
Экономическое положение Египта в последний период экспедиции было особенно тяжелым. Налоги и контрибуции, упадок сельского хозяйства и ремесла, вызванный непрерывными войнами и карательными экспедициями, кризис внутренней и почти полное прекращение внешней торговли — все это привело экономику Египта в состояние полного развала. Но Мену не обращал внимания на бедственное положение страны и вводил все новые налоги. В августе 1800 г. Мену обложил деревенских шейхов налогом в 3 миллиона франков. В конце 1800 г. он обложил миллионным налогом каирских ремесленников и торговцев. 20 января 1801 г. Мену издал приказ об установлении единого земельного налога, пропорционального количеству и качеству земли владельцев. Новый земельный налог был больше всех прежних налогов вместе взятых. Вечно нуждавшийся в деньгах Мену облагал высокими налогами даже христиан — сирийских и коптских купцов и откупщиков, которым Бонапарт предоставлял некоторые привилегии.