Феодосий I был так же решительно настроен против уцелевших язычников и христианских еретиков. В 382 г. император, правивший вместе с Феодосием на западе, Грациан приказал убрать языческий алтарь победы из сената, запретил институт дев-весталок, поддерживавших свой священный огонь тысячу лет, и отказался от языческого высшего титула Великого понтифика. В 394 г. Феодосий запретил Олимпийские игры — одно из самых больших религиозных празднеств языческой Греции на протяжении двенадцати веков. Затем в 396 г. вторгшиеся варвары (которые были христианами-арианами) разрушили храм Цереры недалеко от Афин и положили конец элевсинским таинствам в Греции.
Но каким-то образом некоторые жалкие остатки язычества продолжали существовать. В Афинах языческий греческий философ все еще учил немногочисленных желающих в Академии — школе, основанной Платоном вскоре после заката золотого века Афин.
Не спаслись и древние религии Египта. Мало-помалу население Египта перешло от Осириса к Иисусу, от Исиды к Марии, от многочисленных богов к многочисленным святым. Старые храмы были преданы забвению или перестроены в церкви. Приговор судьбы прозвучал наиболее ясно в 391 г., когда Серапион был разрушен в Александрии по императорскому приказу после шести веков существования.
Александрии пришлось даже еще тяжелее. Последним значительным языческим ученым в Александрии была Ипатия — женщина-математик и астроном. Кирилл, ставший епископом Александрии в 412 г., считал ее опасной частично из-за того, что ее популярность привлекала слишком много учеников на лекции, кроме того, она была другом одного из светских чиновников в Египте, с которым у Кирилла были разногласия.
Предполагается, что по наущению Кирилла толпа христиан-фанатиков зверски убила Ипатию в 415 г. и затем принялась разрушать большую часть Александрийской библиотеки. Способы, которыми определенные группы внутри церкви порочили светское образование, стали зловещим предзнаменованием тьмы, которая вскоре наступила и из которой человечеству пришлось так мучительно долго выбираться.
Даже во времена Кирилла уцелела последняя маленькая крупица древней религии. На юге, недалеко от Первого порога, на острове Филе был храм Исиды, построенный Нектанебом II — последним урожденным царем Египта — семь веков назад. Он был восстановлен Птолемеем II Филадельфом и снова отремонтирован во времена Клеопатры.
Там, когда мир уже стал христианским, исчезающая улыбка «Царицы Рая» еще продолжала существовать, и древние обряды все еще тайно совершались.
Но Александрия продолжала оставаться великим соперником Константинополя, и религиозный спор между ними продолжался.
В 398 г., к примеру, Иоанн Хрисостом был назначен епископом Константинополя. Его второе имя, по-гречески «златоуст», было дано ему вскоре после смерти в память о его красноречии.
Епископ порицал стремление к роскоши и безнравственность и не щадил никого, даже императрицу. Раздраженная императрица решила отправить Хрисостома в изгнание и нашла себе союзника в Теофиле, который был тогда епископом Александрии и предшественником Кирилла. Несмотря на некоторые трудности, они добились своей цели, и Хрисостом (Иоанн Златоуст) умер в изгнании. Александрия снова победила.
Здесь дело касалось личностей. Более опасная борьба идеологического характера охватила оба города.
В 428 г. Нестор, священник сирийского происхождения, стал епископом Константинополя в период правления императора Феодосия II. В это время ариане и другие еретики прошлого подлежали смертной казни.
Нестор начал новую дискуссию о природе Иисуса. Было уже общепринято, что Иисус имеет божественную сущность, теперь, когда арианство было полностью подавлено, но стоял вопрос о его человеческой сущности, и возник спор о том, как соотносятся между собой эти два аспекта.
Нестор полагал, что Христос был человеком, который преодолел человеческую слабость и стал Мессией. На этом основании он считал Деву Марию не Богородицей, а человекородицей. Ее можно называть матерью Христа, но не Бога. Согласно этой точке зрения, которую назвали несторианством, в Иисусе человеческое и божественное начала пребывают лишь в относительном соединении, никогда полностью не сливаясь.
Это был по меньшей мере частичный шаг в сторону арианства, и снова Александрия вела борьбу против этой точки зрения. Кирилл Александрийский был безжалостным врагом. Феодосий II созвал Третий Вселенский собор в 431 г. в Эфесе — городе на побережье Малой Азии, сопровождавшийся ожесточенными спорами епископов. Собор осудил несторианство и принял Деву Марию Богородицей. Сам Нестор был отстранен от своего поста и отправлен в изгнание в Верхний Египет.