Эхнатон и Нефертити имели шесть дочерей[1], третья из которых, Анхесенпаатон, стала супругой Тутанхатона (изменившего имя на Тутанхамон), а старшая, Меритатон, — супругой Семнехкара, в конце царствования Эхнатона объявленного его соправителем. (После смерти фараона Семнехкар около двух лет правил самостоятельно, а затем возможно, еще несколько лет — вместе с Тутанхамоном.) Судьба Нефертити после появления новой жены Эхнатона Кийи неизвестна.
Кроме дочерей от Нефертити Эхнатон имел одного или двух сыновей — то ли от второй жены, Кийи, то ли от собственной дочери Макетатон[2], которая умерла при родах вместе с ребенком, похороненным в царской гробнице. Подлинные обстоятельства смерти самого Эхнатона неизвестны[3]. Непосредственной эфемерной преемницей Эхнатона стала женщина — возможно, его старшая дочь Меритатон. Либо она, либо вдова Тутанхамона Анхесенпаатон (скорее последняя, но об этом история умалчивает) обратилась к хеттскому царю Суппилулиумасу с просьбой предоставить ей супруга, потому что в Египте она никого найти не могла. Ее жених, царевич Заннанза, был убит по пути в Фивы, и из первой в истории Египта попытки получить фараона-иностранца с помощью дипломатического брака ничего не вышло. После короткого правления Семнехкара (1335–1332 гг. до н. э.) трон унаследовал девятилетний Тутанхатон — вероятнее всего, сын Эхнатона от Кийи. Для легализации прав на престол он объявил себя сыном Аменхотепа III и по обычаю женился на своей единокровной сестре, третьей дочери Эхнатона Анхесенпаатон, которая была намного старше его. В третий год своего царствования Тутанхатон переносит столицу в Мемфис, оставляет культ Атона и меняет свое имя на Тутанхамон, а имя царицы — на Анхесенамон. В надписях о деяниях Тутанхамона „амарнский период“ назван „несчастным временем, когда от Египта отвернулись боги“. Возможно, это было сделано с подачи высших чиновников, самыми влиятельными из которых были Эйе, „Отец Бога“, ставший визирем и регентом (что указывает на его тесную связь с царской семьей), и главный военачальник Хоремхеб. Согласно новой религиозной доктрине (как и при Эхнатоне, являвшейся трансформацией существовавших к тому моменту верований), верховными богами Египта становятся Амон, Ра и Птах (позже к ним добавляется Сет); эта троица объявляется единосущей. Самым ранним свидетельством существования данной триады является надпись на трубе Тутанхамона, где перечислены три части армии, названные в честь этих богов. Видимо, в то время существенное сокращение пантеона было выгодно жрецам Амона, стремившимся избавиться от конкурентов. Впоследствии имя Эхнатона предается забвению и даже не включается в списки правивших в Египте царей».
Широко известен классический польский роман Болеслава Пруса «Фараон» (1897 г.), экранизированный в 1960-х годах Ежи Кавалеровичем. Реальные исторические события в этом романе (и фильме) сильно романтизированы, а Древний Египет больше напоминает Древний Рим в изображении Генрика Сенкевича, поэтому соотечественник знаменитого фараона Нагиб Махфуз имел полное право вернуться к данной теме, опираясь на достижения современной египтологии. Правда, белых пятен в истории Египта еще немало. Так, исследователи расходятся в ее периодизации и определении времени правления той или иной из тридцати трех династий фараонов. Дело в том, что фараоны в расчете на обряд Хеб-Седа, проводившийся в честь 25- или 30-летнего юбилея коронации и якобы возрождавший жизненные силы престарелого царя, стремились максимально увеличить формальный срок своего правления за счет предшественников и стирать надписи о них, сделанные на специальных памятниках; далеко не всегда это вызывалось ненавистью к предыдущему властителю и желанием вытравить о нем всякие воспоминания. Наличием подобных «купюр», а также тем, что в последние годы жизни фараоны обычно назначали наследников престола своими соправителями, и объясняются разночтения в датах правления того или иного царя.