В ноябре 1918 года в Германии победила революция. Кайзер Вильгельм II был свергнут и бежал в Голландию. Германские оккупационные войска в полном походном порядке, как и положено немцам, покинули Белоруссию. В Могилев вступили войска Красной армии. Советская власть была восстановлена, и Наум вернулся на работу в Могилевский городской совет. В период «военного коммунизма» он занимался организацией и реализацией продразверстки: вместе с продотрядом много ездил по губернии, участвовал в подавлении кулацких мятежей. Возвратившись в Могилев, Эйтингон был переведен на работу в трест Губпродукт, где отвечал за решение вопросов, связанных с кооперацией производителей.
В апреле 1919 года Наум Эйтингон был направлен в Москву на курсы при Всероссийском совете рабочих коопераций (ВСРК). Его преподавателями были такие видные большевики, как Виктор Ногин, являвшийся председателем ВСРК, Иван Скворцов-Степанов и многие другие. После окончания курсов Наума как студента-отличника хотели оставить на них в качестве инструктора, однако он отказался от этого предложения и в сентябре того же года возвратился в родные края. Правда, на сей раз в город Гомель, который к тому времени стал губернским центром, и туда был переведен Губернский совет рабочей кооперации. Кстати, Гомельская губерния, как ранее и Могилевская, до 1926 года входила в состав РСФСР.
Следует подчеркнуть, что незадолго до приезда Эйтингона в Гомеле произошел кровавый антисоветский мятеж, во главе которого стоял начальник хозяйственной части 68-го полка 2-й Тульской бригады 8-й стрелковой дивизии Красной армии, бывший царский офицер, меньшевик, штабс-капитан Владимир Стрекопытов.
Предыстория этого события такова.
В начале 1919 года в Гомель для отправки на фронт прибыли 67-й и 68-й полки 2-й бригады 8-й стрелковой дивизии, сформированные в Туле из мобилизованных крестьян. Практически весь личный состав полков, распропагандированный рядом бывших царских офицеров, был крайне недоволен принудительной мобилизацией и перспективой оказаться в окопах. Отправленные на передний край красноармейцы дезертировали с фронта и в ночь на 24 марта 1919 года в одиннадцати эшелонах прибыли на станцию Гомель-Полесский, потребовав у местных властей паровозы для дальнейшего следования на Брянск и Тулу.
После долгих переговоров с Брянском и Центром гомельские власти согласились выделить восставшей бригаде все необходимое. Однако лидер мятежников Стрекопытов заявил, что следование в Тулу равносильно самоубийству, и предложил «обосноваться» в Гомеле. Мятежники оккупировали железнодорожный узел и начали наступление на город: штурмом взяли городскую тюрьму и освободили около четырехсот уголовников, захватили артиллерийские и продовольственные склады, советские учреждения. Вскоре в руках мятежников оказалась большая часть Гомеля. Лишь гостиница «Савой», превращенная в штаб сопротивления, здание ЧК и телефонная станция оставались в руках защитников советской власти — небольшой группы советских и партийных работников, а также отряда местных чекистов и милиции (всего около трехсот человек с винтовками и двумя пулеметами). Но их силы таяли с каждым часом. Из захваченных в плен и помещенных в городскую тюрьму защитников города восставшие отобрали 15 наиболее видных партийных работников и руководителей и в ночь на 29 марта вынесли им смертный приговор.
В ту же ночь подошедшие на помощь Гомелю с трех сторон рабочие дружины из Могилева и Бобруйска, курсанты Могилевских командных курсов, коммунистические боевые отряды из Смоленска и Почепа, части Брянской дивизии Красной армии вынудили повстанцев покинуть город. В эшелонах они отошли за Днепр и направились на воссоединение с армией Петлюры к городу Мозырю, с боем захватывая железнодорожные станции и мародерствуя.
Прибытие Эйтингона в Гомель совпало также по времени с приближением к городу войск белогвардейцев и польского генерала Галлера. В губернии сложилась ситуация, когда, по словам авторов отчета ЦК РКП(б) IX съезду партии, партийный билет «означал… кандидатуру на деникинскую виселицу». Однако в октябре 1919 года Наум Эйтингон вступает в партию большевиков и становится бойцом коммунистического отряда.
В конце 1919 года, когда красногвардейские отряды отразили наступление польских интервентов, Эйтингон снова вернулся на работу в качестве инструктора по кооперации. Одновременно он являлся инструктором по профсоюзной работе в губернии и занимался созданием профсоюзных организаций.