Петерс вошел в состав Военно-революционного комитета Петроградского Совета. Комитет сотрясают волны людских требований — взывающих, неотступных. Ничего нельзя ни отложить, ни оставить нерешенным…
Прибывают вооруженные делегаты воинской части с резолюцией: убрать командира-контрреволюционера — в часть отправляется комиссар ВРК. Иностранный журналист просит пропуск проехать в Москву — разрешение выдается. Надо утвердить членов следственной комиссии по делам свергнутого правительства Керенского — Петерс от имени ВРК подписывает бумагу. Выдается удостоверение А. М. Дижбиту о назначении его комиссаром по делам беженцев. В Зимнем дворце обнаруживаются склады вина (туда уже потянулись толпы пьяниц и искателей легкой наживы) — дежурный ВРК думает: не замуровать ли все входы на склады? И передает вопрос на заседание ВРК, не прерывающего свои жаркие дебаты даже ночью. Не хватает комиссаров в полках, а вот уже требуются комиссары по охране музеев и дворцов…
Исполняя еще и обязанности представителя ЦК СДЛ в Центральном Комитете РСДРП (б), он в середине декабря спешит в Латвию. В Валмиере собирается Второй съезд Советов Латвии, провозглашающий установление Советской власти на территории, не занятой немцами. Сохранилось выступление Петерса на съезде. Он звал к поддержке Октябрьской революции, к созидательному труду, чтобы «на развалинах старого строя построить новый строй, который выражал бы волю широких масс». Завершая свою страстную речь, он сказал: «Я надеюсь, что вы, товарищи, также героически возьметесь за этот созидательный труд. Я призываю все массы поддерживать Советскую власть на местах так же крепко, как в Петрограде».
Петерс возвратился в Питер, который все более становится похожим на военный лагерь. Силы, лишенные народом власти, бросились собирать всех, кто не принимал революцию, стали плести заговоры, тайно сколачивать военные организации. В начале декабря 1918 года В. И. Ленин получит сообщение об участии американских офицеров в выступлении Каледина и особо укажет Г. И. Благонравову[17] и В. Д. Бонч-Бруевичу[18] на то, что «аресты контрреволюционеров, которые должны быть проведены по указаниям тов. Петерса, имеют исключительно большую важность, должны быть проведены с большой энергией. Особые меры должны быть приняты в предупреждение уничтожения бумаг, побегов, сокрытия документов и т. п.».
Как ни напряженно работает ВРК Петроградского Совета, как ни выбиваются из сил посланные на места комиссары (люди спят урывками или почти не спят) — забот становится не меньше, а вылазки контрреволюции яростнее и наглее. Стало ясным, что большевикам нужна организация, которая непосредственно повела бы борьбу со всякими контрреволюционными действиями. Логика борьбы привела к необходимости в конце семнадцатого года создать ВЧК — Всероссийскую чрезвычайную комиссию по борьбе с контрреволюцией и саботажем.
Рождалась организация, необычная, не имевшая аналогов в прошлом. Возникала, не имея ни достаточно сил, ни умения, ни опыта. Председателем ВЧК был назначен Ф. Э. Дзержинский, Ксенофонтов — секретарем, казначеем, а потом заместителем и председателем Революционного трибунала — Е. Петерс. О ее создании, и о приемных часах (с 12 до 17) известили газеты.
В дом бывшего градоначальника по Гороховой пришел Дзержинский и объявил — начинаем работу. Канцелярия нового учреждения вместилась в его портфеле, касса с мизерной суммой (вначале 1000 рублей, потом еще 10 000 для организации ВЧК) — в столе у казначея Петерса.
Собрались вместе сначала всего несколько человек. Кроме Дзержинского и Ксенофонтова — Петерс, Евсеев, Лацис, Орджоникидзе… Потом в ВЧК придут бывшие члены ВРК — Фомин, Ильин, Щукин, Озолин, Веретенников. Лациса направят в Казань возглавить армейскую ЧК. Комиссия почти сразу же понесет и невосполнимые потери: при ликвидации «черной гвардии» анархистов погибнут двенадцать чекистов, а сам Дзержинский (он руководил операцией вместе с Петерсом) получит ранение. Поначалу вооружены были чекисты пистолетами или револьверами, а встречали их зачастую пулеметные очереди.
ВЧК рождалась, «когда кругом царили саботаж, хулиганство, грабеж; когда бывшие офицеры, генералы и чиновники организовали свои банды, переправляя Каледину и Алексееву кадры для контрреволюционных отрядов» — так оценивали положение «Известия ВЦИК». Было и другое. «ВЧК не только начала свою работу без аппарата…Нужно было выдержать героическую борьбу и проделать колоссальную работу, чтобы доказать рабочим, что в момент, когда кругом бушуют волны гражданской войны, когда буржуазия в стране еще не задушена, необходимо было специальное учреждение, стоящее на страже тыла революции», — писал впоследствии Петерс.